PDB-9dox: Fibrillar assembly of an L-enantiopure, C-alpha methylated, macro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dox

タイトル

Fibrillar assembly of an L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

要素

L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

キーワード

PROTEIN FIBRIL / MAX1 / fibril / hydrogel / C-alpha methylated macrocyclic beta-hairpin

機能・相同性

Chem-I3C

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Samdin, T.D. / Lubkowski, J. / Anderson, C.F. / Schneider, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: From Hydrogel to Crystal: A Molecular Design Strategy that Chemically Modifies Racemic Gel-Forming Peptides to Furnish Crystalline Fibrils Stabilized by Parallel Rippled beta-Sheets.
著者: Samdin, T.D. / Lubkowski, J. / Anderson, C.F. / Schneider, J.P.

履歴

登録	2024年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dox.cif.gz	44.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dox.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/9dox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/9dox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9doyC 9dp0C 2n1e C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

a: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

B: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

b: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

C: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

c: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

D: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

d: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

E: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

e: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

F: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

f: L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin

ヘテロ分子

20.8 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, TEM experiments of a homologous macrocyclic beta-hairpin peptide without the C-alpha methyl group show evidence of self-assembly and fibrillization, correlating with the ...根拠: 電子顕微鏡法, TEM experiments of a homologous macrocyclic beta-hairpin peptide without the C-alpha methyl group show evidence of self-assembly and fibrillization, correlating with the deposited X-ray crystallographic structure.

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.497, 57.497, 114.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質・ペプチド	L-enantiopure, C-alpha methylated, macrocyclic beta-hairpin 分子量: 1453.895 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸分子量: 558.835 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₄I₃NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.4-0.6 M sodium potassium phosphate, pH 7.0, 26% v/v PEG400, 2-12 mM I3C (5-amino-2,4,6-triiodoisphthalic acid) as a co-crystallant

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 9732 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.977 / CC star: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 1.663 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 120470

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	12.3	0.447	480	0.983	0.996	0.132	0.466	0.677	100
2.29-2.33	12.9	0.445	467	0.973	0.993	0.129	0.464	0.746	100
2.33-2.38	13.4	0.397	459	0.984	0.996	0.112	0.413	0.77	100
2.38-2.42	13.1	0.35	483	0.989	0.997	0.1	0.364	0.849	100
2.42-2.48	13.5	0.359	468	0.985	0.996	0.101	0.373	0.818	100
2.48-2.53	13.2	0.337	471	0.987	0.997	0.095	0.351	0.823	100
2.53-2.6	13.2	0.288	477	0.989	0.997	0.082	0.299	0.923	100
2.6-2.67	12.8	0.25	471	0.991	0.998	0.073	0.261	1.027	100
2.67-2.75	12.5	0.211	484	0.997	0.999	0.062	0.22	1.07	100
2.75-2.83	12	0.188	471	0.994	0.998	0.056	0.197	1.317	100
2.83-2.94	11.2	0.151	475	0.994	0.999	0.047	0.158	1.399	99.6
2.94-3.05	13.3	0.143	491	0.995	0.999	0.042	0.149	1.501	100
3.05-3.19	13.1	0.124	490	0.994	0.999	0.036	0.129	1.853	100
3.19-3.36	13	0.113	472	0.998	0.999	0.033	0.118	1.996	100
3.36-3.57	12.4	0.11	492	0.996	0.999	0.033	0.115	2.225	100
3.57-3.85	12	0.098	490	0.997	0.999	0.03	0.103	2.426	100
3.85-4.23	10.7	0.092	497	0.997	0.999	0.03	0.097	2.872	100
4.23-4.85	12.2	0.071	505	0.998	1	0.022	0.075	2.901	99.8
4.85-6.1	11.8	0.076	519	0.998	1	0.024	0.08	3.594	100
6.1-50	9.8	0.075	570	0.998	0.999	0.025	0.079	3.923	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→40.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 6.136 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28393	489	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23699	-	-	-
obs	0.2393	9191	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.25→40.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1212	0	96	26	1334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.882	2.052	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.582	1.807	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.671	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.332	10	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.567	3.012	624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.565	3.012	624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.932	5.405	768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.93	5.404	769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.838	3.515	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.758	3.488	702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.717	6.331	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.997	35.89	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.866	35.69	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.302 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	34	-
R_work	0.209	641	-
obs	-	-	96.15 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)