PDB-9dn1: CryoEM structure of the Salpingoeca rosetta caveolin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dn1

タイトル

CryoEM structure of the Salpingoeca rosetta caveolin complex

要素

Caveolin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Membrane-shaping protein / monotonic membrane protein

機能・相同性

Caveolin / Caveolin / caveola assembly / caveola / molecular adaptor activity / Golgi membrane / Caveolin

機能・相同性情報

生物種

Salpingoeca rosetta (真核生物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Connolly, S.M. / Ohi, M.D.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM151635	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	R01HL144131	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolutionarily diverse caveolins share a common structural framework build around amphipathic discs
著者: Han, B. / Connolly, S.M. / Wilson, L.F.L. / Schultz, D. / Gulsevin, A. / Meiler, J. / Karakas, E. / Ohi, M.D. / Kenworthy, A.K.

履歴

登録	2024年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月9日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月9日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月9日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月9日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月9日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月9日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dn1.cif.gz	627.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dn1.ent.gz	529.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dn1_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dn1_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9dn1_validation.xml.gz	54.2 KB	表示
CIF形式データ	9dn1_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/9dn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/9dn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	47023MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

H: Caveolin

I: Caveolin

J: Caveolin

K: Caveolin

L: Caveolin

M: Caveolin

N: Caveolin

O: Caveolin

P: Caveolin

Q: Caveolin

R: Caveolin

282 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Caveolin 分子量: 25605.049 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 遺伝子: PTSG_03919 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: F2U793
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: S. rosetta caveolin complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Salpingoeca rosetta (真核生物)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 59.2 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	SerialEM	4.0.3	画像取得
9	PHENIX	1.21.1_5286	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁₁ (11回回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66202 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	13728
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.619	18480
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.168	1837
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.04	1991
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	2354

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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