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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9dt8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (ADP bound, Orthorhombic P) | |||||||||
要素 | ADP-ribose pyrophosphatase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / ADP-ribose diphosphatase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ADP-ribose diphosphatase / ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (ADP bound, Orthorhombic P) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9dt8.cif.gz | 198.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9dt8.ent.gz | 155.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9dt8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9dt8_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9dt8_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9dt8_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9dt8_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24742.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPHS_45750 / プラスミド: KlpnC.20447.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM NAD, Puck: PSL-1608, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M ...詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM NAD, Puck: PSL-1608, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→79.48 Å / Num. obs: 112731 / % possible obs: 76.1 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 25.5 / Num. measured all: 1374944 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / % possible obs: 15 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Num. measured all: 4144 / Num. unique obs: 1608 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.279 / Rrim(I) all: 0.491 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→59.97 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→59.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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