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- PDB-9dqs: Structure of Tudor domain from Mycobacterium smegmatis UvrD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dqs
タイトルStructure of Tudor domain from Mycobacterium smegmatis UvrD1
要素ATP-dependent DNA helicase
キーワードHYDROLASE / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase PcrA / PcrA/UvrD tudor domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Warren, G.M. / Shuman, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30-GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Tudor domain from Mycobacterium smegmatis UvrD1
著者: Warren, G.M. / Shuman, S.
履歴
登録2024年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase
B: ATP-dependent DNA helicase
C: ATP-dependent DNA helicase
D: ATP-dependent DNA helicase
E: ATP-dependent DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0735
ポリマ－29,0735
非ポリマー00
水25214
1
A: ATP-dependent DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8151
ポリマ－5,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATP-dependent DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8151
ポリマ－5,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ATP-dependent DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8151
ポリマ－5,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ATP-dependent DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8151
ポリマ－5,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: ATP-dependent DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8151
ポリマ－5,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.241, 53.390, 109.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-804-

HOH

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent DNA helicase


分子量: 5814.655 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: pcrA, MSMEG_5534 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R3N3, DNA 3'-5' helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M NaCl, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→53.39 Å / Num. obs: 8030 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.59→2.7 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique obs: 814 / CC1/2: 0.503 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→48.01 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2984 --
Rwork0.234 --
obs-8030 97.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 0 14 2016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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