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万見
- PDB-9dsm: Cryo-EM structure of SSNA-1(R18E/R20E/Q98E) filaments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dsm
タイトルCryo-EM structure of SSNA-1(R18E/R20E/Q98E) filaments
要素Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
キーワードCELL CYCLE / SSNA1 / DIP13 / NA14 / microtubules / centriole / centrosome / mitotic spindle / cytoskeleton / coiled-coil
機能・相同性Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å
データ登録者Agostini, L. / Biertumpfel, C. / Mizuno, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into SSNA1 self-assembly and its microtubule binding for centriole maintenance.
著者: Lorenzo Agostini / Jason A Pfister / Nirakar Basnet / Jienyu Ding / Rui Zhang / Christian Biertümpfel / Kevin F O'Connell / Naoko Mizuno /
要旨: SSNA1 is a fibrillar protein involved in dynamic microtubule remodeling, including nucleation, co-polymerization, and microtubule branching. The underlying molecular mechanism has remained unclear ...SSNA1 is a fibrillar protein involved in dynamic microtubule remodeling, including nucleation, co-polymerization, and microtubule branching. The underlying molecular mechanism has remained unclear due to a lack of structural information. Here, we determine the cryo-EM structure of C.elegans SSNA-1 at 4.55-Å resolution and evaluate its role in embryonic development. We find that SSNA-1 forms an anti-parallel coiled-coil, with self-assembly facilitated by an overhang of 16 C-terminal residues that form a triple-stranded helical junction. The microtubule-binding region is within the triple-stranded junction, suggesting that self-assembly of SSNA-1 creates hubs for effective microtubule interaction. Genetical analysis elucidates that SSNA-1 deletion significantly reduces embryonic viability, and causes multipolar spindles during cell division. Interestingly, impairing SSNA-1 self-assembly has a comparable effect on embryonic viability as the knockout strain. Our study provides molecular insights into SSNA-1's self-assembly and its role in microtubule binding and cell division regulation through centriole stability.
履歴
登録2024年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
B: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
C: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
D: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
E: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
F: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
G: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
H: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
I: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
J: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
K: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
L: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
M: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
N: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
O: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
P: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
Q: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
R: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
S: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
T: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
U: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
V: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
W: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
X: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
Y: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
Z: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
a: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
b: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
c: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
d: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
e: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen
f: Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,32132
ポリマ－469,32132
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, negative stain filaments, light scattering, dynamic light-scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Sjogren's Syndrome Nuclear Autoantigen


分子量: 14666.279 Da / 分子数: 32 / 変異: R18E,R20E,Q98E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ssna-1, tag-261, CELE_T07A9.13, T07A9.13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: Q5F4U5
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: self-assembled SSNA-1 filaments / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 20 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)gold
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM sodium phosphate buffer-NaOH pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% (v/v) glycerol, 1 mM DTT, 0.1% (v/v) n-octyl-beta-D-glucopyranoside
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMsodium phosphateNaH2PO41
210 mMsodium hydroxideNaOH1
3150 mMsodium chlorideNaCl1
410 %glycerolHOCH2CH(OH)CH2OH1
51 mMDTTHSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SH1
60.1 %n-octyl-beta-D-glucopyranosideC14H28O61
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: SSNA-1(R18E/R20E/Q98E) was dialyzed overnight at 4degC against buffer to grow filaments. 5 ul sample at a final concentration of 0.1 mg/mL was applied to glow discharged Quantifoil grids R2/1.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 288 K
詳細: After 1 min incubation at room temperature, the grid was manually blotted on the side of the grid with filter paper (Whatman Grade 1, Cytiva #1001-055) and blotted again with 4 uL of a ...詳細: After 1 min incubation at room temperature, the grid was manually blotted on the side of the grid with filter paper (Whatman Grade 1, Cytiva #1001-055) and blotted again with 4 uL of a solution containing lysis buffer supplemented with 0.1 %(v/v) n-octyl-beta-D-glucopyranoside (beta-OG, Anatrace #O311). The grid was then transferred to an EM GP2 plunger (Leica) with a chamber temperature of 15degC, maximal humidity, incubated for 1 min, blotted with Grade 595 filter paper (Ted Pella #47000-200) for 6 s and vitrified in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40.84 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8390 / 詳細: pixel size 0.412
電子光学装置詳細: pixel size 0.412

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.5.3CTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティング
9PHENIX1.21_5207+SVNモデル精密化
10cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.3最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.5.3分類
13cryoSPARC4.5.3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 45 ° / 軸方向距離/サブユニット: 112 Å / らせん対称軸の対称性: C8
粒子像の選択選択した粒子像数: 888099
3次元再構成解像度: 4.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80664 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: no helical parameters used / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 265.8 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00226720
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42835616
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.5773584
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0283840
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0024736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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