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- PDB-9din: Structure of ClpC1 N-terminal Domain complexed with semi-syntheti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9din
タイトルStructure of ClpC1 N-terminal Domain complexed with semi-synthetic Rufomycin analog
要素
  • ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
  • Rufomycin analog
キーワードCHAPERONE/ANTIBIOTIC / ClpC1 ATPase / Rufomycin / Antibiotic / ClpC1-NTD-complex / CHAPERONE / CHAPERONE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : ...UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETIC ACID / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Abad-Zapatero, C. / Wolf, N.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI142735 米国
引用
ジャーナル: J.Nat.Prod. / 年: 2025
タイトル: Structure-Based Analysis of Semisynthetic Anti-TB Rufomycin Analogues.
著者: Zhou, B. / Shetye, G. / Klein, L.L. / Wolf, N.M. / Lee, H. / McAlpine, J.B. / Harris, G. / Chen, S.N. / Suh, J.W. / Cho, S.H. / Franzblau, S.G. / Abad-Zapatero, C. / Pauli, G.F.
#1: ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2019
タイトル: High-Resolution Structure of ClpC1-Rufomycin and Ligand Binding Studies Provide a Framework to Design and Optimize Anti-Tuberculosis Leads.
著者: Wolf, N.M. / Lee, H. / Choules, M.P. / Pauli, G.F. / Phansalkar, R. / Anderson, J.R. / Gao, W. / Ren, J. / Santarsiero, B.D. / Lee, H. / Cheng, J. / Jin, Y.Y. / Ho, N.A. / Duc, N.M. / Suh, J. ...著者: Wolf, N.M. / Lee, H. / Choules, M.P. / Pauli, G.F. / Phansalkar, R. / Anderson, J.R. / Gao, W. / Ren, J. / Santarsiero, B.D. / Lee, H. / Cheng, J. / Jin, Y.Y. / Ho, N.A. / Duc, N.M. / Suh, J.W. / Abad-Zapatero, C. / Cho, S.
履歴
登録2024年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
C: Rufomycin analog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8135
ポリマ－18,6262
非ポリマー1883
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.960, 58.160, 60.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1


分子量: 17469.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: clpC1, Rv3596c, MTCY07H7B.26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPC9
#2: タンパク質・ペプチド Rufomycin analog


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1156.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002569

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非ポリマー , 4種, 60分子

#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.61 % / 解説: prismatic
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 16% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→42.01 Å / Num. obs: 15221 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 514 / CC1/2: 0.924 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.205 / Rrim(I) all: 0.539 / Χ2: 0.677 / % possible all: 67.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→30.37 Å / SU ML: 0.2202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 26.7111
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 1415 5.03 %
Rwork0.18 26719 -
obs0.1814 15190 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→30.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 0 91 57 1258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091215
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52391642
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0038462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.70.35661310.29962676X-RAY DIFFRACTION99.19
1.7-1.770.321580.26762665X-RAY DIFFRACTION99.19
1.77-1.850.24841440.2332659X-RAY DIFFRACTION99.57
1.85-1.950.25251750.2072636X-RAY DIFFRACTION99.57
1.95-2.070.28151600.20552660X-RAY DIFFRACTION99.65
2.07-2.230.23521460.16962654X-RAY DIFFRACTION98.84
2.23-2.460.21941040.18442728X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.810.21521210.17782712X-RAY DIFFRACTION99.93
2.81-3.540.20031450.16842653X-RAY DIFFRACTION99.71
3.54-30.370.15381310.15322676X-RAY DIFFRACTION98.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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