PDB-9dr6: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dr6

タイトル

Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Zinc bound)

要素

Catechol 1,2-dioxygenase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Catechol 1 / 2-dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Zinc bound)
著者: Liu, L. / Enayati, P. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dr6.cif.gz	281.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dr6.ent.gz	224.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Catechol 1,2-dioxygenase

B: Catechol 1,2-dioxygenase

ヘテロ分子

70.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.247, 52.271, 120.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Catechol 1,2-dioxygenase / BumuA.00117.a.B1 分子量: 34518.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア) 遺伝子: catA / プラスミド: BumuA.00117.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KXJ8, catechol 1,2-dioxygenase

#1: タンパク質

Catechol 1,2-dioxygenase / BumuA.00117.a.B1

分子量: 34518.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア)
遺伝子: catA / プラスミド: BumuA.00117.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KXJ8, catechol 1,2-dioxygenase

-
非ポリマー , 6種, 892分子

#2: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (w/v) 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris 8.5, BumuA.00107.d.A2.PW32075 at 21.7 mg/mL. plate Liu-S-128 B7. Protein prepared in the presence of ZnCl2. Puck: PSL-1603, Cryo: 32% (w/v) 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→120.52 Å / Num. obs: 72503 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 300709
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.887 / Num. measured all: 21182 / Num. unique obs: 5311 / CC_1/2: 0.715 / R_pim(I) all: 0.495 / R_rim(I) all: 1.019 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5449: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→60.26 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	3582	4.94 %
R_work	0.1525	-	-
obs	0.1545	72471	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→60.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4687	0	76	879	5642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5078
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.793	6915
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.608	1921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	926

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3155	140	0.2477	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2774	133	0.2351	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.82	0.2629	148	0.2185	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.2803	123	0.2117	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.88	0.2619	138	0.2042	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.91	0.2363	149	0.2025	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.94	0.222	131	0.1971	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-1.98	0.2269	158	0.1753	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.2284	145	0.1727	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2264	117	0.1607	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2091	143	0.154	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.15	0.1775	129	0.1484	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.2	0.1942	130	0.1441	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.228	116	0.1463	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.33	0.1731	146	0.1405	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.41	0.2017	151	0.1472	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.49	0.1956	135	0.1507	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.59	0.2104	106	0.1516	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.71	0.1985	130	0.152	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.85	0.1952	145	0.1479	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.03	0.2023	132	0.1504	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.27	0.1564	117	0.1567	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.59	0.1969	137	0.1363	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.59-4.11	0.1641	160	0.1261	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
4.11-5.18	0.1361	174	0.116	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-60.26	0.198	149	0.1688	2779	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2219	-4.2054	-2.0135	3.1702	2.1684	6.787	0.0976	-0.1206	-0.5707	0.0082	-0.0984	0.3505	0.3083	-0.2363	0.1196	0.181	-0.0365	-0.0166	0.1382	0.0371	0.2584	-1.8905	-56.98	41.4282
2	9.7039	-0.8197	-3.5549	1.6849	0.1938	3.0164	0.1485	-0.0015	-0.2815	-0.003	-0.071	0.1241	0.0881	-0.0189	-0.0257	0.2117	0.0027	-0.0306	0.1423	0.007	0.1851	-4.5169	-52.3887	33.4223
3	4.6725	0.0573	1.8104	0.4372	-0.2197	1.278	0.0027	0.0321	-0.058	0.0046	-0	0.0257	0.0381	0.0672	0.0002	0.177	0.0147	0.0052	0.1162	-0.0033	0.1128	-5.841	-40.6982	24.0726
4	1.3902	0.1216	0.3058	0.7542	-0.1804	1.0302	-0.0293	-0.0278	0.0882	0.0109	-0.0088	0.0056	-0.0945	-0.04	0.0459	0.1583	0.0196	0.0037	0.0917	-0.0186	0.1341	-22.3845	-22.9206	14.5577
5	0.7335	-0.3069	0.5607	0.7827	-0.2982	0.7443	0.0292	0.0963	-0.0152	-0.0546	0.0002	0.0309	0.0235	0.0723	-0.033	0.1819	0.0075	0.0061	0.1528	-0.0073	0.1608	-17.3111	-29.4146	9.0944
6	1.3261	0.2634	0.5753	3.0825	-1.3189	1.8093	0.0419	-0.2033	-0.0685	0.078	0.0859	0.2088	0.1478	-0.2165	-0.0771	0.1279	0.034	0.0498	0.1347	-0.029	0.1679	-28.0157	-32.4756	18.426
7	4.4253	4.8893	-1.7031	7.5309	-1.4904	4.3348	-0.019	0.2719	-0.7341	-0.2701	-0.0174	-0.3658	0.2694	0.0703	0.0769	0.2673	0.0758	-0.0331	0.1751	-0.0535	0.2099	-6.816	-49.1076	13.3976
8	3.1579	-0.5273	-0.2661	1.7509	0.1518	1.6529	0.0452	0.0737	-0.2112	-0.0482	-0.0271	0.0317	0.1206	0.0169	-0.0133	0.1466	0.0277	-0.0318	0.0789	0.0254	0.1073	-7.271	-44.7351	26.3112
9	6.9342	-5.4358	-1.5559	7.5632	2.7457	2.4917	0.0066	-0.0721	-0.221	-0.0859	0.0507	0.0169	0.1643	0.1327	-0.0282	0.1436	-0.0048	-0.0105	0.155	0.0051	0.1013	8.6306	-49.4608	38.3528
10	1.4067	-0.689	0.3554	1.7065	0.3943	0.9584	-0.0161	-0.0609	0.1726	-0.0085	-0.0848	-0.0747	-0.0575	0.0179	0.1011	0.1469	-0.0255	0.0021	0.173	0.0254	0.1308	20.244	-37.1999	50.9587
11	1.3306	0.0828	0.7835	0.6296	0.0402	0.9358	0.0777	-0.0519	-0.0065	0.0351	-0.0843	-0.0314	0.0243	-0.0416	0.0082	0.1423	-0.003	0.0073	0.1519	0.0111	0.1093	14.5989	-42.3306	53.3572
12	0.8971	-0.3222	0.5662	1.0522	0.4179	3.8904	-0.0039	0.1797	0.0239	-0.0766	-0.1256	-0.0522	0.1331	0.2149	0.1034	0.1229	-0.028	0.0124	0.1868	0.0242	0.1861	22.8517	-44.1114	42.9523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 94 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 95 through 206 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 207 through 280 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 281 through 310 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 27 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 67 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 95 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 96 through 177 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 178 through 280 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 281 through 311 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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非ポリマー , 6種, 892分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)