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- PDB-9dnx: Human ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A and B: Complete -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dnx
タイトルHuman ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A and B: Complete
要素
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter 3
  • Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / lysosomal protein / CLC
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting V-type ATPase complex assembly / volume-sensitive chloride channel activity / chloride:proton antiporter activity / synaptic vesicle lumen acidification / negative regulation of cell volume / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / regulation of pH / voltage-gated chloride channel activity / specific granule ...proton-transporting V-type ATPase complex assembly / volume-sensitive chloride channel activity / chloride:proton antiporter activity / synaptic vesicle lumen acidification / negative regulation of cell volume / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / regulation of pH / voltage-gated chloride channel activity / specific granule / multivesicular body membrane / photoreceptor cell maintenance / vesicle membrane / antiporter activity / synaptic transmission, GABAergic / phagocytosis, engulfment / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / chloride channel activity / regulation of protein catabolic process / intercellular bridge / phagocytic vesicle / axon terminus / chloride transmembrane transport / secretory granule / adult locomotory behavior / GABA-ergic synapse / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / recycling endosome / Stimuli-sensing channels / ruffle membrane / synaptic vesicle membrane / mitotic spindle / late endosome membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / late endosome / synaptic vesicle / protein transport / microtubule cytoskeleton / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / early endosome / lysosome / endosome membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TMEM9/TMEM9B / TMEM9 / Chloride channel ClC-3 / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL / H(+)/Cl(-) exchange transporter 3 / Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Son, Y. / Schrecker, M. / Hite, R.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)141553 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)008748 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of ClC-3 inhibition by TMEM9 and PI(3,5)P.
著者: Marina Schrecker / Yeeun Son / Rosa Planells-Cases / Sumanta Kar / Viktoriia Vorobeva / Uwe Schulte / Bernd Fakler / Thomas J Jentsch / Richard K Hite /
要旨: The trafficking and activity of endosomes relies on the exchange of chloride ions and protons by members of the CLC family of chloride channels and transporters, whose mutations are associated with ...The trafficking and activity of endosomes relies on the exchange of chloride ions and protons by members of the CLC family of chloride channels and transporters, whose mutations are associated with numerous diseases. Despite their critical roles, the mechanisms by which CLC transporters are regulated are poorly understood. Here, we show that two related accessory β-subunits, TMEM9 and TMEM9B, directly interact with ClC-3, -4 and -5. Cryo-EM structures reveal that TMEM9 inhibits ClC-3 by sealing the cytosolic entrance to the Cl ion pathway. Unexpectedly, we find that PI(3,5)P stabilizes the interaction between TMEM9 and ClC-3 and is required for proper regulation of ClC-3 by TMEM9. Collectively, our findings reveal that TMEM9 and PI(3,5)P collaborate to regulate endosomal ion homeostasis by modulating the activity of ClC-3.
履歴
登録2024年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter 3
D: Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9
B: Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9
C: H(+)/Cl(-) exchange transporter 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,09014
ポリマ－223,3084
非ポリマー3,78310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter 3 / Chloride channel protein 3 / ClC-3 / Chloride transporter ClC-3


分子量: 91054.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLCN3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51790
#2: タンパク質 Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9 / v-ATPase assembly regulator TMEM9 / Dermal papilla-derived protein 4 / Transmembrane protein 9 / Protein TMEM9


分子量: 20598.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: TMEM9, DERP4, TMEM9A, HSPC186, PSEC0012, UNQ631/PRO1248
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0T7
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-A1A8I / (2R)-1-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5E,8E,11E,13E)-icosa-5,8,11,13-tetraenoate


分子量: 1047.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H85O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human ClC-3 and Human TMEM9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
詳細: 0.02% GDN, 50 mM Tris-HCl (pH 8), 150 mM KCl, 2 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.02 %glyco-diosgenin1
250 mMTris1
3150 mMPotassium ChlorideKCl1
42 mMdithiothreitol1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影平均露光時間: 2.93 sec. / 電子線照射量: 59.63 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10137040
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94011 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: FSC 0.5
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00313608
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46818482
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.2441898
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0362094
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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