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万見
- PDB-9de2: ETO2 MYND bound to MPPL peptide from GATAD2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9de2
タイトルETO2 MYND bound to MPPL peptide from GATAD2A
要素GATAD2A-MPPL motif and ETO2 NHR4 domain fusion protein
キーワードGENE REGULATION / Zn finger complex / polyproline binder / MYND / NuRD
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte differentiation / negative regulation of glycolytic process / regulation of aerobic respiration / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to hypoxia / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription ...granulocyte differentiation / negative regulation of glycolytic process / regulation of aerobic respiration / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to hypoxia / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein CBFA2T3 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / MYND finger ...Protein CBFA2T3 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Williams, D.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK115563 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: The role of multivalency in the association of the eight twenty-one protein 2 (ETO2) with the nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex.
著者: Dan-Dukor, G. / Shang, S. / Leighton, G.O. / Travis, C.R. / Schwochert, T.D. / Agrawal, P. / Ajasa, O. / Li, T. / Waters, M.L. / Ginder, G.D. / Williams Jr., D.C.
履歴
登録2024年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GATAD2A-MPPL motif and ETO2 NHR4 domain fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8273
ポリマ－7,6971
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 GATAD2A-MPPL motif and ETO2 NHR4 domain fusion protein / MTG8-related protein 2 / Myeloid translocation gene on chromosome 16 protein / hMTG16 / Zinc finger ...MTG8-related protein 2 / Myeloid translocation gene on chromosome 16 protein / hMTG16 / Zinc finger MYND domain-containing protein 4


分子量: 7696.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBFA2T3, MTG16, MTGR2, ZMYND4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75081
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1111isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
2122anisotropic13D HNCO JNH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] ETO2-NHR4-MPPLsc, 25 mM BisTris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 50 uM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O13C, 15N ETO2-NHR4-MPPLsc95% H2O/5% D2O
solution2500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] ETO2-NHR4-MPPLsc, 25 mM BisTris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 50 uM ZnSO4, 5 % PEG:hexonal (C13:E5 r=0.85), 95% H2O/5% D2O13C, 15N ETO2-NHR4-MPPLsc95% H2O/5% D2Oalignment sample
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMETO2-NHR4-MPPLsc[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMBisTrisnatural abundance1
100 mMNaClnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
50 uMZnSO4natural abundance1
500 uMETO2-NHR4-MPPLsc[U-100% 13C; U-100% 15N]2
25 mMBisTrisnatural abundance2
100 mMNaClnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
50 uMZnSO4natural abundance2
5 %PEG:hexonal (C13:E5 r=0.85)natural abundance2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1Used for all data collection except alignmentNaCl 100 mM mMcondition_16.81 atm298 K
2Lowered temperature 3 degrees to prevent phase separation of PEG:hexanol liquid crystalline mediaNaCl 100 mM mMcondition_26.81 atm295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2CCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIH3.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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