PDB-9dk2: Lexapeptide dehydratase complex LxmKY, ATP bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dk2

タイトル

Lexapeptide dehydratase complex LxmKY, ATP bound

要素

Kinase
Lyase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Kinase / Lyase / lanthipeptide dehydratase / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HopA1 effector protein / HopA1 effector protein family / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptomyces rochei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Randall, G.T. / Bashiri, G.

資金援助

ニュージーランド, 2件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: A Stable Dehydratase Complex Catalyzes the Formation of Dehydrated Amino Acids in a Class V Lanthipeptide.
著者: Randall, G.T. / Grant-Mackie, E.S. / Chunkath, S. / Williams, E.T. / Middleditch, M.J. / Tao, M. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A. / Bashiri, G.

履歴

登録	2024年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dk2.cif.gz	143.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dk2.ent.gz	105.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/9dk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/9dk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dk1C 9dk3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kinase

B: Lyase

ヘテロ分子

83.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.716, 120.661, 152.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 43102.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GA from proteolysed purification tag 由来: (組換発現) Streptomyces rochei (バクテリア) 遺伝子: lxmK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1TP15
#2: タンパク質	Lyase 分子量: 39457.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GA from proteolysed purification tag 由来: (組換発現) Streptomyces rochei (バクテリア) 遺伝子: lxmY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1TP21

-
非ポリマー , 6種, 77分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane 7.5 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.282 Å / Num. obs: 37827 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.221 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.1 % / R_merge(I) obs: 4.278 / Num. unique obs: 4216 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 1.735 / R_rim(I) all: 4.619 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless	1.12.13	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→49.282 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.251

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2676	1916	5.074 %
R_work	0.2243	35847	-
all	0.227	-	-
obs	-	37783	99.947 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.765 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.385 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.282 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4757	0	48	71	4876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	4920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.378	1.639	6720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.813	1.549	10275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.092	5	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.782	10	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.422	10	662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.932	10	200
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.537	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5815
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.231	0.2	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.085	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.27	7.466	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.261	7.466	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.238	11.178	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.237	11.178	3220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.226	7.717	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.224	7.716	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.115	11.42	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.114	11.421	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.079	90.887	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.081	90.894	5239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.382	144	0.39	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.9273
2.565-2.635	0.333	133	0.342	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.8143
2.635-2.711	0.341	134	0.304	2424	X-RAY DIFFRACTION	99.9219
2.711-2.794	0.337	129	0.292	2396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.794-2.886	0.347	129	0.281	2355	X-RAY DIFFRACTION	99.9598
2.886-2.986	0.313	113	0.258	2246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.986-3.099	0.263	98	0.247	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.225	0.312	134	0.251	2083	X-RAY DIFFRACTION	99.9549
3.225-3.367	0.321	109	0.232	2007	X-RAY DIFFRACTION	99.9528
3.367-3.531	0.287	102	0.241	1939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.531-3.721	0.225	92	0.213	1855	X-RAY DIFFRACTION	100
3.721-3.945	0.241	86	0.195	1749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.945-4.216	0.222	88	0.194	1664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.216-4.551	0.276	96	0.199	1539	X-RAY DIFFRACTION	100
4.551-4.981	0.221	80	0.183	1420	X-RAY DIFFRACTION	100
4.981-5.562	0.269	61	0.212	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
5.562-6.409	0.302	62	0.225	1178	X-RAY DIFFRACTION	100
6.409-7.816	0.243	57	0.206	989	X-RAY DIFFRACTION	100
7.816-10.917	0.17	41	0.161	801	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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