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Yorodumi- PDB-9drf: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pne... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9drf | |||||||||
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Title | Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (DTP bound, P21 form) | |||||||||
Components | ADP-ribose pyrophosphatase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / ADP-ribose diphosphatase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (DTP bound, P21 form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9drf.cif.gz | 666.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9drf.ent.gz | 552 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9drf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9drf_validation.pdf.gz | 5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9drf_full_validation.pdf.gz | 5 MB | Display | |
Data in XML | 9drf_validation.xml.gz | 75.2 KB | Display | |
Data in CIF | 9drf_validation.cif.gz | 97.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9drf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9drf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24742.848 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: KPHS_45750 / Plasmid: KlpnC.20447.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase #2: Chemical | ChemComp-DTP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE (DTP), Puck: PSL- ...Details: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE (DTP), Puck: PSL-1510, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2024 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→49.23 Å / Num. obs: 163324 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 1115757 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.83 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.136 / Num. measured all: 83689 / Num. unique obs: 11978 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.462 / Rrim(I) all: 1.228 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78→49.23 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→49.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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