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万見
- PDB-9do4: Structure of T4 RNA Ligase 1 bound to ATP and Mg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9do4
タイトルStructure of T4 RNA Ligase 1 bound to ATP and Mg
要素RNA ligase 1
キーワードLIGASE / T4 RNA ligase 1
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail fiber assembly / RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / RNA repair / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
T4 RNA ligase 1 / : / T4 RNA ligase 1, C-terminal domain / T4 RNA ligase 1, N-terminal / RNA ligase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA ligase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wimberly-Gard, G.M. / Shuman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of T4 RNA Ligase 1 bound to ATP and Mg
著者: Wimberly-Gard, G.M. / Shuman, S.
履歴
登録2024年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA ligase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6524
ポリマ－46,0961
非ポリマー5563
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)104.197, 40.114, 107.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RNA ligase 1 / Gene product 63 / gp63 / Rnl1 / T4 RNA Ligase 1


分子量: 46095.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00971, RNA ligase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 300mM MGCl2, 100mM NaCl, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 12514 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 52.403 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 1.588 / Num. unique obs: 1511 / CC1/2: 0.381 / Rpim(I) all: 0.824

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
XDSJun 30, 2023 BUILT=20230630データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→27.83 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2958 597 4.77 %RANDOM
Rwork0.2211 ---
obs0.2247 12507 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→27.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 33 18 2812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1651005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008500
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.860.35991620.28122942X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.270.36181430.26272956X-RAY DIFFRACTION100
3.27-4.120.30221390.21612952X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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