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- PDB-9dki: Crystal structure of the TIR domain C117H mutant from human TRAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dki
タイトルCrystal structure of the TIR domain C117H mutant from human TRAM
要素TIR domain-containing adapter molecule 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like receptor / TIR domain / TRAM
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / MyD88-independent TLR4 cascade / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / TRIF-mediated programmed cell death / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade ...TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / MyD88-independent TLR4 cascade / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / TRIF-mediated programmed cell death / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / phagocytic cup / positive regulation of type I interferon production / phagocytosis / signaling adaptor activity / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / secretory granule membrane / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / cell projection / late endosome membrane / late endosome / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / molecular adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / endosome / endosome membrane / inflammatory response / innate immune response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TIR domain-containing adapter molecule 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pan, M. / Gu, W. / Nanson, J.D. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2025931 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FL180100109 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis for TIR domain-mediated innate immune signaling by Toll-like receptor adaptors TRIF and TRAM.
著者: Mohammad K Manik / Mengqi Pan / Le Xiao / Weixi Gu / Hyoyoung Kim / Sabrina Pospich / Andrew Hedger / Parimala R Vajjhala / Morris Y L Lee / Xiaoqi Qian / Michael J Landsberg / Thomas Ve / ...著者: Mohammad K Manik / Mengqi Pan / Le Xiao / Weixi Gu / Hyoyoung Kim / Sabrina Pospich / Andrew Hedger / Parimala R Vajjhala / Morris Y L Lee / Xiaoqi Qian / Michael J Landsberg / Thomas Ve / Jeffrey D Nanson / Stefan Raunser / Katryn J Stacey / Hao Wu / Bostjan Kobe /
要旨: Innate immunity relies on Toll-like receptors (TLRs) to detect pathogen-associated molecular patterns. The TIR (Toll/interleukin-1 receptor) domain-containing TLR adaptors TRIF (TIR domain-containing ...Innate immunity relies on Toll-like receptors (TLRs) to detect pathogen-associated molecular patterns. The TIR (Toll/interleukin-1 receptor) domain-containing TLR adaptors TRIF (TIR domain-containing adaptor-inducing interferon-β) and TRAM (TRIF-related adaptor molecule) are essential for MyD88-independent TLR signaling. However, the structural basis of TRIF and TRAM TIR domain-based signaling remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of filaments formed by TRIF and TRAM TIR domains at resolutions of 3.3 Å and 5.6 Å, respectively. Both structures reveal two-stranded parallel helical arrangements. Functional studies underscore the importance of intrastrand interactions, mediated by the BB-loop, and interstrand interactions in TLR4-mediated signaling. We also report the crystal structure of the monomeric TRAM TIR domain bearing the BB loop mutation C117H, which reveals conformational differences consistent with its inactivity. Our findings suggest a unified signaling mechanism by the TIR domains of the four signaling TLR adaptors MyD88, MAL, TRIF, and TRAM and reveal potential therapeutic targets for immunity-related disorders.
履歴
登録2024年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIR domain-containing adapter molecule 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3541
ポリマ－16,3541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.021, 87.021, 87.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3

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要素

#1: タンパク質 TIR domain-containing adapter molecule 2 / TICAM-2 / Putative NF-kappa-B-activating protein 502 / TRIF-related adapter molecule / TRAM / Toll- ...TICAM-2 / Putative NF-kappa-B-activating protein 502 / TRIF-related adapter molecule / TRAM / Toll-like receptor adaptor protein 3 / Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein / MyD88-4


分子量: 16354.437 Da / 分子数: 1 / 断片: TIR domain / 変異: C117H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TICAM2, TIRAP3, TIRP, TRAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86XR7
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5) and 16% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35.53 Å / Num. obs: 4567 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 38.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06086 / Rpim(I) all: 0.0099 / Rrim(I) all: 0.0617 / Net I/σ(I): 42.35
反射 シェル解像度: 3→3.108 Å / Rmerge(I) obs: 1.725 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 433 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.29 / Rrim(I) all: 1.75 / % possible all: 98.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→35.53 Å / SU ML: 0.1075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.5545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 247 5.41 %
Rwork0.232 4320 -
obs0.2335 4567 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 116 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→35.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1153 0 0 0 1153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00251181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65241604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7706440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.780.35091400.26082090X-RAY DIFFRACTION99.2
3.78-35.530.24071070.22572230X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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