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万見
- PDB-9drh: Crystal structure of Tet(X7) bound to anhydrotetracycline C10-ben... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9drh
タイトルCrystal structure of Tet(X7) bound to anhydrotetracycline C10-benzoate ester
要素Tet(X7)
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性: / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tang, W.K. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2025
タイトル: C10-Benzoate Esters of Anhydrotetracycline Inhibit Tetracycline Destructases and Recover Tetracycline Antibacterial Activity.
著者: Williford, E.E. / Xue, Y.P. / Tang, W.K. / Li, R. / Jones, K.V. / Blake, K.S. / Blaine, H.C. / Lian, X. / Stallings, C.L. / Tolia, N.H. / Dantas, G. / Wencewicz, T.A.
履歴
登録2024年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tet(X7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2223
ポリマ－44,9041
非ポリマー1,3182
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.730, 132.730, 57.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Tet(X7)


分子量: 44903.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-A1BDP / (6aS,7S,10aS)-9-carbamoyl-7-(dimethylamino)-8,10a,12-trihydroxy-5-methyl-10,11-dioxo-6,6a,7,10,10a,11-hexahydrotetracen-1-yl pyrimidine-2-carboxylate


分子量: 532.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H24N4O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate, 16% PEG 4000 and 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→19.79 Å / Num. obs: 8118 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.79 % / Biso Wilson estimate: 121.98 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Num. unique obs: 8117 / CC1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→19.79 Å / SU ML: 0.5723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.395
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2914 814 10.03 %
Rwork0.2335 7304 -
obs0.2395 8118 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 149.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2888 0 92 0 2980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45944129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0396454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.06491161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.510.42191310.36751185X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.770.37771340.30281204X-RAY DIFFRACTION100
3.77-4.150.3561330.28551194X-RAY DIFFRACTION99.77
4.15-4.750.32671350.23261196X-RAY DIFFRACTION98.89
4.75-5.950.26071350.24221221X-RAY DIFFRACTION99.34
5.95-19.790.24181460.1871304X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9233842993960.570908424928-0.1648177142530.5566535742780.5168343314891.744106877090.681858286980.42492025954-0.461264907896-0.497010792929-0.2638385112440.674432803733-0.216191929217-0.555289290855-3.09508699496E-51.2381027779-0.0690380286075-0.08630610570971.296609928290.0630932595771.515751219634.47317122141-37.8414667372-3.82099654707
24.62617659177-2.98567569716-0.4611985247914.10054707773-1.616589567592.178611897210.706556042973-0.11953433965-0.1436052548190.0162101731558-0.1546870827380.787135778042-0.171335066520.1012376071580.0009660502416261.30429840912-0.4384756890210.1198544885091.16029548143-0.1501100459651.2495542699112.9427007128-43.06905627467.48072380092
30.589054379881-1.168890730390.9501503650752.33602297824-1.875740195561.493129533010.596705552419-1.1795880148-0.5002253177350.0442297629137-0.6667356895570.127533109572-0.8095998931281.24181395679-2.04267804686E-51.52955652551-0.4331643879790.02533861145141.70919329565-0.07679140450991.1474045202725.6914461838-52.047726036916.6026678366
43.19377816870.0925387601305-1.29962000588-0.008075665303540.1372394603711.602957204110.643638956547-0.4761076322810.6955800667290.303679164294-0.137509745764-0.267858229302-0.9336841916440.8056079265990.001514132328741.45706724372-0.5051920792970.1619270479631.21771951446-0.2507289282641.1526277968221.5858034966-37.08298080939.19153063716
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 23 through 66 )23 - 661 - 44
22chain 'A' and (resid 67 through 220 )67 - 22045 - 198
33chain 'A' and (resid 221 through 266 )221 - 266199 - 238
44chain 'A' and (resid 267 through 393 )267 - 393239 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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