PDB-9dsz: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dsz

タイトル

Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (DTP bound)

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / ADP-ribose diphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (DTP bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dsz.cif.gz	661.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dsz.ent.gz	547.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dsz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9dsz_validation.pdf.gz	6.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dsz_full_validation.pdf.gz	6.6 MB	表示
XML形式データ	9dsz_validation.xml.gz	74.5 KB	表示
CIF形式データ	9dsz_validation.cif.gz	94.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/9dsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/9dsz	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (6)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (4)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

202 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.843, 79.311, 115.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose phosphohydrolase / Adenosine diphosphoribose pyrophosphatase 分子量: 24742.848 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HS11286 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPHS_45750 / プラスミド: KlpnC.20447.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.5, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 AB/12. 5 hour soak in 5mM DTP/MgCl2, Puck: PSL-0206, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0. ...詳細: 20% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.5, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 AB/12. 5 hour soak in 5mM DTP/MgCl2, Puck: PSL-0206, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.5.

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.5, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 AB/12. 5 hour soak in 5mM DTP/MgCl2, Puck: PSL-0206, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月13日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→92.84 Å / Num. obs: 132200 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 781765
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 1.256 / Num. measured all: 57372 / Num. unique obs: 9727 / CC_1/2: 0.695 / R_pim(I) all: 0.556 / R_rim(I) all: 1.377 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5396: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→72.63 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2334	6548	4.96 %
R_work	0.1962	-	-
obs	0.198	131970	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→72.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12430	0	234	679	13343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.87	17759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.491	4917
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1969
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3624	191	0.3029	4175	X-RAY DIFFRACTION	99
1.92-1.94	0.3168	211	0.2787	4158	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-1.97	0.3168	203	0.275	4166	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-1.99	0.3082	212	0.26	4135	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2924	218	0.2533	4182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.285	215	0.2478	4147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2812	226	0.2454	4187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2476	243	0.2358	4161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.2951	246	0.2176	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.2525	205	0.2135	4158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2804	231	0.2114	4189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2509	186	0.2086	4170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.3	0.2519	223	0.2068	4189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2458	240	0.2101	4170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2718	208	0.2148	4207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.2811	239	0.2075	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2574	224	0.1962	4176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.2583	210	0.1982	4204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.2589	231	0.2059	4185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.301	211	0.2166	4178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.2345	205	0.2194	4203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.2721	205	0.2141	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.2636	224	0.2116	4161	X-RAY DIFFRACTION	99
3.09-3.25	0.256	222	0.2125	4192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.45	0.2274	230	0.1994	4200	X-RAY DIFFRACTION	99
3.45-3.72	0.1905	199	0.1806	4127	X-RAY DIFFRACTION	97
3.72-4.09	0.1775	210	0.1577	4228	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.69	0.177	250	0.1403	4209	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-5.9	0.1852	212	0.1558	4236	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9-72.63	0.2136	218	0.2064	4303	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1703	1.0536	-3.3098	5.2727	-1.7225	6.6065	-0.0653	0.6786	0.663	-0.527	0.1377	0.071	-0.3801	-0.1575	-0.1096	0.3488	0.0064	-0.0034	0.3445	0.0513	0.2917	3.5625	3.4505	64.2448
2	5.0246	1.2481	-1.1454	3.5091	-2.6038	5.6248	0.0275	0.3514	0.2876	-0.1444	0.3827	0.8197	0.1119	-0.5328	-0.4177	0.2751	-0.0461	0.0421	0.3901	-0.0391	0.3743	-3.2258	-5.2864	71.0882
3	7.1073	2.6562	2.2495	4.3632	1.1152	4.2329	0.1728	-0.336	0.1449	-0.0676	-0.1513	-0.0237	-0.377	0.8445	-0.0167	0.336	0.0033	-0.0123	0.7281	-0.0499	0.2962	11.3832	-0.2489	58.0429
4	2.2286	0.5535	0.5429	1.2056	0.3468	3.083	-0.0827	-0.1722	0.0685	0.3912	-0.0432	0.1588	0.1271	-0.1622	0.0508	0.2423	0.0484	0.0015	0.2263	-0.0106	0.1879	3.3265	-0.5691	84.1792
5	1.9576	1.763	2.7925	4.2485	3.1459	4.7999	0.1754	-0.7313	-0.1668	0.411	-0.1257	-0.0586	0.3597	-0.4287	-0.0146	0.4281	-0.0397	0.0315	0.5378	0.0514	0.291	6.2576	-7.3057	99.4067
6	2.3089	-0.8812	2.1676	1.7969	-1.8532	2.7815	-0.1762	0.025	0.2358	-0.0648	0.0278	1.4002	-0.3268	-1.0397	0.138	0.5233	0.071	-0.0859	0.4247	-0.0118	0.5127	-4.1291	6.4205	88.9653
7	7.7004	0.5089	-0.5525	3.9964	-0.2101	1.9818	-0.3022	-0.7776	-0.3104	-0.2586	-0.1477	0.6763	0.3602	-0.5884	0.519	0.4179	0.1025	0.0607	0.4888	-0.0146	0.3862	-2.1727	7.5706	97.4629
8	2.0491	-0.2581	-0.6946	2.187	1.0798	4.085	-0.1266	-0.3669	0.127	0.1595	0.2413	-0.0464	-0.5225	0.0718	-0.1418	0.3911	0.0365	-0.0022	0.2102	-0.0216	0.2738	7.1259	5.9065	90.3158
9	3.9833	1.3362	1.8907	5.7777	0.8356	0.8997	0.102	-0.5162	-0.4606	0.972	-0.2664	1.0846	-0.217	-1.7742	0.2368	0.593	0.0933	0.2166	1.1054	0.0113	0.4787	1.0565	1.8802	107.8406
10	3.4406	-1.2369	-0.3398	4.0344	1.9986	5.6326	-0.0009	-0.9023	-0.4281	0.5969	-0.0099	-0.3326	0.7222	0.8156	0.0546	0.4322	-0.0108	-0.0002	0.4899	0.1012	0.2503	14.2042	-5.4807	102.3593
11	2.7632	-0.3613	-1.011	3.2062	1.4368	3.4292	0.0306	-0.7152	0.1771	0.117	-0.0723	-0.3612	-0.5003	0.3786	0.0408	0.4875	-0.0573	-0.0192	0.543	-0.033	0.2655	17.434	7.5902	98.5497
12	1.1991	0.1546	0.988	1.3964	0.7306	1.9507	0.4594	-0.6725	-0.4684	0.6475	-0.2396	0.0275	0.5749	0.0531	-0.1144	0.608	-0.2196	-0.0237	0.5622	0.1388	0.4744	-2.692	-18.2333	89.1822
13	0.5032	0.0377	-0.4101	0.0084	-0.0393	0.3454	0.1789	-0.5359	-0.1228	0.3179	-0.0167	0.0674	-0.0513	0.1677	0.7365	1.085	-0.8627	0.4094	1.6207	0.0512	0.6331	-7.4032	-15.8578	104.1495
14	2.5258	0.3911	0.4086	1.7816	-0.1614	3.2821	0.2092	0.1919	-0.4406	-0.0623	-0.1696	0.0943	0.3483	-0.1259	0.0004	0.2854	-0.0203	0.0036	0.1404	-0.0215	0.2742	9.5366	-10.9495	82.6654
15	8.1888	0.1467	2.4681	0.0558	0.0983	1.4842	-0.0347	0.4537	-0.0433	0.0391	0.0447	-0.0552	-0.1707	0.4243	0.0324	0.2911	-0.0753	0.0112	0.348	0.0159	0.2441	17.1093	1.5854	74.0246
16	6.7263	-0.0215	-0.4623	2.8306	-4.6972	7.8774	0.0779	0.7842	-0.9798	-0.6735	0.4686	0.5716	1.854	-0.19	-0.4478	0.7316	-0.0199	-0.024	0.4448	-0.067	0.5479	16.1777	-18.4957	77.1144
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59	1.2122	0.192	0.5594	0.3315	-0.3519	6.8109	0.1081	0.1193	0.2743	-0.1933	-0.2507	0.2546	-0.3496	-0.4394	0.1952	0.4277	0.1469	-0.0089	0.2233	-0.0034	0.3228	41.658	16.7707	61.7477
60	0.9496	-0.2498	-0.2619	1.2928	-0.2011	2.1495	0.2811	0.3048	-0.0418	-0.2186	-0.1011	0.1063	-0.315	-0.1965	-0.1724	0.3065	0.1148	-0.0195	0.2311	-0.0567	0.2277	50.4069	11.8418	55.8009
61	6.5029	1.2477	-1.5465	0.7861	-0.1261	1.859	-0.0197	0.0219	-0.2304	0.2023	0.1296	-0.1787	0.2145	0.3849	-0.099	0.2701	0.0649	-0.0265	0.2495	0.02	0.2352	64.2974	-0.6761	72.0693
62	5.4326	-0.3801	1.1154	1.6426	-0.2094	1.1271	-0.2007	-0.3446	0.6218	0.2368	0.171	-0.2948	-0.3346	0.0696	0.0184	0.3363	-0.0131	-0.0254	0.2435	-0.0818	0.3186	66.0297	13.5069	64.4718
63	4.7475	-1.3172	-4.9703	3.3019	-0.9801	7.0283	-0.6166	-2.0517	0.6741	0.7306	-0.1055	0.2753	-0.2088	1.368	0.0048	0.5465	0.0724	-0.0756	0.9136	-0.308	0.506	74.909	5.8605	75.9859
64	4.3074	0.6239	-0.2183	3.5301	-0.1642	0.9404	-0.0511	-0.6206	-0.5684	0.1841	0.0334	-0.1741	0.3913	0.2371	-0.013	0.2632	0.074	-0.0165	0.2595	0.0649	0.2506	69.118	-5.6349	66.6944
65	6.3024	1.3938	-0.7775	2.189	0.166	2.111	-0.1649	0.4906	-0.3636	-0.1184	0.0885	-0.3639	-0.047	0.5017	0.0515	0.2018	-0.0039	-0.0109	0.3937	0.0192	0.2793	74.6188	2.6664	56.915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 48 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 67 through 94 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 95 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 105 through 117 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 118 through 147 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 148 through 166 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 167 through 187 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 188 through 209 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 6 through 38 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 39 through 48 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 49 through 66 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 67 through 94 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 95 through 104 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 105 through 147 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 148 through 166 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 167 through 187 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 188 through 209 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 7 through 48 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 49 through 104 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 105 through 152 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 153 through 166 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 167 through 210 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 6 through 23 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 24 through 38 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 39 through 48 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 49 through 66 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 67 through 93 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 94 through 117 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 118 through 147 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 148 through 166 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 167 through 187 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 188 through 210 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid -4 through 23 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 24 through 66 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 67 through 94 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 95 through 104 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 105 through 117 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 118 through 147 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 148 through 166 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 167 through 209 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 11 through 23 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 24 through 66 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 67 through 93 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 94 through 117 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 118 through 166 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 167 through 209 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 8 through 23 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 24 through 48 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 49 through 78 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 79 through 93 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 94 through 117 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 118 through 147 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 148 through 166 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 167 through 210 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 7 through 23 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 24 through 38 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resid 39 through 66 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'H' and (resid 67 through 93 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'H' and (resid 94 through 147 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'H' and (resid 148 through 166 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'H' and (resid 167 through 187 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'H' and (resid 188 through 209 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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