[日本語] English
万見
- PDB-9doy: Fibrillar assembly of an D-enantiopure, C-alpha methylated, macro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9doy
タイトルFibrillar assembly of an D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
要素D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
キーワードPROTEIN FIBRIL / MAX1 / fibril / hydrogel / C-alpha methylated macrocyclic beta-hairpin
機能・相同性Chem-I3C
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Samdin, T.D. / Lubkowski, J. / Anderson, C.F. / Schneider, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1ZIABC011313-14 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: From Hydrogel to Crystal: A Molecular Design Strategy that Chemically Modifies Racemic Gel-Forming Peptides to Furnish Crystalline Fibrils Stabilized by Parallel Rippled beta-Sheets.
著者: Samdin, T.D. / Lubkowski, J. / Anderson, C.F. / Schneider, J.P.
履歴
登録2024年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
a: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
B: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
b: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
C: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
c: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
D: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
d: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
E: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
e: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
F: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
f: D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,35919
ポリマ－17,44712
非ポリマー3,9127
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, TEM experiments of a homologous macrocyclic beta-hairpin peptide without the C-alpha methyl group show evidence of self-assembly and fibrillization, correlating with the ...根拠: 電子顕微鏡法, TEM experiments of a homologous macrocyclic beta-hairpin peptide without the C-alpha methyl group show evidence of self-assembly and fibrillization, correlating with the deposited X-ray crystallographic structure.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.475, 57.475, 113.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
D-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin


分子量: 1453.895 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.4-0.6 M sodium potassium phosphate, pH 7.0, 26% v/v PEG400, 2-12 mM I3C (5-amino-2,4,6-triiodoisphthalic acid)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 15438 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 19.2 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 2.459 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.92-1.9518.90.6436930.9210.9790.1490.6620.93892
1.95-1.9922.80.5917640.9660.9910.1270.6051.113100
1.99-2.0322.80.5327410.9710.9930.1150.5451.18499.9
2.03-2.0722.90.4937680.9750.9940.1060.5051.271100
2.07-2.1122.50.4537470.9670.9910.10.4641.422100
2.11-2.1622.60.4467750.9720.9930.0980.4571.43899.9
2.16-2.2221.90.3927480.9820.9950.0880.4021.547100
2.22-2.2821.40.3617590.970.9920.0820.3711.59100
2.28-2.3420.60.3327680.9610.990.0780.3421.70899.9
2.34-2.4218.40.3057640.9640.9910.0780.3161.906100
2.42-2.5119.50.2817720.9720.9930.070.291.9299.9
2.51-2.6121.10.2587610.9840.9960.0610.2662.09100
2.61-2.7220.10.2247700.9830.9960.0560.2322.47899.9
2.72-2.8718.90.1947720.9830.9960.050.2012.71199.9
2.87-3.0517.30.1667830.9840.9960.0470.1733.23399.4
3.05-3.2815.60.1447640.9870.9970.0440.1523.64599.2
3.28-3.61140.1317840.9890.9970.0430.1394.67398.5
3.61-4.1415.90.1168000.9940.9980.0350.1214.75899.5
4.14-5.2114.40.1038070.990.9970.0340.1095.81799
5.21-5014.90.0898980.99910.0260.0947.45299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→40.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 3.483 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29613 692 4.8 %RANDOM
Rwork0.24556 ---
obs0.24791 13671 93.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.035 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.92→40.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1212 0 112 39 1363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8591.851893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4531.6343688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8515152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43110304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.452.509631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4482.508632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5894.486778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.594.485779
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.623.013736
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5772.998730
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4075.3821104
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.21831.651519
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.15531.311513
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.966 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 54 -
Rwork0.208 996 -
obs--95.89 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る