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- PDB-9dsq: Thermotoga maritima threonylcarbamoyl adenylate synthase (TsaC2) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dsq
タイトルThermotoga maritima threonylcarbamoyl adenylate synthase (TsaC2) in complex with products TC-AMP and pyrophosphate
要素Threonylcarbamoyl-AMP synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TsaC2 / TsaC / t6A / N6-threonylcarbamoyl adenosine / t6A37 / tRNA / transfer-RNA / reaction intermediate / TC-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonylcarbamoyladenylate synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / tRNA processing / regulation of translational fidelity / nucleotidyltransferase activity / double-stranded RNA binding / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein SUA5 / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain superfamily / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / : / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / threonylcarbamoyladenylate / Threonylcarbamoyl-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Kutshuashvili, A. / Swairjo, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110588 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic evidence of N-carboxy-L-threonine intermediate in t6A modification of tRNA.
著者: Kutchaushvili, A. / Wood, E. / Luthra, A. / Hung, S.-H. / Swinehart, W. / Bayooz, S. / Scheleen, E. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.
履歴
登録2024年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
B: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,56414
ポリマ－76,7162
非ポリマー1,84912
水3,747208
1
A: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1676
ポリマ－38,3581
非ポリマー8095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3988
ポリマ－38,3581
非ポリマー1,0407
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.825, 153.825, 86.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-635-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Threonylcarbamoyl-AMP synthase / TC-AMP synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase


分子量: 38357.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal 5 residues (GSHMA) are left from thrombin cutting site after removal of an N-terminal His6 tag.
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / 遺伝子: TM_0852 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZV6, L-threonylcarbamoyladenylate synthase

-
非ポリマー , 7種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE


分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TXA / threonylcarbamoyladenylate


分子量: 492.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N6O11P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: Reservoir solution: 500 ul 80 mM sodium cacodylate, pH 7.4, 0.23 M sodium acetate, 13.5% PEG8000, 20% glycerol. Protein: 25 mg/mL TmTsaC2, 50 mM Tris, pH 7.5, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 10 mM L- ...詳細: Reservoir solution: 500 ul 80 mM sodium cacodylate, pH 7.4, 0.23 M sodium acetate, 13.5% PEG8000, 20% glycerol. Protein: 25 mg/mL TmTsaC2, 50 mM Tris, pH 7.5, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 10 mM L-threonine, 30 mM sodium bicarbonate. Crystal soaked in 14% PEG8000, 20% glycerol, 0.2 M sodium acetate, 80 mM sodium cacodylate, pH 7.4, 10 mM L-threonine, 10 mM ATP, 10 mM MgCl2, 30 mM bicarbonate, 0.11 u/ul inorganic pyrophosphatase

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→44.44 Å / Num. obs: 81174 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.271 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.279 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.99→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 5.124 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4420 / CC1/2: 0.322 / Rpim(I) all: 1.197 / Rrim(I) all: 5.263 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータ削減
pointless1.12.10データスケーリング
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.99→44.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.349 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 4176 5.1 %RANDOM
Rwork0.19695 ---
obs0.19828 76961 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.036 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20.49 Å20 Å2
2--0.98 Å2-0 Å2
3----3.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→44.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5123 0 117 208 5448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0125466
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2611.8587436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4321.7612665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6165671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.156536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79210993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.026109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1874.5992636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1724.5982635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.018.2533303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.018.2543304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4925.2572830
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4915.2582831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2849.3654128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.29944.495836
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.29444.095806
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 302 -
Rwork0.365 5605 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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