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- PDB-9dsy: Crystal Structure of C4-Dicarboxylate-Binding Periplasmic Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dsy
タイトルCrystal Structure of C4-Dicarboxylate-Binding Periplasmic Protein (PA5167) of Tripartite ATP-independent Periplasmic Transporter Family from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in Complex with Succinic Acid
要素C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein DctP
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / DctP / Succinic acid / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性C4-dicarboxylate transport / TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / SUCCINIC ACID / C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein DctP
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Minasov, G. / Shukla, S. / Shuvalova, L. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of C4-Dicarboxylate-Binding Periplasmic Protein (PA5167) of Tripartite ATP-independent Periplasmic Transporter Family from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in Complex with Succinic Acid
著者: Minasov, G. / Shukla, S. / Shuvalova, L. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
履歴
登録2024年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein DctP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8687
ポリマ－35,4231
非ポリマー4456
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, 4O94
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.585, 44.495, 47.239
Angle α, β, γ (deg.)78.78, 84.22, 75.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein DctP


分子量: 35423.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: dctP, PA5167 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HU18
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 7.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.02M Tris-HCl (pH 8.0), 2mM Succinic acid; Screen: Classics II (H9), 0.05M Zing acetate, 20% (w/v) PEG 3350; Cryo: Reservoir.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月8日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 55717 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.121 / Rsym value: 0.103 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2681 / CC1/2: 0.559 / CC star: 0.847 / Rpim(I) all: 0.894 / Χ2: 0.994 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.409 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18922 2775 5 %RANDOM
Rwork0.17282 ---
obs0.17365 52942 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20.02 Å2
2---0.73 Å20.12 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.35→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 13 261 2685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0122687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.8393643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4971.7776036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.315343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.436512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.35610475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.023226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0221.0631327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0211.0621327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.581.9061685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5791.9071686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2241.3531360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2241.3541359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4842.3581959
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.59515.43099
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.5213.023021
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.352→1.387 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 184 -
Rwork0.264 3765 -
obs--90.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64620.2327-0.30832.3024-0.59430.6945-0.0593-0.0718-0.11510.0884-0.0016-0.16680.02060.01910.06090.02250.00230.00490.00340.00450.0418-6.13-28.3827-9.5474
20.1535-0.62110.04488.5495-2.62514.0809-0.06640.1621-0.0765-0.42420.25180.30150.2566-0.5033-0.18530.1751-0.1392-0.0010.3287-0.08310.0594-15.4416-29.8115-30.0904
31.7517-1.28250.28383.2867-1.15760.98540.00650.31760.0474-0.5631-0.0557-0.18050.208-0.06640.04920.1353-0.03850.0310.07610.00270.0508-10.8414-22.462-24.6788
41.5236-0.4263-0.44131.7959-0.42682.87220.05630.30260.3267-0.216-0.1237-0.2231-0.09020.05430.06740.0662-0.01150.02510.08040.07240.0901-6.5527-9.6796-26.1241
51.1109-0.19690.09341.8745-0.34330.3279-0.04020.05-0.0201-0.09230.03940.03950.02410.00410.00080.0173-0.00790.00340.0052-00.0346-13.9686-23.5004-15.2785
63.7081-0.8833-1.75382.15450.58461.94850.04150.8360.1186-0.4921-0.18550.3504-0.0612-0.31540.1440.1346-0.002-0.09530.19850.04270.1034-19.9946-13.1725-31.0825
713.22735.5852-1.46733.7704-1.58332.2670.37890.4214-0.3681-0.4495-0.2232-0.06140.4775-0.0149-0.15560.3750.0451-0.01130.3267-0.08180.0542-8.1305-30.359-37.5487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3A126 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4A163 - 197
5X-RAY DIFFRACTION5A198 - 280
6X-RAY DIFFRACTION6A281 - 312
7X-RAY DIFFRACTION7A313 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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