PDB-9drt: Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9drt

タイトル

Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with cognate precursor tRNA and fragment DDD00805735

要素

(Phenylalanine--tRNA ligase ...) x 2
tRNA(Phe)

キーワード

LIGASE/RNA / AMINOACYLATION / PHENYLALANYL TRNA SYNTHETASE / STRUCTURAL GENOMICS / LIGASE-TRNA COMPLEX / CENTER FOR STRUCTURAL BIOLOGY OF INFECTIOUS DISEASES / CSBID / LIGASE / LIGASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Chang, C. / Michalska, K. / Forte, B. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Wower, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Different chemical scaffolds bind to L-phe site in Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase.
著者: Gade, P. / Chang, C. / Pryde, D.S. / Fletcher, D. / Niven, S. / Magalhaes, L.G. / Robinson, D. / Saini, J. / Ibrahim, P.E.G.F. / Forte, B. / Wower, J. / Bodkin, M.J. / Baragana, B. / Gilbert, ...

履歴

登録	2024年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit

B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit

C: tRNA(Phe)

D: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit

E: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit

F: tRNA(Phe)

ヘテロ分子

305 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.773, 65.250, 191.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.736, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

-
Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質	Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS 分子量: 37486.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質	Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS 分子量: 88867.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS

分子量: 37486.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase

#2: タンパク質

Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS

分子量: 88867.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 CF

#3: RNA鎖	tRNA(Phe) 分子量: 24842.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 参照: GenBank: 1251771558

-
非ポリマー , 9種, 1029分子

#4: 化合物	ChemComp-A1BA3 / N-(2-anilinoethyl)methanesulfonamide 分子量: 214.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#11: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 999 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate HEPES pH 7.5 PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97937 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 117034 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 0.899 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 775199

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.51-2.55	6.6	1.04	5751	0.744	0.924	0.429	1.127	0.756	98.3
2.55-2.6	6.5	0.847	5853	0.798	0.942	0.352	0.919	0.753	98.5
2.6-2.65	6.5	0.693	5778	0.871	0.965	0.289	0.752	0.765	98.5
2.65-2.7	6.4	0.608	5873	0.878	0.967	0.255	0.661	0.788	98.6
2.7-2.76	6.3	0.522	5761	0.901	0.974	0.222	0.569	0.801	98.3
2.76-2.83	5.8	0.424	5630	0.914	0.977	0.188	0.466	0.824	95.1
2.83-2.9	6.6	0.35	5821	0.958	0.989	0.145	0.38	0.875	98.8
2.9-2.98	6.9	0.301	5890	0.968	0.992	0.122	0.326	0.866	99
2.98-3.06	6.8	0.253	5810	0.975	0.994	0.102	0.273	0.92	99
3.06-3.16	6.9	0.197	5862	0.983	0.996	0.08	0.213	0.962	99
3.16-3.28	6.8	0.165	5893	0.987	0.997	0.067	0.179	1	99.1
3.28-3.41	6.8	0.131	5865	0.99	0.997	0.054	0.142	1.024	99
3.41-3.56	6.6	0.104	5846	0.992	0.998	0.044	0.113	1.005	98.9
3.56-3.75	6.2	0.09	5731	0.993	0.998	0.039	0.099	1.065	96.2
3.75-3.98	7.1	0.082	5884	0.994	0.999	0.033	0.089	1.104	99.3
3.98-4.29	7	0.073	5957	0.994	0.999	0.029	0.079	1.094	99.3
4.29-4.72	6.9	0.067	5928	0.995	0.999	0.027	0.072	1.053	98.8
4.72-5.41	6.3	0.06	5857	0.995	0.999	0.025	0.065	0.9	97.6
5.41-6.81	6.9	0.051	5953	0.996	0.999	0.021	0.056	0.701	98.6
6.81-50	6.5	0.048	6091	0.997	0.999	0.02	0.052	0.67	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→48.42 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2406	5475	4.95 %
R_work	0.2071	105194	-
obs	0.2088	110669	92.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→48.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17531	3169	164	999	21863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	21816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4256	30499
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0376	3595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	3489
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.1713	8975

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.53	0.3155	85	0.2885	1746	X-RAY DIFFRACTION	46.89
2.53-2.56	0.3501	99	0.2776	2097	X-RAY DIFFRACTION	55.57
2.56-2.6	0.3402	124	0.2847	2418	X-RAY DIFFRACTION	64.57
2.6-2.63	0.3247	136	0.2667	3032	X-RAY DIFFRACTION	80.86
2.63-2.66	0.2845	151	0.2602	3375	X-RAY DIFFRACTION	90.16
2.66-2.7	0.3035	186	0.2624	3606	X-RAY DIFFRACTION	94.78
2.7-2.74	0.3135	206	0.2659	3592	X-RAY DIFFRACTION	96.35
2.74-2.78	0.3319	210	0.2656	3585	X-RAY DIFFRACTION	96.96
2.78-2.82	0.3014	185	0.2676	3469	X-RAY DIFFRACTION	91.81
2.82-2.87	0.3168	196	0.2576	3648	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.87-2.92	0.3438	191	0.2691	3672	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.92-2.97	0.3203	199	0.2689	3793	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.97-3.03	0.3319	172	0.2499	3696	X-RAY DIFFRACTION	98.77
3.03-3.09	0.3046	203	0.2359	3723	X-RAY DIFFRACTION	98.97
3.09-3.16	0.2548	204	0.2293	3673	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.16-3.23	0.2746	177	0.2244	3769	X-RAY DIFFRACTION	99.12
3.23-3.31	0.2838	164	0.2249	3743	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.31-3.4	0.2462	172	0.2245	3754	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.4-3.5	0.2719	200	0.2192	3715	X-RAY DIFFRACTION	98.91
3.5-3.61	0.2023	183	0.2175	3770	X-RAY DIFFRACTION	98.63
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20	0.045380820984	0.0353913405291	-0.0355284360008	0.0151921161856	-0.0200994389057	0.0263647918209	-0.0452648362398	-0.115172736239	-0.0245495564919	0.136069862499	-0.0618644732869	0.206066444751	0.0457821253543	-0.0390360235173	-0.0171173188238	0.341799816381	0.0304951009342	0.242400191489	0.422058943885	0.101875024669	1.03400193112	-67.2943514367	-6.87112363643	-2.69824663012
21	0.0762276859927	-0.0365642899871	-0.0436437203741	0.12096390286	0.160855462783	0.1604686808	-0.0727297163164	-0.136822778324	0.213916547162	0.424822628172	0.129687707626	0.518835909083	-0.132673511	-0.0577280836787	0.032028633854	0.486810231933	0.0455900348414	0.161450839852	0.357711297093	0.0764891517481	0.719980522506	-51.8712673857	-3.76382674007	-0.704878793511
22	0.0013368776965	0.00399429475949	0.000809686871922	0.00826407364782	-0.000588765787841	-0.0014159628863	-0.103287447652	-0.0320861952858	-0.00320113113783	0.020728293295	-0.0445863969067	0.0421818169329	-0.111888388136	-0.0124114460637	1.00284529332E-5	0.670934393913	0.186387344065	0.224309508225	0.972673117854	-0.105203828304	1.78535262271	-80.6844919281	6.04803646068	-2.63875870356
23	0.00183678861478	0.00510423604798	-0.00462586481409	0.00638886169367	-0.00804835318054	0.00753142982934	0.0682277470733	0.0864946705757	-0.0683586732681	-0.0701046297224	0.0568463638938	0.01991736157	0.00213290309372	-0.0726237084804	1.65243336747E-5	1.68739701878	-0.142889046808	-0.343174159805	1.77192517728	-0.0974629859606	1.70677404069	-82.2061824848	-3.46204310836	-29.5056291561

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 110 )	A	A	0 - 110	1 - 111
2	2	chain 'A' and (resid 111 through 211 )	A	A	111 - 211	112 - 212
3	3	chain 'A' and (resid 212 through 285 )	A	A	212 - 285	213 - 286
4	4	chain 'A' and (resid 286 through 341 )	A	A	286 - 341	287 - 342
5	5	chain 'B' and (resid -2 through 270 )	B	B	-2 - 270	1 - 273
6	6	chain 'B' and (resid 271 through 445 )	B	B	271 - 445	274 - 448
7	7	chain 'B' and (resid 446 through 516 )	B	B	446 - 516	449 - 519
8	8	chain 'B' and (resid 517 through 621 )	B	B	517 - 621	520 - 624
9	9	chain 'B' and (resid 622 through 831 )	B	B	622 - 831	625 - 834
10	10	chain 'C' and (resid 1 through 10 )	C	C	1 - 10
11	11	chain 'C' and (resid 11 through 25 )	C	C	11 - 25
12	12	chain 'C' and (resid 26 through 60 )	C	C	26 - 60
13	13	chain 'C' and (resid 61 through 71 )	C	C	61 - 71
14	14	chain 'D' and (resid 1 through 92 )	D	D	1 - 92	1 - 92
15	15	chain 'D' and (resid 93 through 211 )	D	D	93 - 211	93 - 211
16	16	chain 'D' and (resid 212 through 341 )	D	D	212 - 341	212 - 337
17	17	chain 'E' and (resid -2 through 445 )	E	E	-2 - 445	1 - 429
18	18	chain 'E' and (resid 446 through 831 )	E	E	446 - 831	430 - 815
19	19	chain 'F' and (resid 1 through 10 )	F	F	1 - 10
20	20	chain 'F' and (resid 11 through 25 )	F	F	11 - 25
21	21	chain 'F' and (resid 26 through 55 )	F	F	26 - 55
22	22	chain 'F' and (resid 56 through 65 )	F	F	56 - 65
23	23	chain 'F' and (resid 66 through 77 )	F	F	66 - 77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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