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- PDB-9dm8: EGFR wildtype in complex with BI-8128 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dm8
タイトルEGFR wildtype in complex with BI-8128
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / Kinase / drug discovery / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A ...multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A / ubiquitin-dependent endocytosis / PLCG1 events in ERBB2 signaling / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / ERBB2-EGFR signaling pathway / Signaling by EGFR / eyelid development in camera-type eye / intracellular vesicle / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / Developmental Lineage of Mammary Gland Myoepithelial Cells / protein insertion into membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / MAP kinase kinase kinase activity / GAB1 signalosome / embryonic placenta development / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / salivary gland morphogenesis / xenobiotic transport / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / epithelial cell proliferation / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / cellular response to epidermal growth factor stimulus / basal plasma membrane / positive regulation of DNA replication / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of DNA repair / Signal transduction by L1 / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to estradiol stimulus / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / sperm end piece / cellular response to amino acid stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / EGFR downregulation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / receptor protein-tyrosine kinase / cell-cell adhesion / Signaling by ERBB2 ECD mutants / negative regulation of protein catabolic process / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of miRNA transcription / Downregulation of ERBB2 signaling / positive regulation of fibroblast proliferation / ruffle membrane / kinase binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell morphogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / neuron differentiation / HCMV Early Events / actin filament binding / cell junction / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / sperm principal piece / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / double-stranded DNA binding / sperm midpiece / early endosome membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Heppner, D.E. / Damghani, T. / Lin, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM155353 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2026
タイトル: Structural Studies of Fourth-Generation EGFR Inhibitors Reveal Insights into Selective T790M and C797S Targeting.
著者: Damghani, T. / Song, S. / Lin, K.S. / Li, J. / Heppner, D.E.
履歴
登録2024年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1103
ポリマ－37,3041
非ポリマー8062
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.309, 146.309, 146.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1285-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37304.129 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1A6K / (6M)-1-{2-[4-(2-methoxyethyl)piperazin-1-yl]-1-methyl-4-[(1S,4R)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptan-5-yl]-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-6-yl}-6-(4-methoxypyridin-3-yl)-4-methyl-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridine


分子量: 610.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H38N10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 1.0 M sodium citrate, 5.0 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→34.49 Å / Num. obs: 27481 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 46.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.135→2.204 Å / Rmerge(I) obs: 1.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1377 / CC1/2: 0.646 / Rpim(I) all: 0.479 / Rrim(I) all: 1.639

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
AutoProcessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→34.49 Å / SU ML: 0.2098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4441
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2141 2004 7.29 %
Rwork0.2101 25473 -
obs0.2104 27477 94.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→34.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2286 0 57 87 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00882404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09343260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0702361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1403905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.190.2992670.2681946X-RAY DIFFRACTION48.56
2.19-2.250.27611190.25531441X-RAY DIFFRACTION76.21
2.25-2.310.28181480.26361891X-RAY DIFFRACTION99.22
2.31-2.390.24521490.24631895X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.470.25341480.25091920X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.570.24261470.23481905X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.690.27341460.21911912X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.830.24431530.24891902X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.010.21711540.2251941X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.240.21391510.22081910X-RAY DIFFRACTION99.95
3.24-3.570.20351520.21891927X-RAY DIFFRACTION100
3.57-4.080.20121530.1921941X-RAY DIFFRACTION100
4.08-5.130.16371500.17731930X-RAY DIFFRACTION100
5.14-34.490.22931670.20482012X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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