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万見
- PDB-9di6: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9di6
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM679 (ethyl 1,4-dimethyl-5-((6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl)methyl)-1H-pyrazole-3-carboxylate)
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / inhibitor / Alpha-Beta Barrel / OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CITRIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-OG6 / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Deng, X. / Tomchick, D. / Phillips, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI103947 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure-Based Discovery and Development of Highly Potent Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitors for Malaria Chemoprevention.
著者: Nie, Z. / Bonnert, R. / Tsien, J. / Deng, X. / Higgs, C. / El Mazouni, F. / Zhang, X. / Li, R. / Ho, N. / Feher, V. / Paulsen, J. / Shackleford, D.M. / Katneni, K. / Chen, G. / Ng, A.C.F. / ...著者: Nie, Z. / Bonnert, R. / Tsien, J. / Deng, X. / Higgs, C. / El Mazouni, F. / Zhang, X. / Li, R. / Ho, N. / Feher, V. / Paulsen, J. / Shackleford, D.M. / Katneni, K. / Chen, G. / Ng, A.C.F. / McInerney, M. / Wang, W. / Saunders, J. / Collins, D. / Yan, D. / Li, P. / Campbell, M. / Patil, R. / Ghoshal, A. / Mondal, P. / Kundu, A. / Chittimalla, R. / Mahadeva, M. / Kokkonda, S. / White, J. / Das, R. / Mukherjee, P. / Angulo-Barturen, I. / Jimenez-Diaz, M.B. / Malmstrom, R. / Lawrenz, M. / Rodriguez-Granillo, A. / Rathod, P.K. / Tomchick, D.R. / Palmer, M.J. / Laleu, B. / Qin, T. / Charman, S.A. / Phillips, M.A.
履歴
登録2024年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年1月29日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7496
ポリマ－45,3861
非ポリマー1,3635
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.768, 73.768, 328.285
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 45385.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3
参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 6種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-A1A51 / ethyl 1,4-dimethyl-5-{[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]methyl}-1H-pyrazole-3-carboxylate


分子量: 327.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16F3N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-OG6 / 6-[bis(oxidanyl)methyl]-5~{H}-pyrimidine-2,4-dione / 6-Formyl-uracil hydrate


分子量: 158.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O4
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 12% Ethylene Glycol, 0.13M Citric Acid pH 4.1, 9% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 21869 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 37.52 Å2 / CC1/2: 0.964 / Net I/σ(I): 35.26
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 16.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 1060 / CC1/2: 0.551 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→45.79 Å / SU ML: 0.2486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8955
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 977 5 %
Rwork0.1954 18547 -
obs0.198 19524 90.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2914 0 94 36 3044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00233055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46924115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.77591144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.540.3282580.24671101X-RAY DIFFRACTION38.75
2.54-2.70.30571390.22952641X-RAY DIFFRACTION93.26
2.7-2.90.2771500.21812855X-RAY DIFFRACTION99.93
2.9-3.20.25371530.19642902X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.660.24611520.19212889X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.610.22331570.17292980X-RAY DIFFRACTION100
4.61-45.790.23771680.19673179X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.651355907541.223441977060.7421292564922.108686328650.7030588324582.3831412921-0.197511703040.06643844123180.241406007178-0.253415232540.153981152602-0.0803000348194-0.3149662767240.002473586530980.02566930449540.236950525428-0.0120627244964-0.04089708260130.1784469487990.05712219919760.213455181828-5.8943499357231.2533498538-7.21050623779
23.797227409070.1973929400450.1234004059453.740810319190.9439355186374.060232362570.0308599478652-0.00534196913662-1.044955511340.2527167947960.0505274084179-0.5857486649950.5371388843130.248551382224-0.08689206190470.250134618572-0.0265891390647-0.05674147195440.2146242729450.02234976289810.528983405089-8.5151874967812.2231766922-8.70786251553
33.03124272399-0.06379769916981.121163850232.322959386131.123303191992.03739513-0.1643810054050.602670084231-0.869482004712-0.3892536549190.352057413469-0.4162541593020.0908934338260.517558049497-0.1391912476570.316539799303-0.04570350066650.04927733353660.477271076474-0.1736610999620.433038001887-1.0324778154415.6752186376-16.6545652083
40.7692795180740.7486506682990.502592458191.010569941030.8039046960391.66138217555-0.4547605671531.309575909480.122564618173-1.018086835920.829789435383-0.667353465116-0.6291821080450.5422932390090.06944372734320.725131725972-0.3827715628730.1081188564570.8084513882230.09723215708530.106224907583-2.3437458125628.7563215524-25.5051986531
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 162 through 297 )162 - 2971 - 136
22chain 'A' and (resid 298 through 376 )298 - 376137 - 214
33chain 'A' and (resid 377 through 474 )377 - 474215 - 277
44chain 'A' and (resid 475 through 565 )475 - 565278 - 368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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