PDB-9dib: Rous sarcoma virus frameshifting pseudoknot RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dib

タイトル

Rous sarcoma virus frameshifting pseudoknot RNA

要素

frameshifting pseudoknot RNA

キーワード

RNA / pseudoknot / retroviral RNA / frameshifting / translation regulation

機能・相同性

IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural switching dynamically controls the doubly pseudoknotted Rous sarcoma virus-programmed ribosomal frameshifting element.
著者: Christopher P Jones / Adrian R Ferré-D'Amaré /

要旨: A hallmark of retrovirus replication is the translation of two different polyproteins from one RNA through programmed -1 frameshifting. This is a mechanism in which the actively translating ribosome ...

履歴

登録	2024年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dib.cif.gz	233.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dib.ent.gz	188.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/9dib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/9dib	HTTPS FTP

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関連構造データ

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テロメラーゼ (Telomerase)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: frameshifting pseudoknot RNA

B: frameshifting pseudoknot RNA

ヘテロ分子

77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimerized in folded RNA solution in an ~1:5 ratio of dimer:monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.763, 68.246, 209.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: RNA鎖	frameshifting pseudoknot RNA 分子量: 35680.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Purified from in vitro transcription via gel electrophoresis and elution then refolded (see doi: 10.15252/embj.201489209 for general RNA prep details) 由来: (組換発現) Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) 参照: GenBank: 210171
#2: 化合物	ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION 分子量: 294.400 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₈IrN₆
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% w/v PEG3350, 0.25 M sodium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→48.82 Å / Num. obs: 18350 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.0935 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 2.68→2.776 Å / R_merge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 1815 / CC_1/2: 0.776

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.68→48.82 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	3068	9.05 %
R_work	0.2057	-	-
obs	0.2113	18350	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→48.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	4190	135	14	4339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.14	7638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.933	2383
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1000
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	198

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.68-2.72	0.3762	140	0.3764	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.77	0.3982	141	0.3634	1377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.81	0.412	142	0.3543	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.87	0.4094	138	0.3361	1392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.92	0.4373	141	0.33	1424	X-RAY DIFFRACTION	99
2.92-2.98	0.4317	135	0.326	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.04	0.3206	141	0.2763	1390	X-RAY DIFFRACTION	99
3.05-3.12	0.3958	145	0.2471	1448	X-RAY DIFFRACTION	98
3.12-3.19	0.2607	134	0.2295	1318	X-RAY DIFFRACTION	98
3.19-3.28	0.2827	133	0.1947	1403	X-RAY DIFFRACTION	99
3.28-3.38	0.2876	143	0.1969	1434	X-RAY DIFFRACTION	99
3.38-3.49	0.2763	139	0.1843	1367	X-RAY DIFFRACTION	99
3.49-3.61	0.2237	136	0.1842	1421	X-RAY DIFFRACTION	99
3.61-3.75	0.2234	137	0.172	1361	X-RAY DIFFRACTION	99
3.75-3.93	0.2057	145	0.1602	1399	X-RAY DIFFRACTION	99
3.93-4.13	0.2172	140	0.1497	1404	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.39	0.2342	145	0.1655	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-4.73	0.2373	142	0.1636	1384	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.2	0.2497	137	0.1797	1400	X-RAY DIFFRACTION	100
5.21-5.95	0.2035	139	0.1893	1406	X-RAY DIFFRACTION	100
5.96-7.49	0.2634	138	0.198	1428	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5-48.82	0.2882	137	0.2349	1412	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0737	-3.232	2.3234	4.7079	-4.541	6.1459	-0.791	-1.0634	-0.1224	0.57	0.3237	-0.1637	0.8441	-1.1793	0.4317	1.2598	-0.0791	0.1462	1.2061	-0.1866	0.6366	73.1913	66.2542	84.2707
2	0.0647	-0.1445	-1.4092	2.0011	0.4638	8.6202	-0.2404	0.2648	-0.0247	-0.3919	0.2662	-0.0105	1.14	-0.2744	-0.0154	0.8836	0.0565	-0.0386	0.8488	-0.1229	0.6327	54.3241	63.4865	108.4437
3	3.0564	1.9139	-0.3721	4.8488	-2.0747	0.9344	0.5123	-0.1326	-0.2459	0.998	-0.1989	0.454	-0.2509	-0.001	-0.1758	0.9421	0.0014	-0.0154	0.8125	-0.1115	0.5723	49.0669	59.9221	132.9475
4	-0.3413	0.0635	-1.1752	-0.2826	1.3622	7.6219	-0.0475	0.0262	-0.1677	-0.0522	0.0349	0.0053	0.1974	0.5909	-0.1064	1.0055	0.0788	-0.0074	1.1414	-0.129	0.6367	63.7295	66.5456	102.0617
5	6.3542	4.486	1.9332	8.1162	7.8065	9.4822	0.4123	-0.5798	-0.2151	1.1397	0.5222	-1.1361	0.0548	0.8009	-0.7728	0.7517	0.1154	-0.1189	1.0149	-0.1868	0.6701	50.4646	52.9488	76.9191
6	4.2999	5.964	3.1496	8.4685	2.5498	5.0101	0.0042	0.7265	-0.7493	0.4007	0.5637	-0.3231	0.0334	-0.0773	-0.4277	0.4668	0.0427	0.0189	0.4918	-0.0334	0.4442	49.2403	52.6533	58.7152
7	3.6597	1.1573	1.1769	1.607	-0.6498	0.9904	0.2881	0.6663	-0.2616	-0.3597	0.1113	-0.2628	0.0566	-0.0258	-0.2907	0.4664	0.1703	0.0763	0.5905	-0.0209	0.3992	70.1805	60.8166	38.6239
8	5.0638	6.7298	3.6404	9.0274	4.8522	6.0938	-0.1839	1.2851	-2.2726	-0.6773	2.0766	-3.7988	1.1517	0.8784	-0.5246	1.2622	-0.0052	0.0019	1.2599	-0.259	1.1418	69.124	55.7737	26.0491
9	3.9049	-0.224	0.625	3.261	-1.9939	3.5557	0.517	0.7403	-0.1528	-0.3687	-0.1946	0.223	-0.2436	0.0942	-0.3109	0.3865	0.0575	-0.0158	0.4502	-0.0441	0.2569	50.7599	52.044	43.5223
10	0.1834	0.98	1.1824	5.072	2.6513	6.9399	0.373	-0.9299	0.0112	1.5914	0.5517	-0.6571	1.0097	0.7351	-0.9674	0.887	0.1979	-0.1052	1.1761	-0.1058	0.6903	50.5982	53.267	77.1815
11	0.9731	-1.3664	-0.4819	1.4893	1.0047	1.5447	0.4234	-1.2612	1.1526	0.7396	0.2114	0.0341	-0.065	-0.6904	-0.4062	0.6439	-0.0572	0.1617	1.0315	-0.2332	0.8821	52.6213	74.9848	64.1877
12	3.7326	3.5751	4.7863	5.1212	3.2944	6.9762	0.2857	0.4369	-0.3124	0.1111	0.08	-0.409	0.3613	0.2373	-0.3419	0.3099	0.051	0.0054	0.3949	0.1343	0.3469	77.2486	62.2679	56.1369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 34 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 111 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 10 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 11 through 20 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 21 through 40 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 41 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 72 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 73 through 87 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 88 through 102 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'I' and resid 18)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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