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- PDB-9dls: Vibrio cholerae DnaB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dls
タイトルVibrio cholerae DnaB
要素
  • Replicative DNA helicase
  • ssDNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Replicative Helicase / DNA Replication / Vibrio cholerae / Helicase Loading / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / isomerase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / isomerase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Mazzoletti, D. / Peng, A. / Gao, N. / Olinares, P.D.B. / Morrone, C. / Garavaglia, A. / Mendoza, A. / Chowdhury, A. / Gouda, N. / Tsoy, S. ...Mazzoletti, D. / Peng, A. / Gao, N. / Olinares, P.D.B. / Morrone, C. / Garavaglia, A. / Mendoza, A. / Chowdhury, A. / Gouda, N. / Tsoy, S. / Bhavsar, H. / Cerullo, A. / Rossi, F. / Rizzi, M. / Chait, B.T. / Miggiano, R. / Jeruzalmi, D.
資金援助 米国, イタリア, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1818255 米国
Fondazione CARIPLO2020_3589 イタリア
Italian Ministry of Education2022LCN738 イタリア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: DnaB and DciA: mechanisms of helicase loading and translocation on ssDNA.
著者: Nicholas Gao / Daniele Mazzoletti / Adele Peng / Paul Dominic B Olinares / Castrese Morrone / Andrea Garavaglia / Nourelhoda Gouda / Sergey Tsoy / Albert Mendoza / Ahammad Chowdhury / Antonio ...著者: Nicholas Gao / Daniele Mazzoletti / Adele Peng / Paul Dominic B Olinares / Castrese Morrone / Andrea Garavaglia / Nourelhoda Gouda / Sergey Tsoy / Albert Mendoza / Ahammad Chowdhury / Antonio Cerullo / Hrutvik Bhavsar / Franca Rossi / Menico Rizzi / Brian T Chait / Riccardo Miggiano / David Jeruzalmi /
要旨: Replicative helicases are assembled on chromosomes by helicase loaders before the initiation of DNA replication. Here, we investigate the mechanisms employed by the bacterial Vibrio cholerae (Vc) ...Replicative helicases are assembled on chromosomes by helicase loaders before the initiation of DNA replication. Here, we investigate the mechanisms employed by the bacterial Vibrio cholerae (Vc) DnaB replicative helicase and the DciA helicase loader. Structural analysis of the ATPγS form of the VcDnaB-ssDNA complex reveals a configuration distinct from that observed with GDP•AlF4. With ATPγS, the amino-terminal domain (NTD) tier, previously found as an open spiral in the GDP•AlF4 complex, adopts a closed planar arrangement. Furthermore, the DnaB subunit at the top of the carboxy-terminal domain (CTD) spiral is displaced by approximately 25 Å between the two forms. We suggest that remodeling the NTD layer between closed planar and open spiral configurations, along with the migration of two distinct CTDs to the top of the DnaB spiral, repeated three times, mediates hand-over-hand translocation. Biochemical analysis indicates that VcDciA utilizes its Lasso domain to interact with DnaB near its Docking-Helix Linker-Helix interface. Up to three copies of VcDciA bind to VcDnaB, suppressing its ATPase activity during loading onto physiological DNA substrates. Our data suggest that DciA loads DnaB onto DNA using the ring-opening mechanism.
履歴
登録2024年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
D: Replicative DNA helicase
E: Replicative DNA helicase
F: Replicative DNA helicase
G: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,68519
ポリマ－319,4007
非ポリマー3,28512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Replicative DNA helicase


分子量: 52108.773 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1
遺伝子: dnaB, BC353_11625, CGT77_16630, D6U24_18545, ERS013165_03687, ERS013200_03939, F0M16_21215, FLM02_14585, FLM12_17840, QXB71_003857
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085R2T8, DNA 5'-3' helicase
#2: DNA鎖 ssDNA


分子量: 6747.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sample sequence is different than the sequence from the coordinates because the resolution of the map was not enough to unambiguosly identify nucleobases during 3D reconstruction
由来: (合成) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
#3: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Hexameric DNA replicative helicase Vc-DnaB in complex with ssDNA, ATPgammaS and Mg2+COMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2helicase Vc-DnaBCOMPLEX#11RECOMBINANT
3ssDNACOMPLEX#21MULTIPLE SOURCESThe DNA sequence of the substrate included in the sample preparation for cryo-EM is: GTC ATT AAA TAT ATA TAA AGA TCT ATA TAG AGA TCT TTT TAT TAG ATC TAC TAT TAA GGA The ssDNA sequence of the strand modelled in the cryo-EM structure is: TCC AGA TAC ACA AAA AAA AAA A
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)127906
33Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)127906
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethane-sulfonic acid1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
45 mM2-MercaptoethanolHOCH2CH2SH1
55 mMATPgammaS1
試料濃度: 5.62 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was monodisperse and contained also the helicase loader Vc-DciA at 18 uM.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77.36 K / 最低温度: 77.36 K
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51.37 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12265
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7MOLREP11.9.02モデルフィッティング
9cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2分類
12cryoSPARC3.3.2３次元再構成
13PHENIX1.21.1-5286-0000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4315534
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 551305 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 73.05 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築Accession code: AF-C3LRA3-F1-model_v4 / Chain residue range: 1-468 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化最高解像度: 3.37 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00221645
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.38229408
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.6638429
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0373361
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033772

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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