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- PDB-9dex: Crystal structure of human peroxiredoxin 1 in complex with inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dex
タイトルCrystal structure of human peroxiredoxin 1 in complex with inhibitor WF-097
要素Peroxiredoxin-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / human peroxiredoxin 1 / covalent inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte activation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / natural killer cell activation / erythrocyte homeostasis / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / regulation of stress-activated MAPK cascade / natural killer cell mediated cytotoxicity / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models ...leukocyte activation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / natural killer cell activation / erythrocyte homeostasis / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / regulation of stress-activated MAPK cascade / natural killer cell mediated cytotoxicity / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Detoxification of Reactive Oxygen Species / canonical NF-kappaB signal transduction / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / skeletal system development / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / peroxidase activity / melanosome / response to oxidative stress / fibroblast proliferation / cell population proliferation / cadherin binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peroxiredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lowther, W.T. / Gumpena, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human peroxiredoxin 1 in complex with inhibitor WF-097
著者: Lowther, W.T. / Gumpena, R.
履歴
登録2024年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-1
B: Peroxiredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,93226
ポリマ－43,9202
非ポリマー2,01224
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.315, 78.799, 83.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Peroxiredoxin-1 / Natural killer cell-enhancing factor A / NKEF-A / Proliferation-associated gene protein / PAG / ...Natural killer cell-enhancing factor A / NKEF-A / Proliferation-associated gene protein / PAG / Thioredoxin peroxidase 2 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase 2 / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin 1


分子量: 21959.957 Da / 分子数: 2 / 変異: C71S, C83S, C173S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX1, PAGA, PAGB, TDPX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q06830, thioredoxin-dependent peroxiredoxin

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非ポリマー , 5種, 223分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-IY4 / methyl N-(2-{[(2M)-2-(pyridin-3-yl)-1,3-thiazole-4-carbonyl]amino}prop-2-enoyl)-D-alaninate


分子量: 360.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H16N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulfate, 2% (v/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20042 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 844 / CC1/2: 0.71 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.35 / Rrim(I) all: 0.664

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0349精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→41.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.122 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19236 881 4.4 %RANDOM
Rwork0.16187 ---
obs0.16325 19084 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å2-0 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→41.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2614 0 127 199 2940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.6583737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6631.576044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6365333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.6481012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22710447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8132.3141332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7752.3141332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6613.461662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6613.4621663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0482.7611458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0472.7641459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5963.9262075
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.14931.9883029
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.14131.9773018
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 61 -
Rwork0.223 1264 -
obs--91.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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