PDB-9dp5: Crystal Structure of Hydra Adenosine Deaminase Acting on RNA (ADA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dp5

タイトル

Crystal Structure of Hydra Adenosine Deaminase Acting on RNA (ADAR) Deaminase Domain

要素

Double-stranded RNA-specific editase Adar-like

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA Editing / Deaminase / Adenosine / Inosine / ADAR

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / adenosine deaminase activity / RNA processing / double-stranded RNA binding / nucleolus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Hydra vulgaris (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.998 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Wilcox, X.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2025
タイトル: Phylogenetic and structural analysis of Hydra ADAR.
著者: Wilcox, X.E. / Zhang, H. / Mah, J.L. / Cazet, J.F. / Mozumder, S. / Venkatesh, S. / Juliano, C.E. / Beal, P.A. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2024年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dp5.cif.gz	377 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dp5.ent.gz	238.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dp5_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dp5_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9dp5_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	9dp5_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (3) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (3)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Double-stranded RNA-specific editase Adar-like

B: Double-stranded RNA-specific editase Adar-like

ヘテロ分子

85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Double-stranded RNA-specific editase Adar-like

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: Based on crystal packing and low buried surface area and water-mediated interactions.
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Double-stranded RNA-specific editase Adar-like

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.400, 49.440, 83.040
Angle α, β, γ (deg.)	83.109, 80.171, 71.060
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 497 - 863 / Label seq-ID: 6 - 372

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Double-stranded RNA-specific editase Adar-like / Double-stranded RNA-specific editase B2 分子量: 41599.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hydra vulgaris (無脊椎動物) / 遺伝子: ADARB2, LOC100198026 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: T2M593

-
非ポリマー , 5種, 99分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE 分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.73 % / 解説: rod-shaped crystal
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月11日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.998→65 Å / Num. obs: 47063 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.52 % / B_iso Wilson estimate: 34.79 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 7.79
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.54 % / R_merge(I) obs: 1.123 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 3516 / CC_1/2: 0.737 / R_rim(I) all: 1.323 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.998→39.376 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 12.43 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	2542	5.401 %
R_work	0.2111	44521	-
all	0.213	-	-
obs	-	47063	94.96 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.732 Å²	1.705 Å²	0.885 Å²
2-	-	0.447 Å²	1.471 Å²
3-	-	-	0.216 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.998→39.376 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5481	0	99	88	5668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	5704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.672	1.829	7699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.591	1.763	12606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.762	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.577	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.562	10	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.514	10	241
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	5078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.867	2.612	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.865	2.612	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.027	4.665	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.027	4.667	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.845	2.931	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.845	2.932	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.624	5.245	4217
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.623	5.246	4218
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.638	27.332	6276
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.639	27.327	6272
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.135	0.05	10561

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13506	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13506	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.998-2.049	0.321	173	0.309	3161	0.31	3671	0.917	0.922	90.8199	0.296
2.049-2.105	0.308	178	0.296	3257	0.297	3529	0.928	0.93	97.3364	0.28
2.105-2.166	0.3	199	0.274	3180	0.275	3492	0.932	0.94	96.764	0.248
2.166-2.233	0.284	166	0.265	3082	0.265	3388	0.93	0.945	95.8678	0.237
2.233-2.306	0.246	165	0.247	2801	0.247	3254	0.959	0.955	91.1494	0.216
2.306-2.386	0.264	160	0.221	2853	0.223	3166	0.949	0.965	95.1674	0.192
2.386-2.476	0.219	170	0.2	2832	0.201	3087	0.97	0.973	97.2465	0.173
2.476-2.577	0.264	149	0.202	2642	0.205	2892	0.96	0.974	96.5076	0.176
2.577-2.691	0.255	153	0.2	2543	0.203	2787	0.957	0.975	96.7348	0.178
2.691-2.821	0.278	120	0.203	2348	0.206	2685	0.958	0.974	91.9181	0.184
2.821-2.973	0.246	129	0.194	2355	0.196	2584	0.96	0.978	96.13	0.179
2.973-3.152	0.239	134	0.2	2177	0.202	2400	0.967	0.977	96.2917	0.192
3.152-3.368	0.225	114	0.207	2089	0.208	2292	0.97	0.976	96.1169	0.202
3.368-3.636	0.255	105	0.21	1881	0.212	2127	0.959	0.977	93.3709	0.214
3.636-3.98	0.234	107	0.21	1700	0.212	1937	0.973	0.977	93.2886	0.217
3.98-4.444	0.195	94	0.18	1636	0.181	1782	0.976	0.981	97.0819	0.199
4.444-5.12	0.2	79	0.169	1399	0.171	1538	0.977	0.983	96.0988	0.197
5.12-6.245	0.238	63	0.219	1165	0.22	1338	0.969	0.975	91.7788	0.252
6.245-8.722	0.265	53	0.214	911	0.217	1010	0.959	0.976	95.4455	0.265
8.722-39.376	0.278	31	0.247	510	0.249	596	0.951	0.968	90.7718	0.32

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4716	-1.1931	0.7008	2.3493	-1.3059	2.5731	-0.0628	-0.0115	0.1588	0.1622	-0.0245	-0.2233	-0.1442	0.2101	0.0873	0.2033	-0.0363	-0.0148	0.1785	-0.002	0.1789	10.3416	22.5539	89.5245
2	0.9049	-1.2778	-0.2774	3.0509	-0.0771	2.4701	-0.1072	0.0015	-0.1085	0.1424	0.0389	0.1206	0.0367	-0.0303	0.0683	0.2003	-0.0175	0.0217	0.2573	0.0456	0.2056	3.6268	13.7854	90.0962
3	1.9304	-1.7569	0.4623	2.2909	-0.7312	2.5196	-0.4929	-0.4275	-0.0134	0.727	0.3854	-0.0239	-0.1727	0.0089	0.1075	0.3365	0.1126	0.022	0.2452	0.0643	0.0369	8.4915	12.4214	104.2251
4	1.624	-1.0919	-1.1689	1.7563	-0.0864	2.2904	0.1305	0.2724	-0.1271	-0.0736	-0.172	0.1716	-0.0688	-0.1972	0.0416	0.2017	0.0298	-0.0062	0.3215	0.0245	0.1914	18.9613	-2.2293	60.0221
5	2.0922	-1.5034	-0.1923	1.722	-0.4406	2.6641	-0.0124	0.0912	0.0565	0.0209	-0.085	-0.2223	0.0031	0.1704	0.0975	0.2388	-0.0306	0.02	0.2501	0.038	0.2239	32.6054	-6.0402	65.5964
6	1.5116	-1.0755	-0.2212	2.4055	0.4702	2.1663	0.2151	0.3922	-0.1257	-0.448	-0.3133	0.0183	0.0691	-0.1287	0.0982	0.2742	0.0834	0.0379	0.2882	0.0142	0.0427	27.5972	-9.6069	50.1367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	497 - 582
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	583 - 765
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	766 - 863

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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