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Yorodumi- PDB-9dr5: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia m... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9dr5 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Zinc bound, P1 form) | |||||||||
Components | Catechol 1,2-dioxygenase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Catechol 1 / 2-dioxygenase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationcatechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Burkholderia multivorans ATCC 17616 (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.71 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Zinc bound, P1 form) Authors: Enayati, P. / Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 9dr5.cif.gz | 1004 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9dr5.ent.gz | 835.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9dr5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9dr5_validation.pdf.gz | 6.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9dr5_full_validation.pdf.gz | 6.7 MB | Display | |
| Data in XML | 9dr5_validation.xml.gz | 133.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 9dr5_validation.cif.gz | 183.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9dr5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 34518.656 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia multivorans ATCC 17616 (bacteria)Gene: catA / Plasmid: BumuA.00117.a.B1 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 2570 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-12P / #4: Chemical | ChemComp-PG4 / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-PGE / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.76 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 20% 3350, 0.5M NaCl, 0.1M NaAc 4.6, BumuA.00107.d.A2.PW32075 at 21.7 mg/mL. plate 14238 well B2 drop 2. Protein was prepared in the presence if ZnCl2. Puck: PSL-1607, Cryo: 20% (v/v) PEG 200 ...Details: 20% 3350, 0.5M NaCl, 0.1M NaAc 4.6, BumuA.00107.d.A2.PW32075 at 21.7 mg/mL. plate 14238 well B2 drop 2. Protein was prepared in the presence if ZnCl2. Puck: PSL-1607, Cryo: 20% (v/v) PEG 200 + 80% (v/v) crystallant |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 14, 2024 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.71→102.35 Å / Num. obs: 278593 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 987993 |
| Reflection shell | Resolution: 1.71→1.75 Å / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Num. measured all: 72882 / Num. unique obs: 20527 / CC1/2: 0.632 / Rpim(I) all: 0.439 / Rrim(I) all: 0.836 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.71→51.99 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 18.02 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→51.99 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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