PDB-9dqa: Crystal structure of bovine RPE65 in complex with EYE-002

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dqa

タイトル

Crystal structure of bovine RPE65 in complex with EYE-002

要素

Retinoid isomerohydrolase

キーワード

ISOMERASE/INHIBITOR / 7-BLADED BETA PROPELLER / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / NON-HEME IRON ENZYME / RETINOID ISOMERASE / INHIBITOR / COMPLEX / HYDROLASE / ISOMERASE / ISOMERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

retinoid isomerohydrolase / lutein isomerase / retinol isomerase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, 11-cis retinol forming activity / all-trans-retinyl-ester hydrolase, 11-cis retinol forming activity / zeaxanthin biosynthetic process / beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / detection of light stimulus involved in visual perception / retinal metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kiser, P.D. / Bassetto, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Rationally Designed, Short-Acting RPE65 Inhibitors for Visual Cycle-Associated Retinopathies.
著者: Bassetto, M. / Hu, Y. / Li, B. / Chen, X. / Saraswat, V. / Damacio, F. / Smidak, R. / Palczewski, K. / Tochtrop, G.P. / Kiser, P.D.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dqa.cif.gz	254.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dqa.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dqa_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dqa_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9dqa_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	9dqa_validation.cif.gz	77.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/9dqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/9dqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (8) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (2) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (2) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (8)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (3)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (2)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (2)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
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#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Retinoid isomerohydrolase

B: Retinoid isomerohydrolase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.810, 175.810, 86.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 533 / Label seq-ID: 3 - 533

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Retinoid isomerohydrolase / All-trans-retinyl-palmitate hydrolase / Lutein isomerase / Meso-zeaxanthin isomerase / Retinal ...All-trans-retinyl-palmitate hydrolase / Lutein isomerase / Meso-zeaxanthin isomerase / Retinal pigment epithelium-specific 65 kDa protein / Retinol isomerase 分子量: 61040.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 参照: UniProt: Q28175, retinoid isomerohydrolase, lutein isomerase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID 分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-A1BEO / 3-[(1R)-3-amino-1-hydroxypropyl]phenyl 2-ethylbutanoate 分子量: 265.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 30% PEG 200, 200 mM ammonium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 87750 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / R_merge(I) obs: 2.025 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 12591 / CC_1/2: 0.298

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.1→47.906 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 6.711 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	4497	5.125 %
R_work	0.1801	83253	-
all	0.182	-	-
obs	-	87750	98.77 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.828 Å²	0.414 Å²	0 Å²
2-	-	0.828 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.687 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8153	0	76	987	9216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	8660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.914	1.835	11802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.334	1.759	18550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.806	5	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.992	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.511	10	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.373	10	414
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	7728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.096	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.9	4.988	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.898	4.988	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.244	8.945	5199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.245	8.946	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.086	5.253	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.086	5.253	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.581	9.521	6600
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.581	9.522	6601
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.841	130.285	9782
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.84	130.293	9781
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.056	0.05	17180

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05584	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05584	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.382	335	0.358	5547	0.359	6552	0.818	0.833	89.7741	0.358
2.154-2.213	0.331	278	0.343	5733	0.342	6345	0.921	0.905	94.736	0.339
2.213-2.277	0.305	336	0.306	5860	0.306	6221	0.919	0.919	99.5981	0.295
2.277-2.347	0.306	300	0.271	5687	0.273	5987	0.925	0.944	100	0.252
2.347-2.424	0.269	295	0.256	5547	0.256	5842	0.943	0.95	100	0.231
2.424-2.509	0.24	276	0.229	5355	0.229	5632	0.955	0.962	99.9822	0.202
2.509-2.603	0.232	264	0.22	5172	0.221	5436	0.962	0.966	100	0.191
2.603-2.709	0.24	268	0.21	4994	0.211	5262	0.963	0.971	100	0.179
2.709-2.829	0.232	286	0.198	4748	0.2	5035	0.965	0.975	99.9801	0.169
2.829-2.967	0.233	211	0.188	4584	0.19	4812	0.966	0.978	99.6467	0.159
2.967-3.127	0.204	231	0.179	4348	0.181	4579	0.972	0.981	100	0.156
3.127-3.316	0.204	236	0.167	4116	0.169	4352	0.973	0.983	100	0.149
3.316-3.543	0.222	178	0.16	3873	0.162	4051	0.97	0.985	100	0.148
3.543-3.826	0.19	216	0.154	3607	0.156	3823	0.976	0.986	100	0.145
3.826-4.188	0.19	159	0.145	3348	0.147	3515	0.98	0.987	99.7724	0.14
4.188-4.678	0.153	171	0.122	3010	0.123	3187	0.986	0.991	99.8117	0.124
4.678-5.393	0.141	163	0.124	2661	0.125	2824	0.989	0.991	100	0.127
5.393-6.584	0.165	110	0.15	2288	0.151	2399	0.985	0.989	99.9583	0.153
6.584-9.225	0.199	101	0.158	1758	0.16	1879	0.978	0.986	98.9356	0.166
9.225-47.906	0.227	83	0.217	1017	0.218	1101	0.96	0.966	99.9092	0.241

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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