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- PDB-9ds0: Crystal structure of sphA with MeVGQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ds0
タイトルCrystal structure of sphA with MeVGQ
要素8-amino-7-oxononanoate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素 / biotin biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETIC ACID / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminotransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Xi, W. / Hai, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM151205 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: strucutre of PLP-dependent enzyme sphA with MeVGQ
著者: Xi, W. / Hai, Y. / Chai, W. / He, X.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase
C: 8-amino-7-oxononanoate synthase
D: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,68920
ポリマ－214,5394
非ポリマー2,14916
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area32710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.348, 88.752, 91.596
Angle α, β, γ (deg.)64.224, 86.930, 90.009
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
8-amino-7-oxononanoate synthase


分子量: 53634.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: AFUA_3G14690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WYY5, 8-amino-7-oxononanoate synthase

-
非ポリマー , 9種, 312分子

#2: 化合物
ChemComp-A1BDC / (2E,3E)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}pent-3-enoic acid


分子量: 344.257 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4% (v/v) 2-propanol, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 9.0), 20% (w/v) polyethyleneglycol monomethyl ether 5000
PH範囲: 7.5-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 99896 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 30.98 Å2 / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 13.66
反射 シェル解像度: 2.14→2.17 Å / Num. unique obs: 99896 / CC1/2: 0.979

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→45.55 Å / SU ML: 0.2604 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.9898
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 5024 5.03 %
Rwork0.2045 94803 -
obs0.207 99827 87.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14234 0 136 296 14666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007414668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.913219894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05242257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00732565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.01925302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.160.27251160.22332008X-RAY DIFFRACTION56.5
2.16-2.190.25611320.21852738X-RAY DIFFRACTION75.51
2.19-2.210.27241580.2223092X-RAY DIFFRACTION86.02
2.21-2.240.2891740.2123264X-RAY DIFFRACTION90.78
2.24-2.270.2711870.20933237X-RAY DIFFRACTION90.75
2.27-2.30.30711970.19963248X-RAY DIFFRACTION90.47
2.3-2.330.23672470.20253242X-RAY DIFFRACTION90.48
2.33-2.370.28551630.20523192X-RAY DIFFRACTION90.63
2.37-2.410.2751840.20313257X-RAY DIFFRACTION89.82
2.41-2.440.27781640.20513218X-RAY DIFFRACTION89.59
2.44-2.490.28491700.20523276X-RAY DIFFRACTION90.16
2.49-2.530.29771700.21653211X-RAY DIFFRACTION89.71
2.53-2.580.32561520.22513226X-RAY DIFFRACTION89.6
2.58-2.630.32111850.22543188X-RAY DIFFRACTION89.45
2.63-2.690.26741490.22023215X-RAY DIFFRACTION87.88
2.69-2.750.29471570.21362982X-RAY DIFFRACTION84.16
2.75-2.820.29841450.22342789X-RAY DIFFRACTION77.21
2.82-2.90.28531630.22813230X-RAY DIFFRACTION89.57
2.9-2.980.27161920.22063370X-RAY DIFFRACTION93.47
2.98-3.080.27471800.22483361X-RAY DIFFRACTION92.87
3.08-3.190.25461450.21633333X-RAY DIFFRACTION92.8
3.19-3.320.27231560.21273318X-RAY DIFFRACTION91.61
3.32-3.470.28231690.20843282X-RAY DIFFRACTION91.03
3.47-3.650.21991560.20613298X-RAY DIFFRACTION91.01
3.65-3.880.261680.19713138X-RAY DIFFRACTION87.41
3.88-4.180.2271530.19432812X-RAY DIFFRACTION78.31
4.18-4.60.21651510.18053423X-RAY DIFFRACTION94.03
4.6-5.260.22721490.19263362X-RAY DIFFRACTION93.3
5.27-6.630.23922170.21473250X-RAY DIFFRACTION91.28
6.63-45.550.19961750.1733243X-RAY DIFFRACTION90.14
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.00954582413 Å / Origin y: -12.1875693567 Å / Origin z: 9.57771873056 Å
111213212223313233
T0.10804153819 Å20.00207997477602 Å20.00764070291783 Å2-0.0925733881503 Å20.00628077769212 Å2--0.078271942457 Å2
L0.315999634819 °20.0181134187124 °20.0499419265222 °2-0.0748072214377 °20.00566151323091 °2--0.0480811035052 °2
S0.0161365724188 Å °-0.00209921317536 Å °0.0108909408198 Å °-0.00460073382486 Å °-0.0157667151311 Å °0.012909627132 Å °-0.00307053435007 Å °0.0125966727252 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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