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- PDB-9dq4: Crystal structure of engineered Ipilimumab (mipi.4) Fab in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dq4
タイトルCrystal structure of engineered Ipilimumab (mipi.4) Fab in complex with mouse CTLA-4
要素
  • Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
  • mipi.4 heavy chain
  • mipi.4 light chain
キーワードANTITUMOR PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / CTLA-4 / ANTITUMOR PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Co-inhibition by CTLA4 / Co-stimulation by CD28 / protein complex involved in cell adhesion / regulation of T cell proliferation / adaptive immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Diong, S.J. / Lee, P.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2025
タイトル: Engineered ipilimumab variants that bind human and mouse CTLA-4.
著者: Robison, B. / Diong, S.J. / Kumar, A. / Moon, T.M. / Chang, O. / Chau, B. / Bee, C. / Barman, I. / Rajpal, A. / Korman, A.J. / West, S. / Strop, P. / Lee, P.S.
履歴
登録2024年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
H: mipi.4 heavy chain
L: mipi.4 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9664
ポリマ－62,2333
非ポリマー7331
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.314, 152.778, 48.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4


分子量: 13916.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Expi293F / 遺伝子: Ctla4, Cd152 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09793
#2: 抗体 mipi.4 heavy chain


分子量: 24708.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293F / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 mipi.4 light chain


分子量: 23608.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293F / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.25 M sodium acetate trihydrate, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→82.163 Å / Num. obs: 68048 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.57→1.946 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.675 / Num. unique obs: 2337 / Rpim(I) all: 0.416 / Rrim(I) all: 0.797

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→40.02 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 3449 5.07 %
Rwork0.2048 --
obs0.2062 68048 78.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→40.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 49 395 4478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1091477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.590.2847220.2509401X-RAY DIFFRACTION12
1.59-1.610.2505310.2477578X-RAY DIFFRACTION18
1.61-1.630.3069440.2561911X-RAY DIFFRACTION28
1.63-1.660.2791580.24981202X-RAY DIFFRACTION37
1.66-1.690.2686830.24821543X-RAY DIFFRACTION48
1.69-1.710.27841060.25441985X-RAY DIFFRACTION61
1.71-1.750.27941390.25672483X-RAY DIFFRACTION78
1.75-1.780.24741560.24752858X-RAY DIFFRACTION87
1.78-1.820.28021570.24843125X-RAY DIFFRACTION98
1.82-1.860.27261700.24223259X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.25251680.2263241X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.950.2901930.22392516X-RAY DIFFRACTION76
1.95-20.26771400.21133295X-RAY DIFFRACTION100
2-2.050.22091810.21182992X-RAY DIFFRACTION99
2.08-2.120.26051180.20822261X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.20.25882000.20453232X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.23881170.21742399X-RAY DIFFRACTION73
2.29-2.390.25891550.20743265X-RAY DIFFRACTION99
2.39-2.520.23091750.20663256X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.680.2251790.21163263X-RAY DIFFRACTION99
2.68-2.880.23881980.21563218X-RAY DIFFRACTION99
2.88-3.170.24091750.21033289X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.630.22462050.19623235X-RAY DIFFRACTION98
3.63-4.570.18121910.16493301X-RAY DIFFRACTION98
4.57-40.020.22051880.18763491X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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