PDB-9dt6: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dt6

タイトル

Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (CMP bound, P21 form)

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / ADP-ribose diphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (CMP bound, P21 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dt6.cif.gz	664.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dt6.ent.gz	548.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dt6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9dt6_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dt6_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9dt6_validation.xml.gz	80.6 KB	表示
CIF形式データ	9dt6_validation.cif.gz	107.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt6	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

199 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.941, 80.064, 115.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose phosphohydrolase / Adenosine diphosphoribose pyrophosphatase 分子量: 24742.848 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPHS_45750 / プラスミド: KlpnC.20447.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM CMP, Puck: PSL-1513, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M ...詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM CMP, Puck: PSL-1513, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4.

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.48 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM CMP, Puck: PSL-1513, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→92.94 Å / Num. obs: 221693 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 1570509
反射シェル	解像度: 1.59→1.63 Å / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.23 / Num. measured all: 118084 / Num. unique obs: 16116 / CC_1/2: 0.754 / R_pim(I) all: 0.486 / R_rim(I) all: 1.324 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5295: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.59→72.59 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	11186	5.05 %
R_work	0.1702	-	-
obs	0.1718	221372	97.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→72.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12503	0	84	1221	13808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	12971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	17624
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.348	4826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1971
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2285

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.3407	383	0.3043	6863	X-RAY DIFFRACTION	95
1.61-1.63	0.3051	388	0.2759	6818	X-RAY DIFFRACTION	96
1.63-1.65	0.2807	331	0.2647	6879	X-RAY DIFFRACTION	96
1.65-1.67	0.2579	375	0.2378	6931	X-RAY DIFFRACTION	96
1.67-1.69	0.2428	358	0.2254	6899	X-RAY DIFFRACTION	96
1.69-1.71	0.2556	332	0.2154	6882	X-RAY DIFFRACTION	96
1.71-1.74	0.2457	390	0.2093	6939	X-RAY DIFFRACTION	96
1.74-1.76	0.252	351	0.205	6931	X-RAY DIFFRACTION	96
1.76-1.79	0.2521	367	0.2036	6899	X-RAY DIFFRACTION	96
1.79-1.82	0.2471	352	0.2055	6971	X-RAY DIFFRACTION	97
1.82-1.85	0.2461	350	0.1991	6965	X-RAY DIFFRACTION	97
1.85-1.89	0.2344	413	0.204	6854	X-RAY DIFFRACTION	97
1.89-1.92	0.227	339	0.1968	6999	X-RAY DIFFRACTION	97
1.92-1.96	0.2253	347	0.1848	6997	X-RAY DIFFRACTION	97
1.96-2	0.2199	405	0.1775	6959	X-RAY DIFFRACTION	97
2-2.05	0.2152	341	0.1762	6995	X-RAY DIFFRACTION	97
2.05-2.1	0.2003	348	0.1689	7071	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1-2.16	0.1991	410	0.1656	6941	X-RAY DIFFRACTION	97
2.16-2.22	0.207	407	0.1695	7006	X-RAY DIFFRACTION	97
2.22-2.29	0.1991	402	0.1603	6966	X-RAY DIFFRACTION	98
2.29-2.38	0.2136	372	0.1654	7110	X-RAY DIFFRACTION	98
2.38-2.47	0.1959	358	0.1612	7087	X-RAY DIFFRACTION	98
2.47-2.58	0.1974	398	0.1543	7037	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.72	0.1953	350	0.1575	7145	X-RAY DIFFRACTION	98
2.72-2.89	0.2181	401	0.1707	7070	X-RAY DIFFRACTION	98
2.89-3.11	0.1864	346	0.1685	7185	X-RAY DIFFRACTION	98
3.11-3.43	0.1847	416	0.1663	7124	X-RAY DIFFRACTION	99
3.43-3.92	0.198	360	0.1643	7152	X-RAY DIFFRACTION	98
3.92-4.94	0.1521	392	0.1303	7208	X-RAY DIFFRACTION	99
4.94-72.59	0.2087	404	0.1828	7303	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4317	-0.104	-0.2373	1.4277	-0.0765	1.4271	0.0248	0.5684	0.6509	-0.182	0.1544	0.1116	-0.1318	0.0275	-0.185	0.3099	-0.0206	0.0428	0.4495	0.0489	0.3472	-41.7243	17.6349	65.1104
2	2.2937	0.994	-0.5906	1.709	-1.2692	2.8157	0.1196	0.5142	0.1117	0.0834	0.2894	0.4262	0.043	-0.668	-0.3029	0.2384	-0.0425	0.0323	0.4073	0.0001	0.3088	-49.8387	8.3136	71.2651
3	3.0766	1.13	1.1085	2.2713	0.4371	2.0183	-0.0453	0.1899	0.0107	-0.0856	0.0014	-0.05	-0.0796	0.0526	0.0633	0.2574	-0.0277	0.0167	0.4942	0.0395	0.2482	-35.3841	13.6218	58.1012
4	0.9978	0.2263	0.6222	0.2952	-0.2014	1.4871	-0.0452	-0.2201	0.0368	0.2406	-0.052	0.064	-0.0995	-0.401	0.0516	0.3501	0.0168	0.0158	0.2784	-0.015	0.2288	-41.2762	13.6077	92.9012
5	1.6531	0.9408	-0.1398	3.3559	2.1853	1.8409	0.0952	-0.268	-0.5207	0.306	0.1533	-0.0005	0.8562	-0.2741	-0.1775	0.4998	-0.111	-0.0172	0.2619	0.0832	0.2783	-42.1352	-0.7303	94.9485
6	3.3063	-1.3044	1.6218	5.2134	-2.0154	4.4424	-0.2831	0.125	0.1826	-0.1621	0.0758	0.6329	-0.4761	-0.9612	0.2428	0.4691	0.1037	-0.0402	0.4698	-0.0454	0.3841	-49.3228	19.5562	90.0359
7	4.0327	-0.2109	0.3252	2.3007	0.0101	6.852	0.0436	-0.5288	-0.126	0.0484	-0.179	0.4531	-0.1831	-1.0534	0.1205	0.3945	0.0839	0.027	0.4135	-0.0281	0.3386	-48.7192	21.4801	97.3991
8	1.0235	-0.1641	0.0108	1.4237	0.4658	2.5911	-0.167	-0.1526	0.1588	0.1192	0.1474	-0.0019	-0.5685	0.031	0.036	0.3386	0.026	-0.0122	0.1755	-0.011	0.2472	-39.4565	19.599	90.3718
9	1.0571	0.6376	0.2238	4.6081	1.558	0.927	-0.1513	-0.7191	-0.22	0.592	0.1354	0.83	-0.3566	-1.0324	0.0259	0.6034	0.0643	0.0889	0.5997	0.0422	0.3996	-45.3196	15.6976	107.7888
10	2.0271	-0.7158	0.1172	2.3119	1.3111	3.1068	0.0204	-0.5024	-0.2335	0.5049	0.1371	-0.1348	0.51	0.0562	-0.1287	0.4164	-0.0045	-0.0302	0.3153	0.0406	0.2294	-32.5189	8.2448	102.4904
11	2.4295	-0.2793	-0.1429	1.6399	0.2712	2.1346	-0.0496	-0.27	0.284	0.3655	0.1843	-0.2916	-0.4601	0.2454	-0.1252	0.4679	-0.0543	-0.0338	0.25	-0.0401	0.275	-29.1546	21.7116	98.8638
12	0.5022	-0.1721	-0.0972	0.1742	0.3662	0.8328	0.378	-0.5843	-0.5994	0.7508	0.0546	0.007	0.5325	-0.356	0.046	0.8647	-0.2648	-0.0781	0.6089	0.1651	0.4444	-46.9334	-5.816	96.8715
13	0.8397	0.3943	0.6203	0.8564	-0.3323	1.6852	0.8609	-0.8218	-0.4594	0.6436	-0.4858	0.3781	0.4735	-0.2551	0.6182	0.5486	-0.4976	0.1354	0.6181	0.1469	0.3106	-51.6916	-3.4457	89.7887
14	1.3478	-0.076	0.8737	0.6043	0.1879	2.7533	0.0069	0.2292	-0.0329	0.0364	-0.0324	-0.0259	-0.0511	0.2226	0.0156	0.2205	-0.0264	0.0151	0.2012	0.0132	0.2127	-32.6452	10.3048	77.4439
15	2.7994	0.4518	0.0823	1.4971	-0.3384	2.1378	0.0592	0.2195	-0.5705	-0.1925	-0.0139	-0.1357	0.5468	0.2897	-0.0505	0.3569	0.0607	-0.0082	0.2075	-0.0325	0.2782	-26.85	0.7027	80.5856
16	7.4643	-1.4281	4.8121	0.5691	-0.5167	4.3608	0.1006	0.7476	-0.706	-0.6542	-0.0551	0.0758	0.2357	0.8541	0.0585	0.5196	0.0293	0.0276	0.7177	-0.0496	0.4077	-19.1711	8.7784	69.0436
17	1.7459	0.0713	0.4318	1.5864	0.0639	2.2473	-0.0732	0.1781	0.1157	0.078	-0.0331	-0.1919	-0.2575	0.5438	0.1035	0.2523	-0.0676	-0.0287	0.3126	0.0401	0.2544	-20.9737	15.3432	84.263
18	2.4316	0.0106	-0.7874	1.4625	-0.7636	2.66	0.2382	0.3941	0.0447	-0.0059	-0.0038	0.2409	-0.1742	-0.2383	-0.2397	0.2196	0.01	0.0179	0.3748	-0.051	0.265	-45.3124	10.7368	11.1437
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精密化 TLSグループ

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18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 7 through 38 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 39 through 66 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 67 through 93 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 94 through 152 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 153 through 166 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 167 through 210 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 6 through 48 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 49 through 104 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 105 through 147 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 148 through 210 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid -4 through 12 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 13 through 66 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 67 through 93 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 94 through 117 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 118 through 152 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 153 through 210 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 8 through 23 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 24 through 48 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 49 through 93 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 94 through 147 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 148 through 210 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 8 through 23 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 24 through 38 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 39 through 48 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 49 through 78 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 79 through 93 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 94 through 104 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 105 through 117 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 118 through 131 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 132 through 152 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 153 through 166 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 167 through 187 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 188 through 210 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 5 through 23 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 24 through 48 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 49 through 66 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 67 through 93 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 94 through 147 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 148 through 166 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 167 through 187 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 188 through 209 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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