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- PDB-9dip: Crystal structure of H5 hemagglutinin from the influenza virus A/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dip
タイトルCrystal structure of H5 hemagglutinin from the influenza virus A/Texas/37/2024 (H5N1) with LSTa
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / H1N1 / Antibody / Hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Lin, T.H. / Zhu, Y. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93021C00015 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: A single mutation in bovine influenza H5N1 hemagglutinin switches specificity to human receptors.
著者: Lin, T.H. / Zhu, X. / Wang, S. / Zhang, D. / McBride, R. / Yu, W. / Babarinde, S. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.
履歴
登録2024年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32025年1月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
I: Hemagglutinin HA1
J: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,07712
ポリマ－170,3756
非ポリマー3,7016
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36270 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area61040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.539, 74.760, 131.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACIBDJ

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 36534.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: A0A6B7HPT9
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 20257.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: A0A6B7HQ27

-
糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-3/a3-b1_b3-c1_c3-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-2-4/a4-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 141分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→31.38 Å / Num. obs: 85509 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å / Num. unique obs: 8523 / CC1/2: 0.34 / Rpim(I) all: 0.78 / Rrim(I) all: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5127: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→31.18 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 4311 5.04 %
Rwork0.2163 --
obs0.2185 85509 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→31.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11874 0 249 141 12264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53316789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.84505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.340.36541300.3292481X-RAY DIFFRACTION90
2.34-2.370.33231340.30462669X-RAY DIFFRACTION99
2.37-2.40.36811580.29132761X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.430.30361500.29482693X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.460.38261250.29572725X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.50.32411510.29612751X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.530.35621470.29832675X-RAY DIFFRACTION99
2.53-2.570.40131460.30222724X-RAY DIFFRACTION99
2.57-2.610.31931370.28672735X-RAY DIFFRACTION99
2.61-2.650.31031330.27142744X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.70.31641260.26552696X-RAY DIFFRACTION99
2.7-2.750.3331440.24992685X-RAY DIFFRACTION97
2.75-2.80.31941560.24872667X-RAY DIFFRACTION98
2.8-2.860.28931510.24832632X-RAY DIFFRACTION97
2.86-2.920.331220.25272610X-RAY DIFFRACTION95
2.92-2.990.32891500.25442743X-RAY DIFFRACTION99
2.99-3.060.2991430.27392701X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.140.33861460.25522743X-RAY DIFFRACTION99
3.14-3.240.32771520.24842724X-RAY DIFFRACTION99
3.24-3.340.28491400.24572716X-RAY DIFFRACTION99
3.34-3.460.26851600.23272711X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.60.30611560.23552722X-RAY DIFFRACTION99
3.6-3.760.27571410.21632757X-RAY DIFFRACTION99
3.76-3.960.24881420.20142718X-RAY DIFFRACTION98
3.96-4.210.23691210.18912625X-RAY DIFFRACTION95
4.21-4.530.22271530.18092735X-RAY DIFFRACTION98
4.53-4.980.18581490.1652760X-RAY DIFFRACTION100
4.98-5.70.20891610.17812763X-RAY DIFFRACTION100
5.7-7.170.22031440.19572768X-RAY DIFFRACTION99
7.17-31.180.19411430.18422764X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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