PDB-9dta: Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3448

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dta

タイトル

Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3448

要素

WD repeat-containing protein 91

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / WD-repeat / WDR / WDR91 / SGC / Structural Genomics / PSI-Biology / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / early endosome to late endosome transport / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / regulation of protein catabolic process / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / late endosome membrane / early endosome membrane / endosome membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zeng, H. / Ahmad, H. / Dong, A. / Seitova, A. / Counago, R.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3448
著者: Zeng, H. / Ahmad, H. / Dong, A. / Seitova, A. / Counago, R.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dta.cif.gz	276.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dta.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dta_validation.pdf.gz	909.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dta_full_validation.pdf.gz	915.3 KB	表示
XML形式データ	9dta_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	9dta_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 91

B: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

83 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.428, 76.316, 77.043
Angle α, β, γ (deg.)	119.12, 95.90, 102.57
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 91 / WDR91 分子量: 41064.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 392-747 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR91, HSPC049 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A4D1P6
#2: 化合物	ChemComp-A1BBV / N-(1-benzoyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl)-2-(3-cyano-2-methoxyphenyl)acetamide 分子量: 425.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10%(w/v) PEG 8K, 20%(v/v) 1,5-pentanediol 0.02 M of each Amino-acid II 0.1 M MOPSO/bis-tris pH 6.5 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2024年5月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 50289 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 1.073 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 252710

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	4	0.699	2179	0.731	0.919	0.375	0.796	1.146	84.1
2.14-2.18	4.3	0.608	2371	0.789	0.939	0.32	0.69	1.137	88.7
2.18-2.22	4.6	0.553	2426	0.819	0.949	0.283	0.623	1.126	91.7
2.22-2.26	4.9	0.535	2486	0.843	0.956	0.268	0.599	1.181	94
2.26-2.31	5.1	0.508	2495	0.864	0.963	0.251	0.567	1.171	93.4
2.31-2.37	5.2	0.437	2479	0.885	0.969	0.213	0.486	1.145	94.9
2.37-2.42	5.2	0.391	2540	0.923	0.98	0.19	0.435	1.128	94.4
2.42-2.49	5.2	0.351	2500	0.933	0.982	0.17	0.39	1.2	95.1
2.49-2.56	5.2	0.283	2523	0.959	0.99	0.137	0.315	1.165	95
2.56-2.65	5.2	0.229	2522	0.972	0.993	0.111	0.255	1.128	95.7
2.65-2.74	5.2	0.174	2537	0.984	0.996	0.085	0.193	1.087	95.7
2.74-2.85	5.2	0.135	2543	0.989	0.997	0.066	0.15	1.04	96
2.85-2.98	5.2	0.109	2571	0.993	0.998	0.053	0.121	1.062	96.7
2.98-3.14	5.2	0.08	2549	0.996	0.999	0.039	0.089	1.048	96.9
3.14-3.33	5.2	0.058	2582	0.998	0.999	0.028	0.065	0.959	97.2
3.33-3.59	5.2	0.045	2565	0.998	1	0.022	0.05	1.038	97.4
3.59-3.95	5.2	0.037	2593	0.999	1	0.018	0.042	1.145	97.7
3.95-4.52	5.1	0.029	2630	0.999	1	0.014	0.033	0.965	98.4
4.52-5.7	5.1	0.026	2590	0.999	1	0.013	0.029	0.846	98.9
5.7-50	4.9	0.024	2608	0.999	1	0.012	0.027	0.807	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→28.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 10.198 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23279	1369	2.7 %	RANDOM
R_work	0.18772	-	-	-
obs	0.1889	48873	94.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.488 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.75 Å²	0.62 Å²	0.73 Å²
2-	-	0.45 Å²	0.9 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→28.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5046	0	0	138	5184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5194
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	1.793	7065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.446	1.74	10913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.429	5	671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.716	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.9	10	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.939	3.268	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.939	3.268	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.229	5.846	3359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.23	5.848	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.256	3.511	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.256	3.511	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.782	6.364	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.827	31.1	5270
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.817	31.07	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	93	-
R_work	0.303	3065	-
obs	-	-	80.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2431	0.7918	0.6213	3.1273	-0.1775	2.9638	0.0986	0.0391	0.1866	0.1796	-0.116	0.2731	-0.0464	-0.1481	0.0175	0.0117	-0.0028	0.0175	0.0265	0.0045	0.0432	12.2005	29.7874	-22.4378
2	3.8177	-0.8218	0.3753	2.8021	-0.202	2.8238	-0.1947	-0.1793	0.1083	0.1033	0.0643	-0.2793	-0.044	0.185	0.1304	0.0287	0.0103	-0.0373	0.0561	0.0319	0.1058	29.7768	-2.9956	1.8465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	394 - 801
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	394 - 801

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