PDB-9dre: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dre

タイトル

Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (ADP bound, P21 form)

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / ADP-ribose diphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (ADP bound, P21 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dre.cif.gz	663.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dre.ent.gz	549.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9dre_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dre_full_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示
XML形式データ	9dre_validation.xml.gz	78.7 KB	表示
CIF形式データ	9dre_validation.cif.gz	100.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dre	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

202 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimeric
50.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

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50.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

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50.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.873, 80.109, 115.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose phosphohydrolase / Adenosine diphosphoribose pyrophosphatase 分子量: 24742.848 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPHS_45750 / プラスミド: KlpnC.20447.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM ADP, Puck: PSL-1501, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M ...詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM ADP, Puck: PSL-1501, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4.

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.5 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM ADP, Puck: PSL-1501, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月3日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→49.19 Å / Num. obs: 189816 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 1301132
反射シェル	解像度: 1.69→1.73 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.152 / Num. measured all: 95728 / Num. unique obs: 13969 / CC_1/2: 0.772 / R_pim(I) all: 0.473 / R_rim(I) all: 1.247 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5295: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→49.19 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	9693	5.11 %
R_work	0.1753	-	-
obs	0.1771	189563	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→49.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12447	0	223	811	13481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13170
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	17940
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.173	4836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1992
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.71	0.3788	326	0.3483	5932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.73	0.3659	302	0.3242	6009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.75	0.3224	319	0.2983	5975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.32	309	0.2824	5940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.314	321	0.2765	5991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.82	0.2871	344	0.25	5965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.2652	324	0.2281	5917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.87	0.2533	324	0.2148	5986	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.2481	411	0.2023	5878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.2395	292	0.1896	6013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.233	334	0.1904	5937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2428	324	0.1901	6007	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2407	331	0.1972	5973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.08	0.2297	363	0.1981	5944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.13	0.2484	305	0.1989	5973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2155	287	0.1711	6029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.23	0.2109	325	0.1699	6005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.29	0.2145	285	0.1731	5997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.36	0.2207	315	0.1715	6029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.44	0.2098	341	0.1655	5981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.52	0.1997	334	0.1613	5971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.63	0.1923	307	0.1687	6031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.74	0.2215	339	0.1831	5987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.89	0.2353	329	0.196	5985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.07	0.2195	310	0.179	6080	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.31	0.209	348	0.1806	5995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.64	0.2122	297	0.1628	6029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.17	0.1667	315	0.1404	6051	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-5.25	0.1607	324	0.1254	6093	X-RAY DIFFRACTION	100
5.25-49.19	0.1947	308	0.1868	6167	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6481	0.6251	-0.215	2.8557	-0.36	2.3415	-0.0779	0.2421	0.7611	-0.0431	0.1222	-0.279	-0.4368	0.6815	-0.0412	0.3526	-0.054	0.041	0.5245	-0.0186	0.3339	-33.6919	17.5226	66.0257
2	1.5565	0.1553	0.6505	1.0141	-0.0179	2.0304	-0.0366	0.2378	-0.0966	0.058	0.0493	0.1208	0.0278	-0.3748	-0.0065	0.2064	0.0174	0.0287	0.2912	0.0089	0.2719	-43.6692	10.9165	73.3005
3	1.8311	1.7991	1.9221	5.3308	3.1015	4.826	0.0107	-0.3999	-0.038	0.3595	0.0048	0.0719	-0.0662	-0.2745	0.0055	0.3231	0.0164	0.0508	0.3303	0.0584	0.2123	-39.9061	5.5533	99.4769
4	5.6708	-1.3342	0.8131	6.8022	0.818	7.69	0.2385	0.0993	-0.2066	-0.202	-0.1547	1.05	-0.2342	-1.2101	-0.0878	0.3745	0.1239	0.0581	0.5021	-0.026	0.4018	-48.903	19.8928	94.2714
5	1.3299	-0.7598	-0.7875	1.9785	1.8543	5.6972	-0.1682	-0.1884	0.1189	0.3463	0.2662	0.0236	-0.4475	0.0377	-0.0442	0.3475	0.07	0.0129	0.2091	0.0005	0.2238	-39.3766	19.1696	90.2872
6	1.972	-1.9302	-0.594	3.7247	2.1951	1.6336	0.2081	-0.9082	-0.4481	1.1069	-0.6254	0.9183	0.0069	-1.3408	0.6218	0.7661	0.1211	0.2237	0.9171	-0.0019	0.3826	-45.494	15.3563	108.4577
7	3.655	-0.283	0.0775	3.0358	1.1799	4.0127	-0.0206	-0.392	0.0008	0.3307	0.0821	-0.33	-0.251	0.2234	-0.0744	0.3483	-0.0036	-0.0251	0.2506	-0.0084	0.1693	-30.5689	14.7226	100.4039
8	2.3303	-0.0862	0.9341	2.8659	0.4667	5.442	0.1825	-0.333	-0.3944	0.4824	-0.0815	0.0791	0.3757	0.1678	-0.0923	0.3726	-0.1226	0.032	0.3778	0.0847	0.4029	-48.3442	-5.4801	89.0339
9	1.2812	0.1122	0.0937	1.6134	-0.4123	2.2956	0.1126	-0.4544	-0.2297	0.3468	-0.0511	0.3185	0.2642	-0.3819	0.0042	0.2988	-0.0784	0.0813	0.3245	-0.0001	0.3042	-42.0548	0.2686	89.8995
10	9.3082	-0.7096	2.5476	0.4617	-0.4533	2.33	-0.0482	0.4057	0.1245	0.0172	0.0051	-0.0995	-0.19	0.2781	0.0405	0.2268	-0.0501	0.0192	0.2548	0.0076	0.2353	-29.4399	15.4671	73.7665
11	6.7004	2.1603	-0.6118	6.5471	-1.7852	4.8499	-0.4502	0.7237	-1.0413	-0.4643	0.1865	-0.0232	0.979	0.0332	0.1753	0.4139	0.0213	0.0138	0.2844	-0.1166	0.403	-24.8041	-1.7308	75.7057
12	4.925	0.9695	0.0328	1.5745	-0.6627	1.8749	-0.0376	0.379	-0.3558	-0.1355	-0.0009	-0.2028	0.1718	0.2557	0.034	0.221	0.0136	0.0256	0.2118	-0.0232	0.2436	-24.4528	4.6733	79.9403
13	3.8214	-1.0818	0.1346	2.0844	-0.1259	3.4032	-0.1241	0.0586	0.2117	0.1821	-0.006	-0.2434	-0.3353	0.4359	0.1412	0.2165	-0.06	-0.029	0.2344	0.0127	0.237	-21.059	15.9278	84.1787
14	6.2375	2.8738	-1.5707	5.7329	-0.061	5.7213	0.2965	0.1516	0.4208	-0.0299	-0.1805	0.3945	-0.5925	-0.0267	-0.13	0.367	0.0417	0.0411	0.5262	-0.0737	0.2811	-40.9954	15.1999	7.371
15	4.1643	1.3202	-2.7641	2.6055	-1.3589	6.0882	0.1385	0.2441	-0.2566	0.0581	-0.2393	0.2378	0.0442	-0.5631	0.1131	0.2481	-0.0737	0.0107	0.4861	-0.0931	0.2892	-44.0653	7.812	9.5246
16	0.9407	-0.47	-0.9595	0.3469	0.5103	3.5426	0.0207	0.0151	-0.1285	0.142	-0.0453	-0.0347	0.368	-0.4723	0.0517	0.2062	-0.0338	0.014	0.2603	-0.031	0.2404	-40.3421	13.6632	34.885
17	3.3239	2.1863	-1.3199	7.0268	4.5914	5.8274	-0.0616	-0.1473	-0.6005	0.4965	-0.0314	-0.1604	1.1577	-0.1438	0.0393	0.5029	-0.0966	-0.0014	0.2457	0.0376	0.3267	-39.9413	-0.5205	38.6564
18	3.4765	-1.2764	0.3828	4.5278	-0.7215	9.1682	0.0303	0.0904	-0.0474	-0.1166	-0.0803	0.3463	0.0269	-1.2842	0.0566	0.2261	0.0106	0.0192	0.4392	-0.0249	0.3751	-48.6289	20.0121	36.573
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精密化 TLSグループ

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52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 148 through 209 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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