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- PDB-9dlu: Solution structure of Staphylococcus aureus response regulator Ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dlu
タイトルSolution structure of Staphylococcus aureus response regulator ArlR DNA-binding domain
要素Response regulator ArlR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Two-component regulatory system ArlRS / Response regulator ArlR
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator ArlR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rafid Feisal, M. / Hwang, P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2022-04105 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and dynamics of Staphylococcus aureus response regulator ArlR DNA-binding domain by solution NMR
著者: Rafid Feisal, M. / Mercier, P. / Mak, K.Y.L. / Liu, P.B. / Wen, Y. / Hwang, P.M.
履歴
登録2024年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator ArlR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4211
ポリマ－12,4211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Confirmed by, Ouyang, Zhenlin, et al. "Deciphering the activation and recognition mechanisms of Staphylococcus aureus response regulator ArlR." Nucleic Acids Research 47.21 ...根拠: gel filtration, Confirmed by, Ouyang, Zhenlin, et al. "Deciphering the activation and recognition mechanisms of Staphylococcus aureus response regulator ArlR." Nucleic Acids Research 47.21 (2019): 11418-11429., NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Response regulator ArlR


分子量: 12421.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: arlR, SAOUHSC_01420 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KJN4
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic22D 1H-13C HSQC
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D HNCO
182isotropic23D 1H-15N NOESY
191isotropic23D 1H-13C NOESY
1101isotropic23D C(CO)NH
1113isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1123isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1131isotropic23D H-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-13C; U-15N] DNA-binding domain of the Staphylococcus aureus response regulator ArlR, 10 mM imidazole, 300 mM sodium chloride, 0.5 mM [U-2H] d6-DSS, 90% H2O/10% D2O0.5 mM, [U-13C; U-15N] ArlR DNA-binding domain protein, 10 mM Imidazole, pH 6.7 to 6.8, 300 mM NaCl, 5 mM d6-DSSsample_1_13C_15N_labeled90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-15N] DNA-binding domain of the Staphylococcus aureus response regulator ArlR, 10 mM imidazole, 300 mM sodium chloride, 0.5 mM [U-2H] d6-DSS, 90% H2O/10% D2O0.5 mM, [U-15N] ArlR DNA-binding domain protein, 10 mM Imidazole, pH 6.7, 300 mM NaCl, 5 mM d6-DSSsample_2_15N_labeled90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-30% 13C; U-100% 15N] DNA-binding domain of the Staphylococcus aureus response regulator ArlR, 10 mM imidazole, 100 mM potassium chloride, 0.5 mM [U-2H] d6-DSS, 100% D2O0.4 mM, [U-30% 13C; U-15N] ArlR DNA binding domain protein, in 10 mM imidazole, pH 6.70, 100 mM KCl, 100% D2Osample_3_(30%)13C_15N_labeled100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMDNA-binding domain of the Staphylococcus aureus response regulator ArlR[U-13C; U-15N]1
10 mMimidazolenatural abundance1
300 mMsodium chloridenatural abundance1
0.5 mMd6-DSS[U-2H]1
0.5 mMDNA-binding domain of the Staphylococcus aureus response regulator ArlR[U-15N]2
10 mMimidazolenatural abundance2
300 mMsodium chloridenatural abundance2
0.5 mMd6-DSS[U-2H]2
0.5 mMDNA-binding domain of the Staphylococcus aureus response regulator ArlR[U-30% 13C; U-100% 15N]3
10 mMimidazolenatural abundance3
100 mMpotassium chloridenatural abundance3
0.5 mMd6-DSS[U-2H]3
試料状態詳細: pH 6.7 - 6.8, 30 degrees Celsius / イオン強度: 300 mM / Label: SampleConditions_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
VNMRVariancollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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