PDB-9div: The crystal structure of de novo designed ChuA binding protein C8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9div

タイトル

The crystal structure of de novo designed ChuA binding protein C8

要素

De novo designed ChuA binding protein C8

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TonB-dependent transporter / ChuA / Heme / Hemoglobin / Outer-membrane / de novo designed protein / binding protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Fox, D. / Grinter, R.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Inhibiting heme piracy by pathogenic Escherichia coli using de novo-designed proteins
著者: Fox, D.R. / Asadollahi, K. / Samuels, I. / Spicer, B.A. / Kropp, A. / Lupton, C.J. / Lim, K. / Wang, C. / Venugopal, H. / Dramicanin, M. / Knott, G.J. / Grinter, R.

履歴

登録	2024年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9div.cif.gz	372.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9div.ent.gz	310.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9div.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/9div ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/9div	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	46916C 46917C 9dheC 9dirC 9disC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo designed ChuA binding protein C8

B: De novo designed ChuA binding protein C8

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D: De novo designed ChuA binding protein C8

E: De novo designed ChuA binding protein C8

F: De novo designed ChuA binding protein C8

G: De novo designed ChuA binding protein C8

H: De novo designed ChuA binding protein C8

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1

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8

H: De novo designed ChuA binding protein C8

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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.366, 110.300, 127.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	De novo designed ChuA binding protein C8 分子量: 15338.574 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 D3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Na Acet, 0.1M Tris, 30% w/v PEG 4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→46.32 Å / Num. obs: 44074 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.179 / R_pim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2.46→2.55 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.478 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4383 / CC_1/2: 0.648 / R_pim(I) all: 0.946 / Χ²: 0.44 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.46→46.32 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3242	2153	4.91 %
R_work	0.3006	-	-
obs	0.3018	43839	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→46.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7524	0	0	1	7525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.198	10213
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.318	1083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1296

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.52	0.457	136	0.4094	2557	X-RAY DIFFRACTION	93
2.52-2.58	0.3724	129	0.3678	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.3367	147	0.3321	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.73	0.3615	152	0.328	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.82	0.3255	133	0.3362	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.92	0.3912	137	0.3347	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.04	0.3597	161	0.3257	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.18	0.3376	153	0.3196	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.34	0.3459	141	0.3178	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.55	0.3281	140	0.3044	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.83	0.3382	151	0.2776	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.21	0.3108	130	0.2579	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.82	0.2782	155	0.2704	2802	X-RAY DIFFRACTION	99
4.82-6.07	0.3389	160	0.3294	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
6.07-46.32	0.2554	128	0.2741	2945	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 26.9987 Å / Origin y: -13.6091 Å / Origin z: -17.8164 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4108 Å²	0.0461 Å²	-0.0007 Å²	-	0.3934 Å²	0.0252 Å²	-	-	0.4079 Å²
L	0.1873 °²	0.0874 °²	0.1684 °²	-	0.2957 °²	0.2866 °²	-	-	0.3659 °²
S	-0.0429 Å °	0.0079 Å °	0.0352 Å °	-0.0029 Å °	-0.013 Å °	0.0622 Å °	-0.0864 Å °	-0.1093 Å °	0.0429 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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