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Yorodumi- PDB-9dr5: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia m... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9dr5 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Zinc bound, P1 form) | |||||||||
Components | Catechol 1,2-dioxygenase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Catechol 1 / 2-dioxygenase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Burkholderia multivorans ATCC 17616 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.71 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Zinc bound, P1 form) Authors: Enayati, P. / Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9dr5.cif.gz | 1004 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9dr5.ent.gz | 835.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9dr5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9dr5_validation.pdf.gz | 6.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9dr5_full_validation.pdf.gz | 6.7 MB | Display | |
Data in XML | 9dr5_validation.xml.gz | 133.6 KB | Display | |
Data in CIF | 9dr5_validation.cif.gz | 183.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dr5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 34518.656 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia multivorans ATCC 17616 (bacteria) Gene: catA / Plasmid: BumuA.00117.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3KXJ8, catechol 1,2-dioxygenase |
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-Non-polymers , 7 types, 2570 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-12P / #4: Chemical | ChemComp-PG4 / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-PGE / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 20% 3350, 0.5M NaCl, 0.1M NaAc 4.6, BumuA.00107.d.A2.PW32075 at 21.7 mg/mL. plate 14238 well B2 drop 2. Protein was prepared in the presence if ZnCl2. Puck: PSL-1607, Cryo: 20% (v/v) PEG 200 ...Details: 20% 3350, 0.5M NaCl, 0.1M NaAc 4.6, BumuA.00107.d.A2.PW32075 at 21.7 mg/mL. plate 14238 well B2 drop 2. Protein was prepared in the presence if ZnCl2. Puck: PSL-1607, Cryo: 20% (v/v) PEG 200 + 80% (v/v) crystallant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 14, 2024 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.71→102.35 Å / Num. obs: 278593 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 987993 |
Reflection shell | Resolution: 1.71→1.75 Å / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Num. measured all: 72882 / Num. unique obs: 20527 / CC1/2: 0.632 / Rpim(I) all: 0.439 / Rrim(I) all: 0.836 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.71→51.99 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 18.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→51.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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