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万見
- PDB-9de6: Structure of full-length HIV TAR RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9de6
タイトルStructure of full-length HIV TAR RNA
要素RNA (57-MER)
キーワードRNA / viral RNA / HIV RNA / TAR RNA
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bou-Nader, C. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures of complete HIV-1 TAR RNA portray a dynamic platform poised for protein binding and structural remodeling.
著者: Bou-Nader, C. / Link, K.A. / Suddala, K.C. / Knutson, J.R. / Zhang, J.
履歴
登録2024年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (57-MER)
B: RNA (57-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9684
ポリマ－36,9202
非ポリマー492
水1086
1
A: RNA (57-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4842
ポリマ－18,4601
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (57-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4842
ポリマ－18,4601
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.253, 41.982, 68.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25 through 59))
21chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GTPGTPUU(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25 through 59))AA2 - 231 - 22
12UUMGMG(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25 through 59))AA - C25 - 10124
21GTPGTPHOHHOHchain BBB - F2 - 2031

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要素

#1: RNA鎖 RNA (57-MER)


分子量: 18459.848 Da / 分子数: 2 / 変異: U31G, G32A / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: GenBank: 1945658931
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 12 mM NaCl, 80 mM KCl, 50 mM sodium cacodylate pH 5.5, 2 mM hexamine cobalt and 45% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→35.79 Å / Num. obs: 17435 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 69.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル解像度: 2.35→2.434 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 8976 / CC1/2: 0.868

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→35.79 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 48.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2825 734 5.1 %
Rwork0.2643 13671 -
obs0.2652 14405 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.96 Å2 / Biso mean: 100.1941 Å2 / Biso min: 71.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→35.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2384 2 6 2392
Biso mean--92.18 88.72 -
残基数----113
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1350X-RAY DIFFRACTION10.746TORSIONAL
12B1350X-RAY DIFFRACTION10.746TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.530.46961270.49292698282597
2.53-2.780.58491150.4972776289198
2.78-3.190.39041610.39122670283196
3.19-4.010.26891650.28022650281595
4.01-35.790.23381660.195328773043100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.7105 Å / Origin y: -6.6556 Å / Origin z: -22.0854 Å
111213212223313233
T0.6369 Å20.0001 Å20.328 Å2-0.7324 Å20.0392 Å2--0.8986 Å2
L0.1054 °2-0.6058 °2-1.711 °2-0.11 °20.8652 °2--2.485 °2
S-0.0762 Å °-0.366 Å °-0.0109 Å °-0.0271 Å °0.0576 Å °0.0217 Å °0.011 Å °0.3098 Å °0.0912 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 62
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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