PDB-9dri: Crystal structure of SphA in complex with VGQ intermedaite

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dri

タイトル

Crystal structure of SphA in complex with VGQ intermedaite

要素

8-amino-7-oxononanoate synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP-dependent enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Xi, W. / Hai, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SphA in complex with VGQ intermedaite
著者: Xi, W. / Hai, Y.

履歴

登録	2024年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dri.cif.gz	448.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dri.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dri_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dri_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9dri_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	9dri_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.200, 71.873, 90.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.813, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	8-amino-7-oxononanoate synthase 分子量: 53634.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: KXV57_002439 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8H4HX52, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1BC7 / (2E)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}but-3-enoic acid 分子量: 330.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4% (v/v) 2-propanol, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 9.0), 20% (w/v) polyethyleneglycol monomethyl ether 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→35.94 Å / Num. obs: 78980 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.86 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 39.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.712 / Num. unique obs: 3939 / CC_1/2: 0.879 / R_pim(I) all: 0.29 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→35.94 Å / SU ML: 0.2114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.26
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	3936	4.99 %
R_work	0.194	74951	-
obs	0.1958	78887	97.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7097	0	52	321	7470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	7298
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	9907
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0538	1126
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	1273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.99	2635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3746	122	0.321	2334	X-RAY DIFFRACTION	85.81
1.87-1.89	0.3494	129	0.3068	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.89-1.92	0.3174	138	0.319	2647	X-RAY DIFFRACTION	98.62
1.92-1.94	0.3536	156	0.3098	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.94-1.97	0.2933	148	0.2542	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.97-2	0.2673	151	0.2304	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2-2.03	0.23	146	0.2249	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.03-2.07	0.2767	116	0.2307	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.07-2.1	0.3066	154	0.2417	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.1-2.14	0.2516	140	0.2238	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.14-2.18	0.2673	148	0.2215	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.23	0.2735	134	0.2179	2746	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.23-2.27	0.2709	139	0.2495	2607	X-RAY DIFFRACTION	96.69
2.27-2.33	0.231	154	0.2096	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.23
2.33-2.39	0.2052	120	0.2047	2704	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.39-2.45	0.2459	153	0.197	2634	X-RAY DIFFRACTION	96.77
2.45-2.52	0.231	125	0.2048	2474	X-RAY DIFFRACTION	90.81
2.52-2.6	0.2093	131	0.2008	2634	X-RAY DIFFRACTION	95.67
2.6-2.7	0.2431	164	0.2124	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.7-2.8	0.2647	163	0.2044	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.8-2.93	0.2703	162	0.2136	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.93-3.09	0.2203	124	0.2089	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.09-3.28	0.2568	145	0.2023	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.28-3.53	0.2631	118	0.1944	2711	X-RAY DIFFRACTION	98.43
3.53-3.89	0.2033	151	0.1736	2675	X-RAY DIFFRACTION	97.05
3.89-4.45	0.1809	132	0.1508	2655	X-RAY DIFFRACTION	94.67
4.45-5.6	0.1767	124	0.147	2616	X-RAY DIFFRACTION	94.19
5.6-35.94	0.1711	149	0.1499	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.1

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.2738155038 Å / Origin y: -10.1381462422 Å / Origin z: 23.1275406288 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.143115312594 Å²	-0.0132487605893 Å²	-0.0188610857823 Å²	-	0.137280897134 Å²	0.0194640170804 Å²	-	-	0.129518819898 Å²
L	0.110409722891 °²	0.124078182774 °²	-0.163746771885 °²	-	0.348221386385 °²	-0.0675482416222 °²	-	-	0.0969817392944 °²
S	-0.0688624255941 Å °	-0.0362200216035 Å °	0.0750491075546 Å °	-0.119594506697 Å °	0.0830198613867 Å °	0.0151271140442 Å °	0.0372061850676 Å °	-0.0516963242343 Å °	-1.92555065406E-11 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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