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- PDB-9dl0: Crystal structure of a synthetic Fab (R3H8) in complex with the F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dl0
タイトルCrystal structure of a synthetic Fab (R3H8) in complex with the FRB domain of mTOR
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Serine/threonine-protein kinase mTOR
キーワードIMMUNE SYSTEM/Transferase / kinase / inhibitor / antibody / signaling protein / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability ...RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / cellular response to leucine starvation / negative regulation of lysosome organization / heart valve morphogenesis / TFIIIC-class transcription factor complex binding / TORC1 complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / voluntary musculoskeletal movement / regulation of osteoclast differentiation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of lysosome organization / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to L-leucine / MTOR signalling / cellular response to nutrient / regulation of autophagosome assembly / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / energy reserve metabolic process / ruffle organization / serine/threonine protein kinase complex / negative regulation of cell size / cellular response to methionine / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / inositol hexakisphosphate binding / cellular response to osmotic stress / anoikis / negative regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle cell development / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of macroautophagy / Macroautophagy / regulation of cell size / positive regulation of myotube differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / oligodendrocyte differentiation / germ cell development / behavioral response to pain / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / response to amino acid / HSF1-dependent transactivation / regulation of macroautophagy / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cellular response to nutrient levels / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / positive regulation of lipid biosynthetic process / neuronal action potential / heart morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of cellular response to heat / positive regulation of lamellipodium assembly / cardiac muscle contraction / phagocytic vesicle / positive regulation of stress fiber assembly / T cell costimulation / cytoskeleton organization / endomembrane system / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of glycolytic process / cellular response to starvation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of translation / VEGFR2 mediated vascular permeability / post-embryonic development / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of actin cytoskeleton organization / phosphoprotein binding / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to amino acid stimulus / regulation of cell growth / macroautophagy / response to nutrient levels / regulation of circadian rhythm / protein destabilization / PML body / multicellular organism growth / cellular response to insulin stimulus / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / PIP3 activates AKT signaling
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / : ...Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase mTOR
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者O'Leary, K.M. / Slezak, T. / Kossiakoff, A.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Conformation-specific synthetic intrabodies modulate mTOR signaling with subcellular spatial resolution.
著者: O'Leary, K.M. / Slezak, T. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録2024年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab heavy chain
G: Serine/threonine-protein kinase mTOR
H: Fab heavy chain
I: Serine/threonine-protein kinase mTOR
Y: Fab light chain
Z: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4506
ポリマ－116,4506
非ポリマー00
水6,720373
1
A: Fab heavy chain
G: Serine/threonine-protein kinase mTOR
Y: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2253
ポリマ－58,2253
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23390 Å2
手法PISA
2
H: Fab heavy chain
I: Serine/threonine-protein kinase mTOR
Z: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2253
ポリマ－58,2253
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.613, 110.042, 131.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11Z-342-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23536.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase mTOR / FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex- ...FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex-associated protein / Mammalian target of rapamycin / mTOR / Mechanistic target of rapamycin / Rapamycin and FKBP12 target 1 / Rapamycin target protein 1


分子量: 11606.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTOR, FRAP, FRAP1, FRAP2, RAFT1, RAPT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42345, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 抗体 Fab light chain


分子量: 23082.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 4% PEG 400 2.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→110.2 Å / Num. obs: 82556 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 8485 / CC1/2: 0.295

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→56.31 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 4198 5.16 %
Rwork0.205 --
obs0.2065 81284 94.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→56.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8113 0 0 373 8486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1432961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.36811630.3282658X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.050.36721490.33162690X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.070.33191810.31162620X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.10.39411580.31032697X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.130.35651450.30852683X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.150.32391430.28922710X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.190.28291360.27332704X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.220.32821200.28722681X-RAY DIFFRACTION99
2.22-2.230.4433520.4238852X-RAY DIFFRACTION73
2.27-2.290.671330.4782671X-RAY DIFFRACTION50
2.29-2.330.30751340.28122681X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.370.28291670.2762698X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.31071450.23842693X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.470.23331450.24042725X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.520.32451280.23462703X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.580.29521430.22492714X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.640.27471540.21612692X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.710.26491470.22122713X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.790.27811310.21692734X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.880.28091610.22432698X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.990.26161420.23422731X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.110.2431560.21122713X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.250.22161400.20782756X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.420.22441590.20192728X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.630.20961520.18482738X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.910.23361060.17632116X-RAY DIFFRACTION77
3.91-4.310.1741510.16212748X-RAY DIFFRACTION99
4.31-4.930.17071650.14212775X-RAY DIFFRACTION100
4.93-6.210.1821610.17452798X-RAY DIFFRACTION100
6.21-56.310.20181310.18092966X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.1836 Å / Origin y: -29.4808 Å / Origin z: -23.5179 Å
111213212223313233
T0.2196 Å20.0007 Å2-0.0038 Å2-0.2343 Å20.0107 Å2--0.251 Å2
L0.0863 °20.0272 °20.0233 °2-0.0551 °2-0.0028 °2--0.3561 °2
S0.002 Å °0.0211 Å °0.032 Å °-0.0146 Å °-0.0014 Å °0.0374 Å °-0.0204 Å °-0.0128 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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