PDB-9dra: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dra

タイトル

Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Iron and 4,5-dichloro-1,2-catechol bound)

要素

Catechol 1,2-dioxygenase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Catechol 1 / 2-dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Iron and 4,5-dichloro-1,2-catechol bound)
著者: Liu, L. / Enayati, P. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dra.cif.gz	281.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dra.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9dra_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dra_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9dra_validation.xml.gz	39.6 KB	表示
CIF形式データ	9dra_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dra	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Catechol 1,2-dioxygenase

B: Catechol 1,2-dioxygenase

ヘテロ分子

70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.393, 52.306, 120.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Catechol 1,2-dioxygenase / BumuA.00117.a.B1 分子量: 34518.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア) 遺伝子: catA / プラスミド: BumuA.00117.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KXJ8, catechol 1,2-dioxygenase

#1: タンパク質

Catechol 1,2-dioxygenase / BumuA.00117.a.B1

分子量: 34518.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア)
遺伝子: catA / プラスミド: BumuA.00117.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KXJ8, catechol 1,2-dioxygenase

-
非ポリマー , 6種, 849分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1BA2 / (6R)-3,4-dichloro-6-hydroxycyclohex-3-en-1-one 分子量: 181.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆Cl₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris 8.5 , BumuA.00107.d.A2.PW32075 at 21.7 mg/mL. plate Liu-S-128 A5. Overnight soak in 20mM 4,5-dichloro-1,2-catechol (45C) supplemented with 5mM FeCl2. Partial ...詳細: 20% 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris 8.5 , BumuA.00107.d.A2.PW32075 at 21.7 mg/mL. plate Liu-S-128 A5. Overnight soak in 20mM 4,5-dichloro-1,2-catechol (45C) supplemented with 5mM FeCl2. Partial 45C occupancy which was modeled as the enol form. Puck: PSL-1902, Cryo: 32% (w/v) 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris 8.5

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris 8.5 , BumuA.00107.d.A2.PW32075 at 21.7 mg/mL. plate Liu-S-128 A5. Overnight soak in 20mM 4,5-dichloro-1,2-catechol (45C) supplemented with 5mM FeCl2. Partial ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→120.29 Å / Num. obs: 91411 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 562301
反射シェル	解像度: 1.62→1.66 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.308 / Num. measured all: 42349 / Num. unique obs: 6729 / CC_1/2: 0.787 / R_pim(I) all: 0.56 / R_rim(I) all: 1.426 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5449: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→52.89 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	4660	5.1 %
R_work	0.1567	-	-
obs	0.158	91343	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→52.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4691	0	93	837	5621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5124
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	6982
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.547	1944
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	759
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.64	0.3266	158	0.2899	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.3223	140	0.2732	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.2617	156	0.2591	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.265	142	0.2405	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.72	0.2434	164	0.2278	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2429	161	0.2168	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.2602	185	0.2067	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2478	169	0.207	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.82	0.2521	160	0.1941	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.2383	165	0.2081	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.2335	133	0.1959	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2078	170	0.1813	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2156	121	0.171	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.2127	125	0.1606	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.183	156	0.1522	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.1712	135	0.1512	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.1881	168	0.1528	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.2	0.2263	161	0.1452	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.1912	162	0.1494	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.34	0.1634	162	0.1412	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.42	0.1538	163	0.143	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.52	0.174	129	0.1395	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.63	0.1853	143	0.1386	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.77	0.1653	170	0.144	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.94	0.1689	181	0.1448	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.17	0.1762	159	0.15	2885	X-RAY DIFFRACTION	99
3.17-3.49	0.1617	136	0.1447	2946	X-RAY DIFFRACTION	99
3.49-3.99	0.1417	159	0.1355	2891	X-RAY DIFFRACTION	99
4-5.03	0.1507	156	0.1193	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-52.89	0.1818	171	0.1783	3014	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7396	-3.3363	-0.9158	5.8552	1.3141	4.0971	-0.0195	-0.3028	-0.683	0.2049	0.0418	0.3938	0.5227	-0.1151	0.002	0.2968	-0.0351	-0.0762	0.2198	0.0593	0.3339	-1.8436	-57.0626	41.3111
2	1.3292	-0.5741	0.7364	0.3686	-0.5356	0.7912	0.0846	0.0066	-0.1328	-0.0197	-0.0003	0.0374	0.0998	0.0295	-0.087	0.2434	0.0059	-0.0437	0.1513	-0.0134	0.2078	-8.9825	-42.7623	25.3094
3	1.9235	0.4134	-0.2313	1.5987	-0.2155	1.6176	-0.083	-0.0277	0.1256	-0.0033	-0.0008	0.0999	-0.1966	-0.1301	0.0744	0.2214	0.0471	-0.032	0.1422	-0.0202	0.2071	-28.5548	-21.5141	12.5242
4	1.4383	-0.1929	0.3423	0.9203	-0.1281	1.0231	-0.0225	-0.024	0.1055	0.0032	-0.0515	-0.1062	-0.1196	0.0532	0.0747	0.2381	0.006	-0.0388	0.1327	-0.008	0.2187	-17.3457	-20.411	15.0858
5	0.774	-0.047	0.6161	0.7203	-0.2513	1.0105	0.0476	0.0945	-0.0563	-0.0207	-0.0248	0.0529	0.0287	0.0584	-0.0221	0.2014	0.0117	-0.0201	0.1477	-0.0111	0.1801	-17.3462	-29.4696	9.0809
6	1.6686	0.1395	0.5616	2.4122	-0.6732	2.4605	0.031	-0.2825	-0.0654	0.2042	0.0452	0.1504	0.1162	-0.2859	-0.0328	0.1583	0.0214	0.0212	0.1517	-0.0187	0.1889	-28.0149	-32.5132	18.4063
7	8.4211	3.1889	0.0139	4.396	-0.4881	2.8298	-0.0391	0.4312	-0.5741	-0.3446	0.1124	-0.0815	0.4512	0.1221	-0.0639	0.3633	0.0769	-0.0899	0.1827	-0.0691	0.2613	-6.8585	-49.1889	13.287
8	2.0543	-1.0629	0.993	0.6675	-0.2509	1.0768	0.1061	-0.045	-0.1687	-0.0535	-0.0031	0.0209	0.0725	0.0507	-0.1064	0.2171	-0.0091	-0.0363	0.1444	0.0156	0.2082	-1.1906	-46.5409	30.8487
9	1.0777	-0.1896	0.5455	1.3166	0.337	1.2055	-0.0391	-0.0551	0.1455	-0.0124	-0.0798	-0.0285	-0.0871	-0.0284	0.1093	0.2066	-0.0282	-0.0219	0.2181	0.026	0.1987	19.788	-37.3117	51.4612
10	0.9351	-0.0486	0.489	0.6682	0.1428	0.8192	0.1055	-0.0578	-0.0616	0.0552	-0.0565	-0.0008	0.0271	-0.073	-0.062	0.2047	-0.0162	-0.0227	0.2208	0.0252	0.1796	12.9769	-44.5623	53.3397
11	1.0221	-0.0673	0.3052	0.6887	0.028	2.6427	-0.0336	0.1927	0.0106	-0.0878	-0.1159	-0.0532	0.0023	0.2396	0.1531	0.2319	-0.0241	-0.0347	0.2295	0.0344	0.2417	22.9184	-44.1806	42.8417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 157 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 158 through 206 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 207 through 280 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 281 through 310 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 27 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 95 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 96 through 206 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 207 through 280 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 281 through 311 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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