PDB-9dk3: Lexapeptide dehydratase complex LxmKY, hydrolysed ATP bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dk3

タイトル

Lexapeptide dehydratase complex LxmKY, hydrolysed ATP bound

要素

Kinase
Lyase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Kinase / Lyase / lanthipeptide dehydratase / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HopA1 effector protein / HopA1 effector protein family / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptomyces rochei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Randall, G.T. / Bashiri, G.

資金援助

ニュージーランド, 2件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: A Stable Dehydratase Complex Catalyzes the Formation of Dehydrated Amino Acids in a Class V Lanthipeptide.
著者: Randall, G.T. / Grant-Mackie, E.S. / Chunkath, S. / Williams, E.T. / Middleditch, M.J. / Tao, M. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A. / Bashiri, G.

履歴

登録	2024年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dk3.cif.gz	147.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dk3.ent.gz	107.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dk3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dk3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9dk3_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	9dk3_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/9dk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/9dk3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9dk1C 9dk2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kinase

B: Lyase

ヘテロ分子

83.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.175, 91.583, 151.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 43102.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GA from proteolysed purification tag 由来: (組換発現) Streptomyces rochei (バクテリア) 遺伝子: lxmK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1TP15
#2: タンパク質	Lyase 分子量: 39457.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal GA scar from proteolysed purification tag 由来: (組換発現) Streptomyces rochei (バクテリア) 遺伝子: lxmY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1TP21

-
非ポリマー , 8種, 105分子

#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Bis-Tris propane 7.5 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.11 Å / Num. obs: 36800 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.458 / R_pim(I) all: 0.125 / R_rim(I) all: 0.475 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 28.2 % / Num. unique obs: 4216 / CC_1/2: 0.41 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless	1.12.13	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→46.753 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.227

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	1804	4.911 %
R_work	0.2083	34930	-
all	0.211	-	-
obs	-	36734	99.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.266 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.657 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.016 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.359 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.753 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4802	0	74	93	4969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.639	6822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.808	1.548	10485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.316	5	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.092	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.78	10	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.073	10	203
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.23	0.2	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.367	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.093	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.309	6.478	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.278	6.478	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.852	9.701	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.852	9.703	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.957	6.721	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.906	6.712	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.66	9.938	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.588	9.926	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.023	85.936	5374
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.024	85.942	5373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.362	133	0.34	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.424	0.372	118	0.324	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.494	0.328	101	0.285	2397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.571	0.343	138	0.267	2334	X-RAY DIFFRACTION	99.9596
2.571-2.655	0.352	124	0.255	2281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.655-2.748	0.33	101	0.238	2198	X-RAY DIFFRACTION	99.9565
2.748-2.851	0.305	121	0.232	2124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.851-2.967	0.275	94	0.219	2045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.967-3.098	0.262	111	0.204	1978	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.249	0.267	113	0.199	1864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.249-3.424	0.205	94	0.175	1802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.424-3.63	0.238	93	0.196	1708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.879	0.235	81	0.177	1625	X-RAY DIFFRACTION	99.9414
3.879-4.187	0.239	74	0.183	1500	X-RAY DIFFRACTION	100
4.187-4.583	0.239	65	0.179	1399	X-RAY DIFFRACTION	100
4.583-5.118	0.245	60	0.189	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
5.118-5.898	0.384	55	0.235	1141	X-RAY DIFFRACTION	100
5.898-7.195	0.238	54	0.213	977	X-RAY DIFFRACTION	100
7.195-10.057	0.18	45	0.171	775	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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