PDB-9di4: RMI1-RMI2 bound to cyclic peptide L4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9di4

タイトル

RMI1-RMI2 bound to cyclic peptide L4

要素

L4 cyclic peptide
RecQ-mediated genome instability protein 1
RecQ-mediated genome instability protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Nuclear protein complex / genome stability

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of sister chromatid segregation / RecQ family helicase-topoisomerase III complex / reduction of food intake in response to dietary excess / resolution of DNA recombination intermediates / maintenance of rDNA / resolution of meiotic recombination intermediates / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.696 Å

データ登録者

Bythell-Douglas, R. / Lau, Y.H. / Alcock, L.J. / Gao, T. / Deshpande, C. / Patel, K.

資金援助

オーストラリア, 2件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	Ideas APP2003250	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	MRFF MRF2007488	オーストラリア

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Potent Cyclic Peptide Inhibitors Disrupt the FANCM-RMI Interaction.
著者: Alcock, L.J. / Gao, T. / Bythell-Douglas, R. / Gao, J. / Krishna Sudhakar, H. / Huang, T. / Young, R. / Vu, Q.N. / Deshpande, C. / Wilkinson-White, L.E. / Passioura, T. / Pickett, H.A. / Deans, A.J. / Lau, Y.H.

履歴

登録	2024年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9di4.cif.gz	130.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9di4.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9di4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/9di4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/9di4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dhkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (5) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RecQ-mediated genome instability protein 1

B: RecQ-mediated genome instability protein 2

C: L4 cyclic peptide

ヘテロ分子

34.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.298, 136.298, 88.608
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-701- ZN
2	1	A-807- HOH
3	1	C-103- HOH

#1: タンパク質	RecQ-mediated genome instability protein 1 / BLM-associated protein of 75 kDa / BLAP75 / FAAP75 分子量: 16944.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RMI1, C9orf76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H9A7
#2: タンパク質	RecQ-mediated genome instability protein 2 / hRMI2 / BLM-associated protein of 18 kDa / BLAP18 分子量: 15886.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RMI2, C16orf75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96E14
#3: タンパク質・ペプチド	L4 cyclic peptide 分子量: 1636.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 0.01M zinc chloride, 0.1M sodium acetate pH 5.0, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→49.169 Å / Num. obs: 13881 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 38.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.2
反射シェル	解像度: 2.69→2.83 Å / Num. unique obs: 1742 / CC_1/2: 0.894

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.696→49.169 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 12.245 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.286 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2482	673	4.856 %
R_work	0.1693	13185	-
all	0.173	-	-
obs	-	13858	99.77 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.815 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.401 Å²	-1.701 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.401 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.033 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.696→49.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2281	0	2	38	2321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.979	1.845	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.934	1.758	5281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.959	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.726	10	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.483	10	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.104	0.2	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.034	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.644	5.748	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.636	5.747	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.794	10.301	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.784	10.3	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.732	6.475	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.728	6.475	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.219	11.456	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.215	11.455	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.018	52.982	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.019	52.988	2405

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.696-2.765	0.342	41	0.313	929	0.314	995	0.87	0.92	97.4874	0.289
2.765-2.841	0.364	57	0.298	923	0.303	980	0.912	0.933	100	0.277
2.841-2.923	0.298	43	0.274	893	0.275	936	0.925	0.941	100	0.246
2.923-3.013	0.394	36	0.256	894	0.26	930	0.92	0.955	100	0.229
3.013-3.111	0.311	42	0.23	857	0.235	899	0.93	0.958	100	0.206
3.111-3.22	0.308	39	0.213	814	0.217	853	0.934	0.967	100	0.192
3.22-3.341	0.326	55	0.19	788	0.199	843	0.925	0.975	100	0.172
3.341-3.477	0.26	48	0.185	763	0.189	811	0.959	0.981	100	0.167
3.477-3.63	0.233	30	0.171	748	0.173	779	0.965	0.984	99.8716	0.158
3.63-3.807	0.277	44	0.166	709	0.173	753	0.954	0.983	100	0.155
3.807-4.011	0.168	35	0.144	682	0.145	717	0.982	0.988	100	0.133
4.011-4.253	0.175	35	0.116	643	0.119	678	0.981	0.992	100	0.11
4.253-4.544	0.182	21	0.105	627	0.108	648	0.981	0.993	100	0.104
4.544-4.904	0.203	35	0.095	560	0.1	595	0.982	0.994	100	0.094
4.904-5.367	0.157	16	0.112	544	0.113	560	0.99	0.992	100	0.111
5.367-5.992	0.194	23	0.148	490	0.15	513	0.974	0.988	100	0.142
5.992-6.902	0.259	22	0.174	435	0.178	457	0.963	0.983	100	0.165
6.902-8.411	0.255	27	0.151	372	0.158	399	0.957	0.983	100	0.15
8.411-11.725	0.166	16	0.151	309	0.151	325	0.986	0.987	100	0.158
11.725-49.169	0.485	8	0.296	205	0.302	213	0.895	0.942	100	0.307

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関連情報:EMDBヘッダ

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