PDB-9dnp: Structure of UBR2-RFF complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dnp

タイトル

Structure of UBR2-RFF complex

要素

ARG-PHE-PHE-NH2
E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

キーワード

PROTEIN BINDING / UBR / E3 ligase / natural ligands

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2A ubiquitin ligase activity / L-leucine binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / male meiotic nuclear division / transposable element silencing / cellular response to L-leucine / negative regulation of TOR signaling / reciprocal meiotic recombination / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / male meiosis I ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Huang, S. / Wu, J. / Taylor, S. / Chen, Y.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
Department of Defense (DOD, United States)	HT9425-23-1-0560	米国
Department of Defense (DOD, United States)	PA220024P1	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01 CA212119	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01 CA265410	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Flexibility and Selectivity of N-End Rule Ligases
著者: Huang, S. / Wu, J. / Taylor, S. / Chen, Y.

履歴

登録	2024年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dnp.cif.gz	50.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dnp.ent.gz	34 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dnp_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dnp_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	9dnp_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	9dnp_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/9dnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/9dnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dnoC 9dnqC 9dnrC 9muxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

C: ARG-PHE-PHE-NH2

B: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

D: ARG-PHE-PHE-NH2

ヘテロ分子

17.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

C: ARG-PHE-PHE-NH2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Single peak observed during size exclusion chromatography purification
8.75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

D: ARG-PHE-PHE-NH2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.538, 56.987, 115.606
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-399- HOH
2	1	B-377- HOH

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase UBR2 / N-recognin-2 / Ubiquitin-protein ligase E3-alpha-2 / Ubiquitin-protein ligase E3-alpha-II 分子量: 8083.191 Da / 分子数: 2 / 断片: UBR-box domain (UNP residues 98-168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBR2, C6orf133, KIAA0349 / プラスミド: pGEX-6p-1-hUBR1-UBRbox / 詳細 (発現宿主): Amp resistance, N-terminal GST tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IWV8
#2: タンパク質・ペプチド	ARG-PHE-PHE-NH2 分子量: 467.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The stock concentration of UBR2UBR for co-crystallization is 6.2 mg/ml. For UBR2UBR-RFF the ligand to protein molar ratio is 1:2 and the reservoirs contain 0.1 M Bis-Tris pH 6.3 with 26% PEG 3350.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97648 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97648 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.22→50 Å / Num. obs: 47384 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.29 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 320088

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.22-1.24	2.3	1.281	1294	0.195	0.571	0.866	1.563	0.501	53.2
1.24-1.26	2.8	1.193	1832	0.32	0.696	0.751	1.424	0.485	73.3
1.26-1.29	3.9	1.258	2163	0.383	0.745	0.679	1.439	0.475	89.1
1.29-1.31	5.1	1.047	2341	0.459	0.793	0.491	1.163	0.503	95
1.31-1.34	6.1	0.989	2389	0.616	0.873	0.421	1.079	0.502	97.7
1.34-1.37	6.9	0.824	2451	0.727	0.918	0.333	0.891	0.552	99.5
1.37-1.41	7.2	0.676	2484	0.794	0.941	0.266	0.728	0.623	99.7
1.41-1.45	6.6	0.597	2434	0.836	0.954	0.245	0.647	0.654	99.8
1.45-1.49	7.1	0.446	2452	0.882	0.968	0.176	0.481	0.76	99.8
1.49-1.54	8.1	0.389	2470	0.928	0.981	0.145	0.416	0.909	100
1.54-1.59	7.9	0.321	2478	0.942	0.985	0.121	0.343	1.226	100
1.59-1.66	7.9	0.26	2478	0.961	0.99	0.098	0.278	1.557	100
1.66-1.73	7.6	0.217	2464	0.977	0.994	0.083	0.232	1.788	99.9
1.73-1.82	7.5	0.178	2479	0.983	0.996	0.069	0.191	1.85	99.8
1.82-1.94	6.7	0.172	2470	0.982	0.995	0.071	0.186	1.952	99.9
1.94-2.09	6.6	0.113	2496	0.993	0.998	0.046	0.122	1.814	99.7
2.09-2.3	8	0.124	2498	0.991	0.998	0.046	0.132	1.847	100
2.3-2.63	8.1	0.099	2520	0.993	0.998	0.036	0.105	1.839	99.8
2.63-3.31	7.7	0.081	2543	0.995	0.999	0.03	0.087	1.641	99.8
3.31-50	7.2	0.053	2648	0.998	0.999	0.02	0.057	1.773	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.22→37.81 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2014	2381	5.09 %
R_work	0.1863	-	-
obs	0.1871	46805	94.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→37.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1176	0	6	225	1407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1204
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	1615
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.458	167
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.22-1.25	0.3438	55	0.3395	1242	X-RAY DIFFRACTION	45
1.25-1.27	0.3485	120	0.3386	1965	X-RAY DIFFRACTION	72
1.27-1.3	0.3173	127	0.3143	2490	X-RAY DIFFRACTION	91
1.3-1.34	0.2943	146	0.2918	2611	X-RAY DIFFRACTION	96
1.34-1.37	0.2637	143	0.2636	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
1.37-1.41	0.2676	147	0.2519	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.46	0.2483	145	0.2445	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
1.46-1.51	0.2168	127	0.2138	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.57	0.2025	160	0.1915	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.64	0.1842	134	0.1868	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.73	0.1756	144	0.1803	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.84	0.2063	154	0.1833	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.98	0.2204	146	0.2014	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.18	0.1974	159	0.1807	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.49	0.1951	155	0.1847	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-3.14	0.208	161	0.1767	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-37.81	0.1724	158	0.1557	2915	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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