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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9dr7 | ||||||
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タイトル | Product complex of DNA polymerase iota with 2 monophosphates | ||||||
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![]() | REPLICATION / DNA / Polymerase / Lesion | ||||||
機能・相同性 | ![]() error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck ...error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck / DNA repair / nucleoplasm / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Frevert, Z. / Reusch, D. / Freudenthal, B. / Washington, M.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Visualizing DNA polymerase iota catalyze Hoogsteen-directed DNA synthesis 著者: Frevert, Z. / Reusch, D.T. / Gildenberg, M.S. / Jordan, S.M. / Ryan, B.J. / Freudenthal, B.D. / Washington, M.T. #1: ジャーナル: Bull Soc Ophtalmol Fr / 年: 1987 タイトル: [Treatment of vitreous hemorrhages. Rare causes]. 著者: Aracil, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47027.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: catalytic core of DNA polymerase Iota / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5805.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: self-annealing DNA / 由来: (合成) ![]() | ||||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 100 mM HEPES pH 7 1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→49.1 Å / Num. obs: 21926 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 43.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.56 Å / 冗長度: 20 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2657 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.469 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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