PDB-9dk1: Lexapeptide dehydratase complex LxmKY apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dk1

タイトル

Lexapeptide dehydratase complex LxmKY apo

要素

Kinase
Lyase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Kinase / lyase / complex / lanthipeptide dehydratase / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

HopA1 effector protein / HopA1 effector protein family / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Protein kinase-like domain superfamily / ACETIC ACID / Aminoglycoside phosphotransferase domain-containing protein / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces rochei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Randall, G.T. / Bashiri, G.

資金援助

ニュージーランド, 2件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: A Stable Dehydratase Complex Catalyzes the Formation of Dehydrated Amino Acids in a Class V Lanthipeptide.
著者: Randall, G.T. / Grant-Mackie, E.S. / Chunkath, S. / Williams, E.T. / Middleditch, M.J. / Tao, M. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A. / Bashiri, G.

履歴

登録	2024年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dk1.cif.gz	141 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dk1.ent.gz	104.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/9dk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/9dk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dk2C 9dk3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kinase

B: Lyase

ヘテロ分子

82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.704, 90.280, 148.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 43102.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GA from proteolysed purification tag 由来: (組換発現) Streptomyces rochei (バクテリア) 遺伝子: lxmK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1TP15
#2: タンパク質	Lyase 分子量: 39457.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GA from proteolysed purification tag 由来: (組換発現) Streptomyces rochei (バクテリア) 遺伝子: lxmY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1TP21

-
非ポリマー , 4種, 82分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate; 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5; 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48.62 Å / Num. obs: 31270 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.434 / R_pim(I) all: 0.118 / R_rim(I) all: 0.45 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 2.794 / Num. unique obs: 3235 / CC_1/2: 0.369 / R_pim(I) all: 1.433 / R_rim(I) all: 3.152 / Χ²: 0.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
Aimless	0.7.8	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.264

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2654	1613	5.168 %
R_work	0.2114	29598	-
all	0.214	-	-
obs	-	31211	99.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.996 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.368 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.498 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4796	0	17	78	4891

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.496	1.655	6731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.902	1.575	10626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.627	5	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.043	5	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.384	10	677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.207	10	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.537	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.236	0.2	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.13	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.457	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.072	5.211	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.058	5.21	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.29	9.351	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.289	9.351	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.842	5.507	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.84	5.507	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.282	9.925	3496
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.281	9.926	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.242	48.561	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.238	48.573	5290

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.346	128	0.309	2112	X-RAY DIFFRACTION	99.9554
2.462-2.529	0.365	106	0.291	2122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.603	0.336	117	0.271	2024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.682	0.335	95	0.257	1995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.682-2.77	0.289	109	0.24	1921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.867	0.321	94	0.238	1884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.867-2.975	0.28	88	0.219	1801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.975-3.096	0.346	85	0.214	1743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.096-3.233	0.3	90	0.209	1684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.233-3.39	0.262	109	0.19	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.572	0.216	98	0.191	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.572-3.788	0.237	69	0.174	1452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.788-4.048	0.218	69	0.175	1349	X-RAY DIFFRACTION	100
4.048-4.369	0.269	74	0.185	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
4.369-4.783	0.224	70	0.17	1177	X-RAY DIFFRACTION	100
4.783-5.341	0.236	62	0.2	1088	X-RAY DIFFRACTION	100
5.341-6.155	0.307	53	0.25	950	X-RAY DIFFRACTION	100
6.155-7.508	0.232	43	0.244	834	X-RAY DIFFRACTION	100
7.508-10.493	0.2	33	0.18	665	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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