PDB-9drf: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9drf

タイトル

Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (DTP bound, P21 form)

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / ADP-ribose diphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (DTP bound, P21 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9drf.cif.gz	666.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9drf.ent.gz	552 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9drf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9drf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9drf	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (6)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (4)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

202 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

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50.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

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4

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.034, 80.131, 116.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose phosphohydrolase / Adenosine diphosphoribose pyrophosphatase 分子量: 24742.848 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPHS_45750 / プラスミド: KlpnC.20447.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE (DTP), Puck: PSL- ...詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE (DTP), Puck: PSL-1510, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4.

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.78 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE (DTP), Puck: PSL- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→49.23 Å / Num. obs: 163324 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 1115757
反射シェル	解像度: 1.78→1.83 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.136 / Num. measured all: 83689 / Num. unique obs: 11978 / CC_1/2: 0.787 / R_pim(I) all: 0.462 / R_rim(I) all: 1.228 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5295: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→49.23 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2175	8036	4.93 %
R_work	0.1789	-	-
obs	0.1808	163159	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→49.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12536	0	247	677	13460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	13178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	17943
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.85	4965
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1984
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2291

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8	0.4497	277	0.3751	5065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.82	0.358	298	0.3418	5162	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.3564	264	0.3139	5076	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.3058	278	0.2891	5175	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.89	0.3271	262	0.2589	5152	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2772	248	0.24	5184	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.94	0.2638	226	0.2235	5174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2629	281	0.2182	5145	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2815	248	0.211	5183	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2388	259	0.2093	5163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.25	230	0.2087	5177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.255	285	0.2081	5181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.2352	221	0.1964	5155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2548	245	0.1899	5182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.24	0.242	270	0.1862	5144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.29	0.222	284	0.1759	5146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.35	0.2257	248	0.1791	5221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.42	0.2145	252	0.179	5170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.49	0.2367	288	0.1804	5140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.57	0.2359	259	0.1769	5230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.66	0.2126	235	0.1792	5191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.77	0.2567	337	0.2051	5118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.89	0.2366	279	0.2064	5137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.04	0.2259	292	0.1824	5174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.23	0.223	254	0.1859	5215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.48	0.2178	314	0.1787	5155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.83	0.1888	282	0.1615	5178	X-RAY DIFFRACTION	99
3.83-4.39	0.1658	267	0.1345	5195	X-RAY DIFFRACTION	99
4.39-5.53	0.1736	286	0.1279	5212	X-RAY DIFFRACTION	100
5.53-49.23	0.2048	267	0.1833	5323	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2595	-0.4628	-0.5282	2.552	-1.0988	3.8364	-0.0057	0.3055	0.6873	0.0697	0.0124	-0.3301	-0.5157	0.6678	-0.0954	0.388	-0.0453	0.0011	0.627	0.0213	0.4416	-35.1471	17.3193	65.8299
2	1.3275	-0.0095	0.3485	1.1966	-0.1856	3.1048	-0.1224	0.2352	-0.0993	0.0205	0.0679	0.1484	0.0639	-0.3663	0.062	0.2656	0.0292	0.0196	0.4721	0.0023	0.3104	-43.65	11.2924	73.5124
3	2.5314	2.0137	3.1578	6.826	4.9008	8.3322	-0.0229	-0.481	-0.1633	0.4077	0.1844	0.0952	0.4033	-0.454	-0.123	0.3664	0.0219	0.0329	0.4616	0.0822	0.2446	-40.0855	5.9002	99.815
4	1.4488	-0.2537	0.5945	2.8302	2.7188	7.8791	-0.2706	-0.2579	0.1324	0.1433	0.0823	0.3117	-0.6647	-0.7262	0.2096	0.4123	0.1346	-0.0089	0.3982	0.0106	0.3261	-43.6165	19.8823	92.3247
5	3.1136	0.6558	0.5308	5.1443	0.716	5.6447	-0.1175	-0.5545	-0.0106	0.5517	0.1173	-0.0957	-0.2957	-0.0189	-0.0241	0.3616	0.0697	-0.0173	0.3791	-0.0002	0.2019	-32.948	14.9239	101.879
6	1.5368	-0.6632	1.5592	1.5215	0.9431	3.9709	0.389	-0.6027	-0.7165	0.6377	-0.2834	-0.1063	0.5847	0.1069	-0.0981	0.5868	-0.2436	-0.0508	0.6791	0.1653	0.4864	-48.7672	-4.9961	89.4271
7	0.3587	-0.614	-0.2486	1.9321	-0.5921	4.2905	0.4634	-0.9621	-0.6462	0.4872	-0.268	0.2736	0.4334	-0.5514	0.0234	0.4328	-0.1711	0.0328	0.619	0.0787	0.3225	-42.4014	0.5959	90.2609
8	8.1801	-0.8368	1.3176	0.3778	-0.3438	2.2133	0.0555	0.3944	0.1149	-0.0153	-0.0581	-0.1583	-0.2529	0.571	0.0458	0.2808	-0.0664	0.007	0.4359	0.0272	0.2392	-29.3677	15.4861	74.0299
9	8.5704	0.5512	-1.8167	2.2269	-0.5757	4.7168	0.1612	0.5098	-0.6308	-0.2069	-0.081	-0.1806	0.6373	0.3133	-0.0684	0.3786	0.0938	-0.0224	0.3467	-0.0283	0.2932	-26.3714	0.7097	80.7266
10	2.7097	-3.242	1.2806	3.8797	-1.5365	0.5911	0.2045	2.8544	-1.0585	-0.9475	-0.3633	-0.1611	0.3707	1.6708	0.0852	0.6074	0.0667	0.0744	1.3123	-0.0791	0.463	-19.0463	8.9277	68.7589
11	5.6001	-1.9228	-0.516	5.4356	1.6901	2.8759	-0.0675	0.4917	0.5007	-0.0298	-0.009	-0.1197	-0.7513	0.3236	0.068	0.3496	-0.0935	-0.0594	0.4421	0.1034	0.276	-24.0482	19.9251	79.6581
12	7.4303	-4.1918	0.4227	4.7186	0.5217	3.5413	-0.1904	-0.3896	0.7235	0.1701	0.0488	-0.6612	-0.093	0.9253	0.0986	0.2523	-0.0346	0.0085	0.4712	0.06	0.2574	-17.9794	11.4678	89.04
13	8.4008	3.835	-5.5973	4.3998	-3.9128	8.6602	0.226	0.6612	0.0549	0.017	0.0777	0.4612	-0.0785	-0.632	-0.2959	0.3008	0.0339	0.0158	0.4892	-0.0991	0.3653	-45.1671	10.6876	11.1384
14	1.4568	-0.3992	-0.3938	0.7144	0.7983	4.3616	-0.0831	0.0006	-0.1545	0.0837	-0.0161	0.0501	0.2899	-0.141	0.1072	0.2238	-0.011	0.0175	0.3103	-0.0153	0.3118	-39.1698	9.6146	30.2195
15	1.467	0.1634	-0.4936	1.7554	2.2983	5.8813	0.0117	-0.0937	0.0863	0.0111	-0.0166	0.1701	-0.2056	-0.4914	0.0411	0.265	0.0543	0.0025	0.439	0.0047	0.347	-43.1163	20.4958	35.6931
16	2.1393	2.9254	-0.121	5.3768	-0.0537	7.4193	0.1803	0.3173	0.5794	-0.0029	-0.2454	-0.2844	-0.7847	-1.215	0.1424	0.3632	0.0402	0.0643	0.7297	-0.0333	0.4042	-49.7562	12.3832	50.2005
17	2.2122	0.6219	-0.4971	5.7541	0.403	3.8643	-0.0704	-0.4729	0.0265	0.1875	0.0869	-0.5426	0.0881	0.6169	-0.0133	0.1871	0.0423	-0.0132	0.497	-0.0444	0.2829	-29.5012	17.1727	42.3306
18	4.4528	3.0774	2.9418	7.6258	2.0741	3.6746	0.5524	-0.7529	-0.6631	1.1359	-0.1228	-0.2312	1.0844	-0.5495	-0.4559	0.8625	-0.0852	0.1681	0.5131	0.085	0.5684	-43.9416	-4.7161	42.4481
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20	2.4419	-0.4601	1.1374	0.7728	0.1279	0.8516	0.0198	0.0313	0.1111	-0.1932	0.1263	-0.329	-0.0741	0.5992	-0.0288	0.214	0.0061	0.0216	0.5982	-0.0654	0.3197	-28.4815	14.5078	15.8082
21	2.617	1.4273	-2.3496	5.518	-0.0189	7.5917	-0.6678	0.6933	-1.132	-0.4795	0.398	0.1062	1.562	0.1018	0.3644	0.647	0.1224	0.0666	0.5613	-0.1412	0.6455	-24.7846	-2.6782	19.606
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23	5.6022	-1.2876	-0.0906	2.5321	0.6418	1.1813	-0.0761	-0.1285	0.4769	0.0336	0.2737	-0.3953	-0.1312	0.797	-0.0462	0.2426	0.0036	0.013	0.65	-0.0694	0.3531	-20.258	15.9956	25.7582
24	7.6884	-2.599	1.0689	5.3493	-1.5148	3.8802	-0.0689	-0.7638	-0.403	0.0471	0.1597	0.0708	0.0769	0.0046	-0.0977	0.3859	-0.0215	-0.0376	0.5743	-0.1003	0.3108	12.7396	10.1788	22.3007
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33	6.6014	1.8226	1.1619	3.6269	0.4271	3.0353	-0.09	0.2004	-0.2607	-0.1064	0.268	-0.2503	0.1038	0.7385	-0.0876	0.208	0.0187	-0.0061	0.3426	-0.044	0.278	26.4602	11.8983	6.9803
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42	4.1725	0.1037	0.273	7.3893	2.7284	4.2657	-0.007	0.2799	-0.4865	-0.0546	0.1298	-0.5853	0.3145	0.2807	-0.1772	0.248	0.0217	0.0171	0.4521	-0.0005	0.3318	17.4655	4.6816	47.8274
43	2.1755	-0.9132	-0.6444	3.5833	1.7766	3.6309	0.3704	0.5112	0.4563	-1.1221	-0.2424	-0.0584	-1.6706	0.1986	0.0068	0.7693	0.2515	-0.0031	0.9836	0.1261	0.4484	-0.4732	31.8077	47.0596
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48	3.6823	-4.8317	-3.8228	8.7651	1.6382	9.7417	-2.0853	-1.8644	0.6418	0.6681	1.1641	-0.3428	-1.0539	0.9674	0.7968	0.8136	0.1553	-0.1006	1.0543	-0.09	0.7533	20.3634	20.6172	80.9677
49	5.9289	1.9416	-0.1517	2.3476	-0.0763	2.73	-0.0133	-0.072	-0.283	0.0238	0.0135	-0.2664	0.1833	0.316	0.0063	0.2032	0.0489	-0.0082	0.4419	0.0145	0.3171	25.506	12.0596	61.8962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
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2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 93 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 147 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 148 through 209 )
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 39 through 66 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 67 through 93 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 94 through 147 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 148 through 166 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 167 through 187 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 188 through 209 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 7 through 38 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 39 through 93 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 94 through 152 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 153 through 166 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 167 through 210 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 6 through 23 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 24 through 66 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 67 through 93 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 94 through 116 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 117 through 166 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 167 through 210 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid -4 through 23 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 24 through 66 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 67 through 93 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 94 through 117 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 118 through 152 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 153 through 209 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 8 through 48 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 49 through 93 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 94 through 147 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 148 through 209 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 8 through 23 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 24 through 48 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 49 through 78 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 79 through 93 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 94 through 117 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 118 through 152 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 153 through 166 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 167 through 187 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 188 through 210 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 6 through 23 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 24 through 38 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 39 through 66 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 67 through 93 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 94 through 152 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 153 through 166 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 167 through 209 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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