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- PDB-9dlg: CryoEM structure of the TIR domain from human TRAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dlg
タイトルCryoEM structure of the TIR domain from human TRAM
要素TIR domain-containing adapter molecule 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like receptor / TIR / TRAM
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / MyD88-independent TLR4 cascade / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / TRIF-mediated programmed cell death / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand ...TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / MyD88-independent TLR4 cascade / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / TRIF-mediated programmed cell death / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / phagocytosis / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / phagocytic cup / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / signaling adaptor activity / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / secretory granule membrane / cell projection / late endosome membrane / late endosome / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / molecular adaptor activity / early endosome / endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome / inflammatory response / innate immune response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TIR domain-containing adapter molecule 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Hedger, A. / Pospich, S. / Pan, M. / Gu, W. / Ve, T. / Raunser, S. / Landsberg, M. / Nanson, J.D. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 5件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2025931 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1196590 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FL180100109 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT200100572 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DE170100783 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis for TIR domain-mediated innate immune signaling by Toll-like receptor adaptors TRIF and TRAM.
著者: Mohammad K Manik / Mengqi Pan / Le Xiao / Weixi Gu / Hyoyoung Kim / Sabrina Pospich / Andrew Hedger / Parimala R Vajjhala / Morris Y L Lee / Xiaoqi Qian / Michael J Landsberg / Thomas Ve / ...著者: Mohammad K Manik / Mengqi Pan / Le Xiao / Weixi Gu / Hyoyoung Kim / Sabrina Pospich / Andrew Hedger / Parimala R Vajjhala / Morris Y L Lee / Xiaoqi Qian / Michael J Landsberg / Thomas Ve / Jeffrey D Nanson / Stefan Raunser / Katryn J Stacey / Hao Wu / Bostjan Kobe /
要旨: Innate immunity relies on Toll-like receptors (TLRs) to detect pathogen-associated molecular patterns. The TIR (Toll/interleukin-1 receptor) domain-containing TLR adaptors TRIF (TIR domain-containing ...Innate immunity relies on Toll-like receptors (TLRs) to detect pathogen-associated molecular patterns. The TIR (Toll/interleukin-1 receptor) domain-containing TLR adaptors TRIF (TIR domain-containing adaptor-inducing interferon-β) and TRAM (TRIF-related adaptor molecule) are essential for MyD88-independent TLR signaling. However, the structural basis of TRIF and TRAM TIR domain-based signaling remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of filaments formed by TRIF and TRAM TIR domains at resolutions of 3.3 Å and 5.6 Å, respectively. Both structures reveal two-stranded parallel helical arrangements. Functional studies underscore the importance of intrastrand interactions, mediated by the BB-loop, and interstrand interactions in TLR4-mediated signaling. We also report the crystal structure of the monomeric TRAM TIR domain bearing the BB loop mutation C117H, which reveals conformational differences consistent with its inactivity. Our findings suggest a unified signaling mechanism by the TIR domains of the four signaling TLR adaptors MyD88, MAL, TRIF, and TRAM and reveal potential therapeutic targets for immunity-related disorders.
履歴
登録2024年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Data collection / Data processing / カテゴリ: em_3d_reconstruction / em_admin
Item: _em_3d_reconstruction.num_particles / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TIR domain-containing adapter molecule 2
A: TIR domain-containing adapter molecule 2
C: TIR domain-containing adapter molecule 2
D: TIR domain-containing adapter molecule 2
E: TIR domain-containing adapter molecule 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7545
ポリマ－91,7545
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "A"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 77 - 231 / Label seq-ID: 2 - 156

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1BA
d_2AB
d_3CC
d_4DD
d_5EE

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.998024055293, 0.0600040799796, -0.0186412296313), (-0.0594834291516, 0.997855070414, 0.0273309367777), (0.0202412132227, -0.0261680880958, 0.99945261241)-4.09825329395, 4.35137774483, 34.2519445423
2given(0.998934404955, -0.046090431013, 0.00239306627379), (0.0460494218084, 0.998826060308, 0.0150316998281), (-0.00308307448224, -0.014905482805, 0.999884153907)5.46163482254, -8.42217416129, -30.7263303371
3given(-0.997454084363, -0.00726820051236, 0.0709402766385), (0.00270220843998, -0.99793025234, -0.0642488095913), (0.0712604213977, -0.063893542128, 0.995409246299)276.077176361, 290.728751356, 17.0178296075
4given(-0.996421823388, 0.0595985695243, 0.0599296286299), (-0.0635226972653, -0.995804992759, -0.0658580543918), (0.0557531775705, -0.0694292942985, 0.996027688513)266.097538225, 301.267375533, -13.3919436706

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要素

#1: タンパク質
TIR domain-containing adapter molecule 2 / TICAM-2 / Putative NF-kappa-B-activating protein 502 / TRIF-related adapter molecule / TRAM / Toll- ...TICAM-2 / Putative NF-kappa-B-activating protein 502 / TRIF-related adapter molecule / TRAM / Toll-like receptor adaptor protein 3 / Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein / MyD88-4


分子量: 18350.752 Da / 分子数: 5 / 断片: TIR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TICAM2, TIRAP3, TIRP, TRAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86XR7
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Self-assembly of TIR domain of TRIF-related adaptor protein (TRAM)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 50000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 177.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 16.11 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95000 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 283.85 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00176560
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45348905
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0378975
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00651180
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.9362470
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2ABELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.4832305722E-11
ens_1d_3ABELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.29955530567E-12
ens_1d_4ABELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.8221320358E-12
ens_1d_5ABELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.31847214136E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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