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万見
- PDB-9dpz: Potent inhibition of the protein arginine deiminases (PAD1-4) by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dpz
タイトルPotent inhibition of the protein arginine deiminases (PAD1-4) by targeting a Ca2+ dependent allosteric binding site
要素Protein-arginine deiminase type-4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor / allosteric / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification ...histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification / protein modification process / nucleosome assembly / chromatin organization / chromatin remodeling / innate immune response / calcium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3YZ / : / Protein-arginine deiminase type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Liu, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Inhibiting peptidylarginine deiminases (PAD1-4) by targeting a Ca 2+ dependent allosteric binding site.
著者: Dakin, L.A. / Xing, L. / Hall, J. / Ding, W. / Vajdos, F.F. / Pelker, J.W. / Ramsey, S. / Balbo, P. / Sahasrabudhe, P.V. / Banker, M.E. / Choi, W.Y. / Wright, S.W. / Chang, J.S. / Curto, J.M. ...著者: Dakin, L.A. / Xing, L. / Hall, J. / Ding, W. / Vajdos, F.F. / Pelker, J.W. / Ramsey, S. / Balbo, P. / Sahasrabudhe, P.V. / Banker, M.E. / Choi, W.Y. / Wright, S.W. / Chang, J.S. / Curto, J.M. / Davoren, J.E. / Drozda, S.E. / Fennell, K.F. / Futatsugi, K. / Kortum, S. / Lee, K.L. / Liu, S. / Lovering, F. / Nicki, J.A. / Trujillo, J.I. / Vincent, F. / Schnute, M.E.
履歴
登録2024年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine deiminase type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9523
ポリマ－74,9661
非ポリマー9862
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.339, 60.421, 113.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.357, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-4 / HL-60 PAD / Peptidylarginine deiminase IV / Protein-arginine deiminase type IV


分子量: 74965.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI4, PAD4, PADI5, PDI5
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9UM07, protein-arginine deiminase
#2: 化合物 ChemComp-A1A9P / (2S)-2-amino-2-{1-[7-(4-bromophenyl)-5,6-dimethyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl]piperidin-4-yl}-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one


分子量: 511.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H31BrN6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-3YZ / [(3S,4R)-3-amino-4-hydroxypiperidin-1-yl]{2-[1-(cyclopropylmethyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-2-yl]-7-methoxy-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl}methanone


分子量: 474.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH=7, 6% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.406→94.52 Å / Num. obs: 18771 / % possible obs: 69.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 84.62 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.41→2.68 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 939 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.446 / Rrim(I) all: 1.13 / % possible all: 69.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5395精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→47.26 Å / SU ML: 0.2547 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6258
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 926 4.94 %
Rwork0.19 17832 -
obs0.1921 18758 57.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4532 0 68 27 4627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08316442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573737
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.71421714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.530.4269150.3567294X-RAY DIFFRACTION6.75
2.53-2.690.3576350.3497667X-RAY DIFFRACTION15.25
2.69-2.90.3452520.34361233X-RAY DIFFRACTION27.75
2.9-3.190.34671380.28432680X-RAY DIFFRACTION60.64
3.19-3.650.29222240.22334014X-RAY DIFFRACTION91.45
3.65-4.60.20142270.1624420X-RAY DIFFRACTION99.94
4.6-47.260.19982350.16274524X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.203735787663.397551951150.06887980156574.827902832340.3250139629270.2386777282330.06368580158370.59818103666-0.5061476570490.190070589268-0.06621970265740.206071518080.325975609559-0.4088291969170.03014722679320.7831176987970.0718792266322-0.06544110890911.06650677559-0.1393584979180.380058622144-11.074570203614.3118904976-40.4457477735
23.937445848740.136247179582.498302956941.56400208150.8151698247067.70412133365-0.02501166494120.6692208554360.223082307638-0.154939148234-0.0327379602917-0.262834430559-0.1803620605780.792350804126-0.03117723965690.388178315296-0.01726440050550.03274579975030.4984625499280.1004739880180.3386988551639.7116765217933.3242982104-22.5957027464
32.85408932451-0.06591670149280.4049080239381.350016911680.266547566325.828532617650.0332185229982-0.7072868216550.2752293551990.102919579034-0.0491855124309-0.342838642962-0.08634649623041.326404719480.05718319197630.306182311037-0.0436784471776-0.08512016814640.938358552205-0.02298333333380.45827753673824.591763729232.992336794519.5500551144
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 111 )0 - 1111 - 101
22chain 'A' and (resid 112 through 294 )112 - 294102 - 268
33chain 'A' and (resid 295 through 663)295 - 663269 - 596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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