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- PDB-9dr4: Crystal structure of bifunctional GlmU from Staphylococcus aureus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dr4
タイトルCrystal structure of bifunctional GlmU from Staphylococcus aureus NCTC 8325 complexed with UTP, CoA and Glc 1-P
要素Bifunctional protein GlmU
キーワードTRANSFERASE / uridyltransferase / acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / cell morphogenesis / regulation of cell shape ...glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / cell morphogenesis / regulation of cell shape / magnesium ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / GlmU, C-terminal LbH domain / : / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Bifunctional protein GlmU
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pederick, J.L. / Bruning, J.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Functional and structural characterization of Staphylococcus aureus N-acetylglucosamine 1-phosphate uridyltransferase (GlmU) reveals a redox-sensitive acetyltransferase activity.
著者: Pederick, J.L. / Kumar, A. / Pukala, T.L. / Bruning, J.B.
履歴
登録2024年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein GlmU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2595
ポリマ－49,7231
非ポリマー1,5364
水4,720262
1
A: Bifunctional protein GlmU
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein GlmU
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein GlmU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,77715
ポリマ－149,1683
非ポリマー4,60812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area18940 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area48430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.883, 94.883, 262.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-216-

ARG

21A-502-

MG

31A-612-

HOH

41A-824-

HOH

51A-830-

HOH

61A-849-

HOH

71A-853-

HOH

81A-854-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Bifunctional protein GlmU


分子量: 49722.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: glmU, SAOUHSC_00471 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2G0S3, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase, glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase
#4: 糖 ChemComp-G1P / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 265分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H15N2O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UTP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % / 解説: Trapezoid
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M lithium citrate tribasic tetrahydrate, 15 - 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.21 Å / Num. obs: 39284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.245 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 796494
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 3.603 / Num. measured all: 49237 / Num. unique obs: 2410 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.814 / Rrim(I) all: 3.695 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.15データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→39.21 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 1996 5.09 %
Rwork0.1748 --
obs0.1767 39244 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3319 0 92 262 3673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0244764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.131232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.32741400.28752628X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.950.27571610.25472623X-RAY DIFFRACTION100
1.95-20.29081430.22832607X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.26891470.20982643X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.140.23061550.19322611X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.230.241270.17992661X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.330.22211170.17292656X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.450.22771520.16962644X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.610.23641470.17482623X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.2291260.17352697X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.090.19681520.17112639X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.540.22381290.16652700X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.460.16061500.14442710X-RAY DIFFRACTION100
4.46-39.210.18791500.16452806X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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