PDB-9dh2: Structure of Fab in complex with NKG2D extracellular domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dh2

タイトル

Structure of Fab in complex with NKG2D extracellular domain

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
NKG2-D type II integral membrane protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Agonist / Fab / Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.98 Å

データ登録者

Fallon, D. / Huang, C.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2024
タイトル: Agonistic anti-NKG2D antibody structure reveals unique stoichiometry and epitope compared to natural ligands.
著者: Fallon, D. / Huang, C.S. / Ma, J. / Morgan, C. / Zhou, Z.S.

履歴

登録	2024年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dh2.cif.gz	844 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dh2.ent.gz	712 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dh2_validation.pdf.gz	509 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dh2_full_validation.pdf.gz	541.6 KB	表示
XML形式データ	9dh2_validation.xml.gz	81.9 KB	表示
CIF形式データ	9dh2_validation.cif.gz	106.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/9dh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/9dh2	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (6)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (6)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab heavy chain

D: Fab light chain

G: Fab heavy chain

H: Fab light chain

K: Fab heavy chain

L: Fab light chain

M: NKG2-D type II integral membrane protein

P: Fab heavy chain

Q: Fab light chain

R: NKG2-D type II integral membrane protein

S: NKG2-D type II integral membrane protein

T: NKG2-D type II integral membrane protein

252 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab heavy chain

D: Fab light chain

K: Fab heavy chain

L: Fab light chain

M: NKG2-D type II integral membrane protein

R: NKG2-D type II integral membrane protein

登録者が定義した集合体
126 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Fab heavy chain

H: Fab light chain

P: Fab heavy chain

Q: Fab light chain

S: NKG2-D type II integral membrane protein

T: NKG2-D type II integral membrane protein

登録者が定義した集合体
126 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.062, 224.433, 136.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 23725.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab light chain 分子量: 23319.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor 分子量: 15849.903 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 細胞株 (発現宿主): Expi293 GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26718
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, 20% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.98→136.64 Å / Num. obs: 56052 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 40.37 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.0968 / R_pim(I) all: 0.0632 / Net I/σ(I): 6.71
反射シェル	解像度: 2.98→3.03 Å / R_merge(I) obs: 0.4005 / Num. unique obs: 8586 / CC_1/2: 0.89 / R_pim(I) all: 0.2211

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.98→136.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 46.455 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24308	2758	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19708	-	-	-
obs	0.19931	53293	97.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.79 Å²	0 Å²	-2.38 Å²
2-	-	0.27 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.98→136.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17120	0	0	0	17120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	17582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	1.636	23922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.194	5	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.063	23.947	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.699	15	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.931	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.442	2.474	8810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.52	3.706	10988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.558	2.55	8772
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.613	32.385	25154
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6030	0.14
1	2	G	6030	0.14
2	1	A	6067	0.14
2	2	K	6067	0.14
3	1	A	6126	0.13
3	2	P	6126	0.13
4	1	D	6178	0.13
4	2	H	6178	0.13
5	1	D	6114	0.14
5	2	L	6114	0.14
6	1	D	6211	0.12
6	2	Q	6211	0.12
7	1	G	6053	0.14
7	2	K	6053	0.14
8	1	G	6103	0.14
8	2	P	6103	0.14
9	1	H	6127	0.13
9	2	L	6127	0.13
10	1	H	6129	0.13
10	2	Q	6129	0.13
11	1	K	6041	0.13
11	2	P	6041	0.13
12	1	L	6152	0.13
12	2	Q	6152	0.13
13	1	M	3488	0.16
13	2	R	3488	0.16
14	1	M	3596	0.15
14	2	S	3596	0.15
15	1	M	3581	0.15
15	2	T	3581	0.15
16	1	R	3515	0.15
16	2	S	3515	0.15
17	1	R	3803	0.12
17	2	T	3803	0.12
18	1	S	3551	0.15
18	2	T	3551	0.15

LS精密化シェル

解像度: 2.98→3.056 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	199	-
R_work	0.312	3873	-
obs	-	-	96.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3924	-1.806	-0.1321	3.4818	0.162	0.2026	0.0055	0.0575	-0.0351	-0.0181	0.0445	0.141	-0.046	-0.0532	-0.05	0.3145	-0.0261	-0.1375	0.0609	0.0325	0.0955	53.0938	-126.9266	137.592
2	1.9791	-1.9098	-0.8589	2.4292	0.9715	0.4249	-0.2607	-0.2527	0.0338	0.4877	0.2453	-0.1124	0.1114	0.1304	0.0154	0.4666	0.0113	-0.2296	0.0918	0.0219	0.1249	63.6294	-125.5204	152.733
3	1.4022	1.4699	-0.3581	4.5981	-1.0649	0.6147	0.0882	-0.147	-0.0725	0.2018	-0.0408	0.0406	-0.0055	0.0555	-0.0474	0.2358	0.0462	-0.1225	0.1429	-0.0359	0.078	69.963	-48.0692	42.0258
4	1.608	0.8341	-0.4074	1.2559	-0.3276	0.4025	-0.0247	0.0095	-0.0064	-0.0733	0.0495	0.0903	0.1083	0.0382	-0.0248	0.2426	0.0097	-0.1395	0.0219	0.0019	0.0904	68.573	-49.2393	23.6746
5	1.6594	1.3104	-0.4412	4.3072	-1.6646	1.7989	0.0371	-0.1104	-0.0637	0.3586	0.0259	0.1299	-0.1068	-0.1032	-0.063	0.2421	0.0363	-0.108	0.1061	-0.0255	0.0912	44.4657	-47.6713	114.1466
6	1.5521	0.9994	-0.2688	2.1796	-1.1964	1.2184	-0.1014	0.1143	-0.0731	-0.227	0.1736	0.1874	0.1786	-0.0951	-0.0722	0.2983	0.046	-0.1643	0.0837	-0.0286	0.1355	41.804	-50.0224	96.3142
7	3.0061	0.8166	-0.0453	2.8588	-0.7763	4.7474	0.058	0.234	-0.0348	-0.2616	0.1259	0.3341	0.4505	-0.5476	-0.184	0.4094	0.0065	-0.1633	0.2626	0.1152	0.4182	23.3334	-85.8695	124.3993
8	2.3686	-1.6565	-0.1098	3.9308	-0.2918	0.957	0.063	0.0641	0.0413	-0.0724	0.0324	0.0927	-0.0778	-0.0995	-0.0954	0.2583	-0.0517	-0.1158	0.1693	0.0288	0.0734	78.1637	-127.593	65.1287
9	2.6099	-1.7728	0.6712	2.3559	-0.5584	1.2835	-0.1846	-0.2904	-0.0132	0.2803	0.2554	0.0552	-0.1982	-0.1702	-0.0708	0.2841	-0.0598	-0.1424	0.1847	0.0619	0.1134	85.5672	-125.7875	81.6178
10	2.8848	-0.7758	2.2142	3.1577	-0.3269	3.4416	0.0043	-0.0595	0.2606	0.0819	0.0492	0.2603	-0.1347	-0.4341	-0.0534	0.2976	-0.0103	-0.054	0.1087	0.0393	0.2621	33.4264	-87.5053	149.0132
11	4.0011	-1.1857	1.1781	3.1234	-0.2251	5.027	-0.1474	-0.3969	0.2961	0.3475	0.1744	0.1171	-0.3433	-0.3464	-0.027	0.5316	0.0613	-0.0544	0.2985	0.0655	0.3583	54.4195	-89.5618	70.567
12	0.6005	0.7653	0.321	2.5611	-0.1875	5.8572	-0.0482	-0.2685	-0.1856	0.0807	0.0179	0.097	0.2859	-0.4414	0.0303	0.3521	0.0474	-0.0844	0.2249	0.1005	0.3338	47.5619	-87.52	44.9814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 218
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	1 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	2 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	1 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	5	K	2 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	1 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	M	92 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	P	2 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	Q	1 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	R	93 - 216
11	X-RAY DIFFRACTION	11	S	92 - 214
12	X-RAY DIFFRACTION	12	T	93 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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