PDB-9dp0: Fibrillar assembly of racemic, C-alpha methylated, macrocyclic be...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dp0

タイトル

Fibrillar assembly of racemic, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpins

要素

racemic, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

キーワード

PROTEIN FIBRIL / MAX1 / fibril / hydrogel / C-alpha methylated macrocyclic beta-hairpin

機能・相同性

CITRATE ANION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Samdin, T.D. / Lubkowski, J. / Anderson, C.F. / Schneider, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: From Hydrogel to Crystal: A Molecular Design Strategy that Chemically Modifies Racemic Gel-Forming Peptides to Furnish Crystalline Fibrils Stabilized by Parallel Rippled beta-Sheets.
著者: Samdin, T.D. / Lubkowski, J. / Anderson, C.F. / Schneider, J.P.

履歴

登録	2024年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dp0.cif.gz	23.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dp0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dp0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dp0_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dp0_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	9dp0_validation.xml.gz	5.3 KB	表示
CIF形式データ	9dp0_validation.cif.gz	6.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dp0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9doxC 9doyC 2n1e C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: racemic, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

B: racemic, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

C: racemic, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

D: racemic, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

ヘテロ分子

6.24 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, TEM experiments of a homologous macrocyclic beta-hairpin peptide without the C-alpha methyl group show evidence of self-assembly and fibrillization, correlating with the ...根拠: 電子顕微鏡法, TEM experiments of a homologous macrocyclic beta-hairpin peptide without the C-alpha methyl group show evidence of self-assembly and fibrillization, correlating with the deposited X-ray crystallographic structure.

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.267, 32.657, 36.565
Angle α, β, γ (deg.)	76.04, 70.87, 65.18
Int Tables number	2
Space group name H-M	P-1

#1: タンパク質・ペプチド	racemic, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin 分子量: 1453.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, pH 6.0-6.3, 26-36% v/v PEG MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→29.42 Å / Num. obs: 6796 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 16.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
5.42-29.43	0.064	328	0.995	0.042	0.077	89.13
4.31-5.42	0.0678	359	0.997	0.04	0.079	93.01
3.76-4.31	0.106	373	0.987	0.061	0.122
3.42-3.76	0.11	298	0.992	0.064	0.127
3.17-3.42	0.118	325	0.987	0.067	0.136
2.99-3.17	0.125	342	0.987	0.071	0.143
2.84-2.99	0.145	344	0.991	0.081	0.167
2.71-2.84	0.137	357	0.991	0.075	0.156
2.61-2.71	0.179	353	0.981	0.101	0.205
2.52-2.61	0.172	358	0.98	0.095	0.197
2.44-2.52	0.173	296	0.975	0.096	0.198
2.37-2.44	0.162	299	0.98	0.09	0.185
2.31-2.37	0.179	357	0.977	0.099	0.205
2.25-2.31	0.192	336	0.985	0.108	0.221
2.2-2.25	0.188	336	0.987	0.103	0.215
2.15-2.2	0.194	353	0.988	0.108	0.222
2.11-2.15	0.232	358	0.964	0.13	0.266
2.07-2.11	0.222	331	0.973	0.124	0.254
2.03-2.07	0.251	338	0.927	0.142	0.289
2-2.03	0.251	355	0.962	0.142	0.289
2-29.42	0.114	6796	0.996	0.066	0.132

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 2.476 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27188	339	5 %	RANDOM
R_work	0.24705	-	-	-
obs	0.24839	6456	90.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.829 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	0.03 Å²	1.08 Å²
2-	-	0.48 Å²	0.03 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→29.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	404	0	29	17	450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	439
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.391	1.955	595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.154	1.787	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.273	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.511	10	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	48
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.313	1.618	208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.32	1.614	207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.31	2.882	256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.304	2.883	257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.392	3.301	231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.362	3.284	230
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	13.13	5.114	340
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.599	24.75	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.594	24.78	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	21	-
R_work	0.27	489	-
obs	-	-	92.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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