PDB-9dqw: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate lig...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dqw

タイトル

Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (MurD) from E. coli in complex with UMA and AMP-PNP

要素

UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / MurD

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (MurD) from E. coli in complex with UMA and AMP-PNP
著者: Seibold, S. / Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dqw.cif.gz	196.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dqw.ent.gz	151.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dqw_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dqw_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9dqw_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	9dqw_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/9dqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/9dqw	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase

ヘテロ分子

50 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.441, 65.441, 135.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase / D-glutamic acid-adding enzyme / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase 分子量: 47949.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: murD, b0088, JW0086 / プラスミド: EscoA.17938.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P14900, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase

#1: タンパク質

UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase / D-glutamic acid-adding enzyme / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase

分子量: 47949.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: murD, b0088, JW0086 / プラスミド: EscoA.17938.a.AE1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14900, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase

-
非ポリマー , 8種, 427分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-UMA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE / UDP-N-アセチルムラモイル-L-アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 750.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₆N₄O₂₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 Hepes pH 7.5, 7% (v/v) PEG 400. EscoA.17938.a.AE1.PW39153 at 17.4 mg/mL. Soaked with 5 mM AMP-PNP and UMA for 5 hours. plate Liu-S-097, A6. Puck: PSL-1616, Cryo: 2.5M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→47.09 Å / Num. obs: 100616 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 1297494
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 1.686 / Num. measured all: 65654 / Num. unique obs: 4968 / CC_1/2: 0.64 / R_pim(I) all: 0.478 / R_rim(I) all: 1.753 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5462: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→47.09 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1647	4984	4.96 %
R_work	0.1498	-	-
obs	0.1505	100526	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→47.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3280	0	121	416	3817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3532
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.004	4825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.873	1313
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	556
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.2945	119	0.2651	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.48	0.2655	180	0.2455	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2524	167	0.2297	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2302	187	0.216	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.1985	184	0.2073	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.207	183	0.192	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2063	171	0.1826	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2005	151	0.1756	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.1818	161	0.1727	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.201	163	0.1683	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1747	200	0.1665	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.1862	148	0.1598	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.1677	138	0.1609	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.1743	180	0.1614	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.1766	165	0.1593	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.1626	161	0.1509	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.92	0.1554	189	0.1402	3163	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.97	0.1666	155	0.1354	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.03	0.1491	166	0.1355	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.1646	167	0.1346	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1763	139	0.1366	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.1499	190	0.137	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.35	0.1643	134	0.1286	3208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.48	0.1431	162	0.1298	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.63	0.1503	169	0.1387	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.84	0.1724	178	0.1482	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.12	0.1675	172	0.1595	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.57	0.1607	189	0.1467	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.5	0.1288	146	0.1285	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-47.09	0.1675	170	0.1606	3238	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8403	-0.7074	0.8174	2.8101	0.4438	4.4508	-0.0355	-0.1005	0.0303	0.1717	0.2139	-0.3402	0.1646	0.3501	-0.1117	0.1418	0.034	-0.0223	0.1521	-0.0289	0.1883	39.6843	-25.2689	-13.5499
2	0.4533	-0.5291	-0.2192	2.1414	0.8955	0.8315	-0.0309	-0.0451	-0.026	0.1138	0.017	-0.0019	0.1255	0.0212	0.0047	0.1425	-0.0043	0.0044	0.1257	0.0081	0.1245	27.5547	-16.7641	-6.6878
3	0.5445	-0.2986	-0.0709	1.432	1.2375	3.6061	-0.0403	-0.0711	-0.0212	0.0639	-0.1046	0.2247	0.0914	-0.2954	0.1447	0.1182	-0.0161	-0.0031	0.1425	-0.021	0.1783	13.0336	-11.1589	-11.5112
4	3.5194	1.223	-0.0589	6.1962	2.5594	3.2775	0.0729	0.0451	0.2232	-0.1195	-0.1862	0.4702	-0.1894	-0.1213	0.0646	0.1484	0.0393	0.01	0.1322	-0.017	0.1513	12.102	9.3379	-0.4357
5	2.2468	0.0304	-0.3735	4.1793	-1.5755	2.1811	0.0242	-0.1163	0.0962	0.1955	0.0571	0.0181	-0.0335	-0.0244	-0.0764	0.1599	0.0267	0.0314	0.1439	-0.0332	0.1413	19.4544	3.4264	2.0108
6	1.5104	0.6509	0.335	2.6479	-0.021	1.1827	-0.0406	-0.0611	0.2141	-0.0105	0.02	0.2694	-0.1287	-0.0629	0.0195	0.1447	0.0061	0.0074	0.1091	-0.0067	0.176	25.1104	8.9189	-21.4107
7	7.6349	-2.2905	0.7248	5.3018	0.6082	4.3607	-0.0371	0.3928	-0.0418	-0.609	0.091	0.1616	0.0223	-0.1027	-0.0548	0.2571	-0.0494	-0.016	0.1543	0.0284	0.1156	26.6957	5.7772	-34.8392
8	1.6756	0.166	0.0827	5.0326	-0.5409	1.4583	-0.044	0.0722	-0.0539	-0.1445	-0.004	-0.3844	-0.0277	0.1288	0.0522	0.1509	-0.0196	0.0208	0.1455	-0.0081	0.1474	36.07	8.1407	-25.2341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 172 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 173 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 227 through 265 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 266 through 295 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 296 through 363 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 364 through 389 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 390 through 439 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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